ウィンドウハンドルを取得するJavaFXで作ったウィンドウのHWNDを取得するWindowsではウィンドウハンドルさえあれば大抵のことができてしまう。http://stackoverflow.com/questions/15034407/how-can-i-get-the-window-handle-hwnd-for-a-stage-in-javafxからほぼ転載(getWindowPointer)。getWindowPointerで取得したウィンドウハンドルをHWND型の変数に代入し、SetWindowTextAでウィンドウのタイトルを変えている。