今作のスパイは特殊な非戦闘ユニットであり、解禁されるとユニット欄から生産することができます。「外交官」、「ナショナリズム」、「イデオロギー」、「冷戦」とテクノロジーの「コンピューター」を取得すると、スパイの上限がそれぞれ1増加します。カトリーヌ・ド・メディシスのみ、テクノロジーの「城」でもスパイの上限が1増加します。移動スパイの動かす方法は隊商と同じです。目的地を指定すると、スパイは移動を開始し、数ターン後(かかる時間は距離による)に到達します。移動リストには、目的地の都市が所有する区域も表示されます。存在する区域によって実行できる任務が変わります。自国都市以外に移動したスパイは、続いて内偵調査を行い、内偵が完了してから任務を選びます。自文明の都市なら直ちに任務を開始することができます。他文明の通信を盗聴する。一定ターンの間、この文明に対する外交的視野レベルが1あがる。このタイルと隣接する他のタイルを、敵スパイの活動から保護する。一定ターンの間、敵スパイの任務成功率を下げ、阻止しやすくなる。他文明が開発済のテクノロジーのブーストを1つ盗む。他文明の国庫からゴールドを盗む。目標とする劇場広場から傑作を盗む。自文明に収蔵可能な施設が必要。目標とする工業地帯と工業系建造物を略奪状態にする。目標とする近郊部から反乱軍ユニットを作り出す。目標とする宇宙船基地を略奪状態にする。潜伏都市の忠誠心を20減らす。一時的に敵総督を無効化する。着任予定段階で指令可能。↑リスクなし任務は必ず成功し、何の問題も起きない。防諜活動だけ、成功した場合、スパイのレベルは4未満だとレベルアップする。/殺害率がそれぞれ表示されます。一定ターンの後、任務の結果があらわれます。成功した場合、スパイのレベルは4未満だとレベルアップする。スパイは任務中に発見されてしまう場合があります。その場合、スパイの逃走ルートを選ぶ事になります。一部の選択肢は、都市に特定の施設がないと選択できません。逃走のスピード(=戻るまでに掛かる時間)はルートによって決まります。スピードだけ考えるなら飛行機が最速ですが、阻止される可能性は一番高いです。徒歩は最も遅いが一番安全です。逃走に失敗するとスパイは捕まってしまいます。運が悪いとスパイはその場で殺されます。捕まった場合は、外交取引を通じてスパイを取り返すことができます。