ノートノート個人的な備忘録として活用していきたいと思います。個人の見解であります。自己責任でお願い致します。CommentsTweetcuffdiffの出力結果を受け取り比較解析できるRパッケージのcummeRbund。ドライ解析教本ではサンプル遺伝子セットを用いてヒートマップを書く際にgetGenesは用いる。cummeRbundによってcuffdiff出力結果を統合したデータベースが形成されるが、そこから任意の遺伝子セットを取り出すための関数である。今回はTophatによるマッピング結果(.bam)を直接cuffdiffに供試したデータセットを用いた。こちらのデータセットより手元にある遺伝子リストに対応するデータを抽出し、ヒートマップを描画することが今回の目標だ。ドライ解析教本にあるように進めていきヒートマップを描く。ところがgetGenesの実行でエラー。errorcummeRbundにより形成されたデータベースはMySQLで管理されているらしくその辺でエラーが起きている模様。readCufflinks()でキルできるようである。readCufflinks(extdataPath)は不要である。これらはデータベース形成のコマンドであり、データベースが破壊されるわけではないためである。次に前者のエラーメッセージであるが、非常に簡単なことであった。それに対して本データはtophatの出力をそのままcuffdiffで比較解析する際にオプションとしてEnsembleのアノテーション情報を付加していたため、遺伝子名とEnsembleIDの対応となっていた。初めからデータベースないIDで検索をかければそれはエラーメッセージでますよね。気が付くまでの時間が無駄だった...。diffを行っているサンプルで同様の処理を行った場合、エラーなくスムーズにいきました。今回の検討時に非常に参考になるウェブサイトを発見。SigMatrixで図示されるような発現変動遺伝子を遺伝子リストとして出力し、getGenesで遺伝子情報の取得ができる手法を紹介している。Rで任意のヒートマップを書く際に多少困ったことがあるのでメモ。getGenes(データベース、ベクトル形式のリスト)で実行できる。この時に要求するベクトル形式のリストは、遺伝子名(gene_short_name)とID(先ほど問題があったやつ)のどちらでも可能である。そこでベクトル変換であるがかなり面倒であった。(改行)で、ずらっと並べる。Rstudioで解析しているのだが、横一直線に並べると途中から文字色がデフォルトになり(長すぎて関数の対象から外れたか?)、さらに厄介なことに色がついている箇所でも関数の対象から外れているようであった。面倒なので縦一列にして、ベクトルデータとして格納。getGenes(cuff,z)これで任意の遺伝子リストのgerGeneが可能である。あとはヒートマップを描くだけである。【.ucsc】UCSCフォーマットバイオアナライザーのプロトコルゲノム上特定領域にアライメントされたリード長の分布を取得する【VLOOKUPとIFERRORのかわり】joinコマンドを使いこなす。