ノートノート個人的な備忘録として活用していきたいと思います。個人の見解であります。自己責任でお願い致します。今まで動いていたcummeRbundが突然データの読み込み時にエラーを吐いてしまう話です(このエラーは頻発しているらしい)。以下の内容はここを参考にいろいろやったのをまとめたものです。:============================================================旬な話題?cuffidffの出力データを扱うRパッケージ:cummeRbundのデータの読み込み時にエラー。ラボ内でも別の学生も同じエラーが。始めはcummeRbund下流で動くパッケージのバージョンが何かの拍子にアップデートしてしまい、それがcummeRbundとかみ合わなくなってるのではないか?と考えていた。エラーメッセージは序盤中の序盤で起きる。readCufflinks(extdataPath)is(cuff)cuff通常では、readCufflinksを行うとRSQLiteが内部で頑張って働くことによって、cuffdiffの様々のアウトプット(TSSやら遺伝子やらRead数やらFPKM値やら)をバイナリにひとまとめにしたデータベース「cuffData.db」を構築します。詳細は省きますが、RSQLiteはデータベース管理にとってすごく大切な仕事をするコアな部分であります。エラーの方ですが「readCufflinks」でデータを読む込んでいくのですが途中で止まってしまいます。50件以上のエラーが報告され、停止。warnings()で確認すると案の上、RSQLiteのエラーでした。掲示板のリンクが!どうも最近なんかしらのアップデートでcummeRbund(の内部で働くRSQLite)がエラーを起こしているそうです。個人の環境ではなくcummeRbundのバク?のような感じでひとまず安心。実は自分、このエラーが一昨日出たのですがその時は、関係しようなパッケージを全てをアップデートしたところ解決しました。ところが、また昨日変える間際になって同じエラーが出て、しぶしぶ色々と調べ始めた次第です。2017),cummeRbund_2.18.0をはじめ以下の通りです。SessionInfo()で表示うーーん、掲示板のやり取りを見てもクリティカルな原因が理解できない...。Bioconductorの掲示板の方に解決策が!なるほど、RSQLiteをバージョン指定でダウンロードし直すわけですね。更新をOKとしてしまうと先ほどダウングレードしてインストールした1.1版が無駄になってしまうので更新を拒否。すると、cummeRbundのインストールがこける。3.4版ではcummeRbund1.8版をダウンロードすることになっているそうで、この1.8版cummeRbundはRSQLite2.0を要求してきてるようである。2日間の短い付き合いではあったが、Rをダウングレードすることに決定した。2017)をインストールした。インストールの仕方は、ここから対象ファイルをぽちり。Rstudioをいったん閉じてから、ダウンロードしたEXEファイルを実行。Rstudioを立ち上げSessionInfoでバージョンのダウングレードを確認する。"http://cran.us.r-project.org")biocLite("cummeRbund")library(cummeRbund)SessionInfoで確認。肝心のreadCufflinksを実行。エラーメッセージを吐きながらもデータベース作成は成功!エラーの内容も気になるが取り合えずはこんな感じで。CummeRbundのほうから修正版が来るまではこれで耐えるか...。21:18同じエラーが出ていましたが、cummeRbundの問題だと気づかずに何度もcufflinksやcuffdiffをやり直していました。ここを見て、無事問題が解決できました。ありがとうございます。19:14こちらこそお役に立てて嬉しいです、今後ともよろしくお願いします。'RSQLite'となってしまいます。22:04https://cran.cnr.berkeley.edu/src/contrib/Archive/RSQLite/からtar.gzを直接ダウンロードしてインストールできました。23:47コメント非常に勉強になりました、ありがとうございます!今後とも当ノートをよろしくお願いいたします。【.ucsc】UCSCフォーマットバイオアナライザーのプロトコルゲノム上特定領域にアライメントされたリード長の分布を取得する【VLOOKUPとIFERRORのかわり】joinコマンドを使いこなす。