制作したゲームがネットで酷評され落ち込む瀬菜に対して、次こそは、誰もが面白いと思うゲームを作ろうと提案する黒猫。新たな目標へ向け頑張り始めた黒猫を優しく見守る京介であったが、そんな京介の携帯に、2通のメールが届く。1通は黒猫から、そしてもう1通は、アメリカにいる桐乃からのメールであった。ビル建設予定地にある古い日本家屋に棲み付いた犬の霊。除霊を依頼された美神だが、人間の霊よりずっと狂暴な霊を相手に苦戦してしまう。そこには、哀しい過去が隠されていた...。美神が退治に乗り出したそのとき、駆逐艦の元艦長がボートで颯爽と現れた。疲労も限界を超えている中、空は母から教わった両手打ちのシュートを決め、チームの空気を変えた。丸高との点差は絶望的だが必死で戦うクズ高。試合を見ていた千秋はその状況に背を向け立ち去っていった。一生懸命なクズ高の姿にいらだつ丸高の不良たちが試合を妨害。憤るクズ高メンバーを制し、試合を続けようとする空だったがこの苦境を乗り切るすべがあるのか...。そのとき、コートにある人物がやってきた。それは空が待ちわびており、丸高の千葉も気にしていた人だった。紙作りをすることになり、わくわくするマイン。そんなマインとルッツに、ベンノから呼び出しがかかる。紙作りに必要な材料を、ベンノが調達してくれると言うのだ。マインは、材料の担保や今後の援助についてベンノと交渉。不思議なインクを使い、契約魔術を結ぶ。その帰り道、いつもは快活なルッツの態度がよそよそしいことが気になるマイン。ルッツは、ベンノと平気で難しい話をするマインに違和感を覚えていた。ヴェントの襲撃に伴う騒動が解決した学園都市。上条にもこれまで通りの日常が戻ってくる。ご飯の支度に忙しかったり慎ましやかにお弁当の交換を楽しんだり、小萌先生の家に結標が転がり込んだり、インデックスを交えてクラス全員参加のすき焼きパーティが開催されたりと、みなが平和を謳歌しているかに見えた。世界中で学園都市に対するデモや抗議活動が活発化。その動きに呼応して、諸勢力との戦争の危険性を感じた保護者たちは、学園都市から子どもたちを回収しようとする運動を始めていた。上条は、自分がその中心にいる事に思い悩んでいた......。学園都市の暗部と取引をし、「闇」に己を売った一方通行(アクセラレータ)に、ひとつの命令が下される。アニメ同居人はひざ、時々、頭のうえ。同居人はひざ、時々、頭のうえ。