K-Betweennessを計算するPythonプログラムを作ってみた。dataminer.meスマートフォン用の表示で見るdataminer.meデータマイニングやその周辺のお話を書くブログこの広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。2009-06-11K-Betweennessを計算するPythonプログラムを作ってみた。K-betweennessを実装してみた。Betweennessというのは、最短経路の寄与率のようなものでネットワークのそれぞれノードまたはエッジが最短経路にどの程度関係しているかということを解析する手法。最近ちょっとはやっていたNewmanクラスタリングとかは、これを使っている(はず)Betweennessが最短経路を使っているのにたいして、K-BetweennessはK最短経路を使って、ネットワークのノードやエッジの寄与率を調べようというもの。解析対象のネットワークは海馬CA1部位のシグナル伝達経路(あまりこれを使う意味はないけど、手持ちで割と規模がちょうどいい)k-Betweennessを使う利点としては、最短経路だと代謝経路とかの頑健性とか重要性の意味をつけ辛いからなどなど。計算量が多くて時間がかかっちゃうけど、一回の解析でエッジとノードのk-betweennessと重み付きのラプラシアン行列を吐き出させてるし、最悪ノードの機能(リガンドとか、転写因子とか)を単なるBetweennessとラプラシアン行列と比較して判別できる確率を比較するか。01:30K-Betweennessを計算するPythonプログラムを作ってみた。sex(ビッグデータは10代のセックスのようなもの)はてなブログをはじめよう!yanashiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。