さいしょにちょうせんするダンジョン。おくそこでドガース、ズバットと対決することに。バネブーからのいらいをうけて向かったダンジョン。もくてきのしんじゅはB7Fにある。ちょうじょうでスリープと対決。たきのおくでみつけたダンジョン。ながされたさきにおんせんが。セカイイチをさがすために向かったダンジョン。くさタイプのポケモンがおおい。ベースキャンプへ向かう途中にあるダンジョン。うみぞいのガケぎわにあるダンジョン。そびえたつやまのなかにあるダンジョン。ベースキャンプへ向かうためにぬけるダンジョン。もやがかかったもりのなかにあるダンジョン。きりのためにみはらしが悪いダンジョン。きりがはれたさいに見えた高台の下にあるダンジョン。ちょうじょうで「きりのみずうみ」を発見した。以下はいらいをうけるといけるようになるダンジョンで、「みかいのち」「みちのばしょ」とよばれる。さいごのフロアには「ごうかなはこ」がある。みずびたしのダンジョン。それゆえに「ひあがりだま」もこうかがない。やまのなかにあるダンジョン。くさ、むしタイプのポケモンがいるダンジョン。比較的かんたんなダンジョン。敵ポケモンもすくない。「リンゴのもり」のとなりにあるダンジョン。オレンのみがたくさんおちている。「みずのフロート」をさがすために向かったダンジョン。さいごにはレントラーとルクシオがまちうける。「ときのはぐるま」をさがすために向かったダンジョン。ベトベタフードがおおくおちている。「りゅうさのち」で見つけたダンジョン。ちていのみずうみでエムリットがまちうける。アグノムがいるみずうみをさがすために向かったダンジョン。おくにはあるしかけが。しかけをといて現れたダンジョン。アグノムが「ときのはぐるま」をまもっている。ヤミラミからにげるために入ったダンジョン。谷間がおおいのがとくちょう。ゴーストタイプのポケモンがおおくいるダンジョン。いせきのようなばしょにあるダンジョン。ミカルゲがジュプトルをおそっていた。セレビィをさがすために向かった、うすぐらいもりのダンジョン。てっぺんにある「ときのかいろう」を目指して向かったダンジョン。もとのせかいにもどってくる。「ときのはぐるま」をさがすために向かったダンジョン。フロア数が非常に多い。ギルドのぜんいんで向かったダンジョン。カブトプスとオムスターが主人公たちをおそう。「ときのはざま」にあるダンジョン。さいごにはヨノワールとヤミラミがたちふさがる。「にじのいしぶね」にのって辿り着いたダンジョン。パルキアに連れて来られ、誤解を解く為に奥へと進む。クレセリアLv47とダンジョンを突破していく。ダークライと部下8体とバトル。マナフィが帰って来て数日後、グミがたくさんあるダンジョンを教えてもらえる。行かなくてもよいマナフィに一言。そつぎょうしけんで向かったダンジョン。1ばんおくには「ひかりのいずみ」がある。たんけんかハッサムをさがすために向かったダンジョン。ゆきとこおりにおおわれている。こおりのかべにあったきれつから進めるダンジョン。ハッサムはユキメノコによってこおらされていた。キマワリの話をきいて向かったダンジョン。みずタイプのポケモンがおおくせいそくしている。「フィオネのしずく」を取りにいくために向かったダンジョン。ギャラドスがおそいかかってくる。チャームズとともに向かったダンジョン。アンノーンがおおくせいそくし、なぞをとかないと先へ進めない。あかいせきひにふれていりぐちがひらかれたダンジョン。さいごのフロアには「ごうかなはこ」が6つある。ルリリのあくむのげんいんをつきとめるためにスリープを探しにいったダンジョン。かくとうタイプのポケモンがおおい。スリープのちからをかりて、ルリリのあくむのなかにはいった主人公たちをまちうけるダンジョン。パルキアにつれてこられたダンジョン。おくそこにおいてダークライが現れる。クレセリアとともにむかったながいダンジョン。ダークライはおくそこで待ち受けている。マナフィがみつけた「ポケモンたちのらくえん」といわれるダンジョン。ゼロのしま「でんせつのひほう」がねむっているしま。ダンジョンは4つからなる。ルールはないダンジョン。レベル1からスタート、どうぐも16こまでもちこめるダンジョン。とうぶとほぼおなじだが、どうぐをもちこめないダンジョン。リーダーしかはいれないダンジョン。以下は「みちのばしょ」のいらいをうけるといけるようになるダンジョン。「ゼロのしま」のみなみがわにあるみずうみのダンジョン。みずタイプのポケモンばかりがでてくる。「ふしぎなちず」のほくとうにある庭園のようなダンジョン。くさタイプのポケモンがおおい。「やみのかこう」のややみなみにあるやまのダンジョン。ひこうタイプのポケモンがすむ。「しゅぎょうのやま」のひがしにあるみはらしのいいダンジョン。ノーマルタイプのポケモンがおおい。「きりのみずうみ」のしたにあるあれはてたダンジョン。エスパータイプのポケモンがおおい。ふかいもりのダンジョン。むしタイプのポケモンがたくさんせいそくしている。7つの秘宝のダンジョンハッサムから「シークレットランク」をもらうと、7つの秘宝(公式配信)に行くことができる。7つの秘宝すべて集めるとタイトル画面のつづきからのところに宝箱のマークがつく。ダンジョンのボスは仲間になることがある。飛行のピア二カちなみに全てモンスターハウスはある。