ERRORこの広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。2017-11-13PythonのnetworkXを使ってpathway解析をするある遺伝子(機能)セットと代謝ネットワークデータを用いて、上流の化合物から下流の化合物に行くpathwayがあるか調べたい。PythonのnetworkXを使って最短経路を出すドキュメントはたくさんあったが、エッジの有無によってFlow解析についてはあまりなかったのでまとめた。Flow解析をするには、edgeに"capacity"を設定する必要がある。いう枝分かれを1つ持つ単純なネットワークを、以下のように設定する。1.0edgeの"capacity"を1.0に設定することは、その遺伝子が含まれることを意味する。{}})化合物0から化合物4までの経路は1.0であり、すなわち最下流の物質を生成するpathが存在することを意味する。(複数存在する場合、もっとも短い経路で、かつ若いインデックスを返すことに注意)ここで、枝分かれのうちの一つの"capacity"を0.0に設定する(遺伝子を欠損させる)。{}})もう片方の枝分かれが生きているので、化合物0から化合物4までの経路は依然として1.0である。{}})化合物0から化合物4までの経路は0になった。実際にはKEGGなどからPathwayを取ってきて、目的のゲノムなどの機能組成を構築し、networkXに埋め込む必要があるがここでは割愛する。installする月別アーカイブはてなブログをはじめよう!tryalnigroさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。