本作の最大の特徴は「2人乗り」である。前作まではキャラクター毎に性能が設定されていたが、今作よりカートも個別に選択することになる。どれかに設定されており、キャラのサイズによって使用できるものが違ってくる。基本的に、カートのサイズが軽くなるほど加速やハンドリングが高く、重くなるほどスピードや重さが高い。本作ではそのカートに乗るキャラを2人選んでレースに挑む。そのため、操作キャラクターが隠しキャラクターを含めて20人と増えている。グランプリ・VSでのカートの台数はこれまで同様8台だが、二人乗りの為参加人数は16人とシリーズ最多である。ファイナルラップになるとBGMのテンポが上がるが、本作以降はそれに加えて音程も上がる。排気量が100cc以下の場合はCPは全てデフォルトのコンビ(プレイヤーのコンビによっては若干変わる)になるが、150ccおよびミラーではCPの組み合わせがランダムになる。