ERRORこの広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。2017-12-06Bowtie2で許容編集距離を設定するBowtie2のoptionは複雑で、とりあえずデフォルトで回してからSAMをパースしている人は多いかもしれない。マニュアルを良く読むとスコアをきちんと設定すれば色々設定できる。Manual特に以下の部分。ミスマッチペナルティ(最大,最小)、リードのクオリティでスコアがバラける。N(曖昧塩基)のペナルティ、Bowtie2では他の縮退塩基もNとして扱われる。参照配列のギャップペナルティ(開始,延長それぞれについて規定)これを編集距離へを変化させるには、それぞれを1に設定すれば良い(ギャップ開始は0)。length.よって、編集距離1以内のものだけを出力するオプションは以下のようになる。"C,-1,0"”C”については例示すら無いが一応これでちゃんと動くのは確認した。1を超えるものがなかった。installする月別アーカイブはてなブログをはじめよう!tryalnigroさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。