ERRORこの広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。alignment"の記述があるものの、まだドキュメントが作成されていないようだったので調査。mafftのドキュメントにはないが、binaryの中に"mafft-distance"(source)と言うものがあったので使ってみた。l=241,240というような感じで出てくる。各カラムは左から、i番目とj番目の配列、距離スコア、アライメントの長さ(i,j)であろう。alignmentのScoreはどうなっているのかという疑問があるが、とりあえずこれをパースして距離行列を作ることはできそう。このツール自体はアラインメントを取っていないので、アライメントを取った後の配列で計算したほうが良さそう。protein.faa.mafft追記ソースコードをよく見たら(ヘルプには出てないが)"-p"というオプションを付けると小数点6位まで(8.6fで)、かつ行列に変形しやすい形で出してくれた。installする月別アーカイブはてなブログをはじめよう!tryalnigroさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。