原子力事故で死の街となった東京が舞台。多摩地区から都心へ舞台が移動する。イタリア山庭園など、多数のモデルが東京・横浜を中心に点在する。実在の地名より引用されたものであり、また当地周辺の実在の施設が原作ゲームの背景に使用されている。魔術により空間転送された先が墨田区。純一郎率いるレジスタンス組織が、2012年から内田文明を送り込んだアジトが台東区浅草の伝法院通り沿い。渋谷区を舞台としている。学校での教材を自ら仕入れる為に神聖エルダント帝国から一時帰宅し、そこから密航したミュセルを伴い秋葉原へと赴く。さかなタワーA(さかなケーブルテレビ株式会社)。主人公・春海和人が殺され、且つ、夏野霧姫(秋山忍)と出合った喫茶店の所在地が東京都葛川区。主人公の住まう寮が、山手線内の駅と同名異字の地名。秋葉原(主人公がゲーム等を購入したり、イベントに参加、また、友人と会う場所。UR秋葉原駅と表示されている)俺の妹がこんなに可愛いわけがない。万里の通う私立福来大学が在る市谷近辺。(江東区)登場人物の名字の多くが江東区の地名からとっている。深森ハイツ201(主人公・帝野将悟の住むアパートの住所。最終話にて、ヒロイン・真四季みはるの母親のセリフ「みはる、東京を離れて転院するの。