宇宙から来た天人により価値観の変わってしまった江戸。坂田銀時は宇宙人、高層ビル、バイクなど何でもありの世界で変わらない魂を持った最後のサムライ。万事屋の仲間、新八、神楽らとともに、銀さんがいろいろなやっかい事に首を突っ込む。倒的な戦力と瘴気の汚染による大陸侵略が進んでいた。力を持つ少女「魔女(ウィッチ)」による『機械化航空歩兵(ストライクウィッチーズ)』に望みを託した。かり、欧州本土の大半が「ネウロイ」の勢力に落ちてしまった状況から始まる。世界各国は事態の打開を図るために一大反攻作戦を計画。して連合軍第501統合戦闘航空団「STRIKES」を組織し、各国のトップエースを招聘する事となった。その部隊に補充として送りこまれることになる...。