才能が因子という形で具現化して全てを決める時代――その因子が目覚めずに悩むアーガスシティの少年・桐生将人は、ある日の放課後、二人の女殺し屋の襲撃を受ける。危機の中ついに目覚めた将人の才能――それは『王の因子』として世界中から危険視される『覇王因子』だった。覚醒した《侵略者の鎖》で殺し屋の少女アイリとリゼットを奴隷化し、なんとか窮地を切り抜けた将人。世界の均衡を破る覇王=将人の出現により、他の王たちが次々と刺客を送り込んでくると告げられ......将人は非服従な少女たちと共に、世界の覇権をめぐる「王の戦い」に無理やり引きずりこまれてしまうのだった。