rDNAを対象とした変性剤濃度勾配ゲル電気泳動(DGGE)法を確立し,水田土壌中のメタン生成古細菌群集を解析することを目的とした。rDNAの塩基配列との比較を行い,メタン生成古細菌を対象としたPCR-DGGE用のプライマーを5種類(forward2種類,reverse3種類)設計した。これらのプライマーを用いて,13種類の純粋培養菌株から抽出したゲノムDNAについて,PCR増幅およびDGGEの条件を検討した。rDNAが増幅された。この2組のプライマー対を用い,メタン生成古細菌を分離した圃場(筑後)および比較対照の圃場(安城)の水田土壌試料より抽出したDNAを対象にDGGEを行ったところ明瞭なパターンが得られ,DGGE解析が可能であった。clusterに近縁であった。以上の結果より,水田土壌中のメタン生成古細菌群集の解析には,今回確立したプライマー対0357F-GC,0691Rを用いたPCR-DGGE法が最適であると考えられた。現在,本方法により水田圃場におけるメタン生成古細菌群の季節変動の解析を行っている。