NEWSやCHANGESを見ると結構な量の変更がされています。0.9.8nと比べて秘密鍵のデフォルトのフォーマットがPKCS#8に変更されたり、初期設定ではMD2が使えなくなるなどの変更が行われているようです。makeのターゲットに新しくinstall_html_docsが追加されました。実行すると/usr/local/ssl/にhtmlファイルがインストールされます。コマンドの説明やオプションの解説、使用例などが載っているのでぜひ見てみてください。