ガミラスによる発見を避けるため、遊星爆弾によって干上がった九州坊ノ岬沖の戦艦大和の残骸に偽装して建造が進められた。後述の波動砲の封印を経て地球へ帰還した後には記念艦として海底ドックに安置されていたが、帝星ガトランティスと交戦する前には地球連邦防衛軍の波動砲艦隊構想にもとづく戦列復帰が決定し、波動砲の再装備を含めた大改装を受けている。艦体の基本的アウトライン、一般配置は原作アニメとほとんど同じである。旧設定画や『2199』以前では最新となるバンダイのプラモデル製品「1/350宇宙戦艦ヤマト」の寸法に比べ、艦体平面型がより細長いものに変更されている。艦首から2番主砲塔にかけては極めて細く華奢な形状であり、アサガオ型フレア構造が弱められ、ブルワークを備えた艦首先端平面型は半円型ではなく尖りを帯びた形状になった。艦体中央には司令塔がそびえ立っている。司令塔は原作アニメに比べると若干艦体に対する相対的なサイズが大きくなり、原作における外観のサイズに比して艦橋内部スペースが広すぎるという矛盾が解消された。第一艦橋上部(アンテナの基部)には測距儀が搭載され、波動砲の照準に使用されている[21]。アンテナの下には通信・観測ヤードが備わっている[22]。艦底部は兵装が少ない分重装甲になっており、水上等では艦を上下逆さまにした「潜水艦行動」と呼ばれる状態がある。艦内は露天甲板を第1甲板として、上層は第012甲板(艦長室)[23]まで、下層は第12甲板(第三艦橋)までの全24階層となっており、第一艦橋(第010甲板)から第三艦橋までの全22階層を貫く主幹エレベーターが存在する。原作アニメ同様、両舷には格納式の安定翼が備わっている。原作とは異なり複数の折りたたみ構造になっているほか、喫水線を境に上面が艦体上半分と同じ濃い灰色に、下面が艦底部と同じ赤で塗り分けられている。イスカンダルへの到着後には波動砲制御室にコスモリバースシステムが設置され、ヤマト自身がコスモリバースシステムそのものへ改造された。これによって波動砲は封印された。詳細は#兵装(リメイクアニメ)を参照。持ち、艦底から第三艦橋が突き出している[22]。第一艦橋の設定は原作アニメとほぼ同じだが、古代の席の左隣がアナライザー専用となっている[24]ほか、太田の席と真田の席が入れ替わって『復活篇』と同様の並びになっている[25]。両角に折り畳み式の予備科員席や、太田の席から移動する予備操縦席も追加されている[26]。後方には原作アニメ同様の主幹エレベーターに直結した扉のほか、その内側に非常用階段への扉がある。中心部には原作アニメ同様次元羅針盤があり、球が2層構造で、内部のヤマトはホログラフとなっている[27]ために普段は映っていない。羅針盤は自動航法室と連携している模様で、自動航法室関連で異常が発生した場合、羅針盤の映像にも異常が出ている。3交代制設定を取り入れたため、古代たち以外の人物が席に着くこともある。第二艦橋は設定が大きく変更され、内部が強固な防壁によって隔てられた二重構造となっている[28]。防壁の内側は戦闘指揮所(CIC)となっており、戦闘時に第一艦橋要員が移動して運用されるという、原作にない第二艦橋の様子が描かれている[28]。第三艦橋も設定が変わっており、本シリーズでは慣性制御や波動防壁(後述)の制御を担う艦橋となっている。原作アニメと同じく予備艦橋としての運用も可能で、無重力時や逆さ重力時に対応するために、いくつかのコンソールは原作同様天井にも逆さに設置されているが、通常は艦がどのような体勢になっても艦内は慣性制御によって通常状態を維持できるので、基本的には使用されていない[29]。6つの二重窓が存在しており、普段は隔壁が閉じられているが、『2199』第24話でイスカンダルの海へ着水している際などには開かれているのが確認できる。艦への乗降ハッチも兼ねている点は原作アニメと同様[30]。『2202』では「第一次改装」により、第二副砲塔下方に予備艦橋として第四艦橋が新設された。主機関には、イスカンダルの技術供与により製造された「ロ号艦本イ400式次元波動缶」(次元波動エンジン、通称:波動エンジン)を1基装備している。波動エンジンによって、ワープ(時空跳躍)能力を備えることになり、長距離の恒星間航行が可能になった。次元波動エンジンの最後の部品として「波動コア」が別途イスカンダルから送られており、それを波動エンジン内に装備することによって初めて起動が可能となる。副機関として「艦本式コスモタービン改」を8基・2軸装備する。原作とは異なり、主機である波動エンジンの始動には使用されず、波動エンジンの始動には莫大な外部電力を必要としている。『2199』第3話で徳川機関長が読んでいるマニュアルには、主機関起動用の第1補助機関としてヘリウム3燃料ペレットを使用するレーザー核融合炉について記載されており、波動エンジン起動後、通常時は主サービス電力供給用に常時運転状態とされている。搭載している兵装の種類・数に原作アニメとの大きな違いはないが、設定の変更や追加が複数ある。いう正式名称が付加されている。『2199』第24話で、イスカンダルにおいて締結された「地球イスカンダル和親条約」に基づき封印される。(通称:ショックカノン)を装備。それぞれ口径が48サンチと20サンチに改められている。波動エンジンからのエネルギー供給を受けて稼動する陽電子ビーム砲で、波動エンジン停止時は数発しか撃てないと設定されている。司令塔前方の3砲塔は実体弾(三式融合弾、通称:三式弾)も射撃可能と設定されている。司令塔後方の2砲塔は下部に機関室や艦載機格納庫があり、給弾室のスペースが確保できなかったため、実体弾は使用できない[31]。このほか、艦首および艦尾に魚雷発射管を計12門、両舷側面にも短魚雷発射管を計16門装備し、艦橋後方に煙突型の8連装ミサイル発射塔を1基、艦底部にもVLSとしても運用できるミサイル発射管を8門装備するほか、対空砲として司令塔両舷に2連装から4連装の高角速射光線砲塔(通称:パルスレーザー)を多数装備しており、それ以外にも速射光線機関砲塔や近接防御火器を装備している。煙突状構造物の後方、マストの付け根には94式爆雷投射機が装備されている。原作アニメでは実質1つしか存在していなかった格納庫が、本作では複数存在している。『2199』では戦闘機38機(予備機含む)、偵察機2機、輸送機2機を搭載。そのほかにも航宙艇や地上用車両も搭載している。ヤマトの艦内容積と艦載機の総数における矛盾を解消するため[32]、格納庫は円筒状の機関室の周囲を取り巻くように可動式艦載機パレットを配置した、ロータリー方式となっている[33]。パレット1枚につき表裏1機ずつ計2機を固定可能で、上下区別なく整備ができるように内部は無重力状態となっている[34]。発艦は1機ずつ発進口の位置まで移動させ、後ろ向きに艦の真後ろ斜め下方向へ射出する仕組みである[35]。着艦時は昇降ハッチに設置された誘導ビームと牽引ビームを使用する[34]。搭載しているのは、『2199』ではコスモファルコン36機[36](二個航空隊分32機+予備機4機)。後部甲板直下には、コスモゼロ用として「第一格納庫」が設定されている。2機のみ搭載できる小規模の格納庫で、発進の際には両側のスライド式ハッチが開いて機体を艦外まで移動させ、ジャッキで押し上げた後にカタパルトに固定し、射出する。この格納庫に隣接する2番副砲塔下部部分には「内火艇格納庫」も設定されている。90式内火艇2隻[37]を収容している。艦底部両舷のバルジ部分をハッチと解釈し、「第三格納庫」が設定されている。違ってガミラス機など全く別規格の機体等も問題なく収容できる。コスモシーガル2機、100式空間偵察機2機を収容している。アニメでも自動航法装置の設定は存在していたが、『2199』では大きくスポットを当てられている。艦首ドーム部に存在する、イスカンダルへの航路情報を有する施設で、最重要施設であるため、基本的に乗員の立ち入りは禁じられている。物語当初はユリーシャ・イスカンダルから伝えられた航路図のデータがインプットされているとされており、その一方で乗員の間では「開かずの間」と呼ばれ、綺麗な女性の幽霊が出ると噂されていた。『2199』第17話でその実態が語られ、航路図が実は存在せず、事故ないしテロによって意識を失ってしまったユリーシャ本人を自動航法室の中核とし、その記憶をトレースすることで航路図を得ており、幽霊の正体もユリーシャの精神体だった。自動航法室の真実は当初、沖田と真田しか知らなかったが、『2199』第17話において沖田の一存で乗員全員へ発表される。科員居住区は、一番主砲塔のやや前から艦橋下にかけての区画に存在する[40]。通路は原作アニメと異なり直線状で、床はオートウォークではない。原作アニメ同様、居住性は高い。艦内は重力・慣性制御によって1Gを保たれており、長期航海における乗組員の負担を減らすために「映像ルーム」「トレーニングルーム」「大浴場」など福利施設が多数存在する[41]。責任者クラスの乗組員には個室が与えられており、下士官クラスでも二段ベッドの2人部屋である。大食堂は原作アニメと違いメニューは豊富であり、バイキングのような形式をとっている。『2199』第15話で食糧供給システムのオムシス(後述の#生産設備(リメイクアニメ)を参照)が不調になった際には、パン1個にドリンク1本だけのわびしいメニューになっている。)が新たに設定されている。20分程度の短時間ではあるが、ビームや実弾などあらゆる攻撃から艦体を防御することが可能になっている。通常は艦体に薄く纏うように展開されるが、一定方向に最大展開すると楕円体状の青いシールドがヤマトを覆うように展開され、明確に目視できるようになる。ガミラス側は波動防壁を「ゲシュ=タム・フィールド」と呼称している。40])が存在すると設定されている。補修部品などに関しては、『2199』では艦内工場こそ存在していないが、艦前部区画には資材加工室や資材生産設備モジュール等が存在しており、コスモナイト90鉱石からコンデンサーを製造するなど、簡単な部品生産は可能となっている。資材は戦闘で破壊した敵艦や敵基地の残骸、航海途中で立ち寄った惑星等から補給している[44]。『2202』では改装により艦内工場が増設されている。艦首バルバス・バウにはメインレーダーアンテナ等が装備されており、空間ソナーに亜空間トランスデューサーとして転用したワープ機関のサブシステムを接続することで、亜空間ソナー(次元アクティブソナー)も使用できるようになる。乗員数は999名で原作アニメから大幅に増加している。女性乗組員も多数乗り込んでおり、男女比は約7:3となっている。3交代制が導入されており、古代の交代要員は南部と北野、島の交代要員は太田と林、雪の交代要員は岬と西条、真田の交代要員は新見と桐生、徳川の交代要員は山崎、南部の交代要員は北野、太田の交代要員は林、相原の交代要員は市川がそれぞれ務めている。おける砲雷科と飛行科を統合した部署。43]およびフライトジャケット。9]のツナギとベストにキャップ。艦内常装は男子は白地に緑ライン、女子は黄緑地に黒ライン。護衛艦における船務科。艦内常装は男子は白地に青ライン、女子は青地に黒ライン。艦内常装は白地にオレンジライン、一部ブーツ着用(スーツ・タイプとボトムスインタイプの2種)。艦内常装は男女共にオレンジ地に黒ライン。46]、いずれも「MEDIC」のマーク有り。護衛艦に該当する部署はないが、役割としては警務隊に相当する。艦内常装は男女共に灰色地に黒ライン。作戦行動時はさらに、ゴーグル付きのヘルメットや戦闘用ベスト、肘や膝用のプロテクターと手袋を着用する。ヤマト計画に際して新たに設置された部署であるため、名称も「科」ではなく「部」になっている。星巡る方舟イズモ計画用の移民船として建造が進められていたが、劇中1年前のイスカンダルからの技術供与により、宇宙戦艦ヤマトとして完成させられ、イスカンダルまでの航海を行う。戦艦大和の残骸への偽装については、海底ドックで建造していた当時に飛来した遊星爆弾の爆撃が原因の地形変化や海水蒸発により、艦体が地表に露出してしまったためと理由付けされている[47]。47]の一部がモデルに組み込まれている[48]。『2199』制作時、デザインを担当した玉盛は航海途上での改修による形状変化なども考案していたが、単艦での未知の航海というストーリーゆえに大幅な改装はやや無理があることと、3Dモデルを作り直す手間がかかったり、使用モデルを間違えるミスが起きる可能性もあったりしたため、実現しなかった[32]。制作初期のラフ画稿では、イズモ計画時代の艦のデザインも描かれている[49]。よる大改装を受けて戦列復帰が決まる。決起したヤマト乗組員によって無断発進した後、ガミラス大使館による地球政府への交渉を経て、テレザート星への航海を追認される。本作では前述の通り改装が施されたという設定で、デザインが若干変更されている。上述の『2199』での改修案に、『さらば』のデザインの要素を取り込んだものとなっている[50]。外観上のデザイン変化としては艦首が切り詰められて艦尾ノズルが大型化されているほか、艦体側面の肥大・喫水線の上昇・パルスレーザーの増設・第四艦橋の増設などがある[51]。艦内には関しては、居住区画が削減されて艦内工場が新設されていることや、第一艦橋のレーダーが『さらば』に準じたものになっていることなどの変更点がある。48]として応用されている。物語終盤にはさらなる大改装が施され、最終決戦仕様となる。銀河からさまざまな兵装やシステムが移設されているほか、外観上のデザイン変化としては対空兵装の増加やコスモレーダーの大型化が挙げられ、艦載機はコスモタイガーII三座型に積み替えられている。玉盛は、デザインを現代にふさわしいものという視点で捉え直してCGならではの表現も取り入れ、必要なものを入れて不必要なものを描かないようにしたという[53]。同型艦編集2000年代以降の作品では、同型艦が新たに登場するようになる。基本的に小林誠が考案・デザインした艦である。『復活篇DC版』に登場する。デザイン担当は小林誠。主船体の基本形状はヤマトと同じだが、司令塔が大幅にアレンジされている。司令塔前後の副砲塔や煙突、両側のパルスレーザー群などがオミットされ、司令塔が前後に広がっている。司令塔上の艦橋は3つに分かれており、最上部に第一艦橋と同じ外観をした艦橋、2段目は曲面状の窓を持つ艦橋、3段目はドーム状の窓を持つ大きな艦橋となっている。ヤマトでいう第三艦橋の部分のデザインも、ヤマトとは異なる。波動砲には砲栓がつけられている。地球連邦のロゴの上に「武蔵」という艦名が表記されたエンブレムが、砲栓部や司令塔側面および上面、艦首側面などにマーキングされている。『2202』でも設定上は存在するとされている[54]。『復活篇』時に小林誠が私的に考えた艦。ヤマトに搭載されている「信濃」という特務艇が登場する。その「信濃」という名称は脚本段階から存在していたものだが、大和型戦艦の3番艦を設計変更して建造された空母と同じ名称であったため、それをヤマト搭載艇に使用することに小林が違和感を覚えた[55]。そこで、「『信濃』は、本来『シナノ』という空母に搭載されるために開発されたもので、シナノが建造見送りとなったため、名前だけが特務艇に流用された」という設定を個人的に考え、そして「ヤマト型の3番艦である航空戦艦」というコンセプトの下に、デザインを起こした[55]。デザインは、『ヤマト2』の地球側空母のような艦後部に飛行甲板を備えたものとなっている。飛行甲板側面には特務艇の発進口が複数ある。こと、前部甲板の主砲塔も2列に並べられた対空砲に置き換えられている。シナノの設定は、あくまで小林個人が考えたもの(本人曰く「モウソウの産物」)であり、『復活篇』の公式設定ではない[55]。ヤマトクルー公式からも販売された「小林誠復活篇アートカレンダー2012」においてシナノが描かれた絵がある[56]など、公式商品上で扱われたことはある。ブラックバード『2202』に登場する。