希望<メカゴジラ>が、起動する。希望<メカゴジラ>が、起動する。人類最後の希望<メカゴジラ>が、起動する。地中深くから姿を現した<ゴジラ・アース>によって散り散りになってしまったハルオたち。ハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民、ミアナだった。フツアはこの地球で初めて出会った人型の生命体で、ミアナには双子の姉<マイナ>もいた。「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼女らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体=ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊された<メカゴジラ>を構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった。