3月30日:速見ICで日出バイパスと接続。4区間が新直轄方式による整備に切り替えられる[31]。新直轄方式による整備に切り替えられる[32]。苅田北九州空港IC間開通により九州自動車道と接続。2007年(平成19年)3月22日:末吉財部料金所を廃止し本線上に新たに末吉財部料金所を新設。チャレンジ!おおいた国体の開催に合わせたもの。2009年(平成21年)4月1日:別府湾SA内に別府湾スマートICが本格運用開始。6月30日:地域活性化ICとして清武南ICの設置許可が下りる。宮崎西IC間、改良工事により同年11月22日まで全面通行止[33]。日南IC間で建設中であった広渡川2号橋(L=265m)に設計ミスによるひび割れが見つかり、取り壊し再建造となった。日向IC間も無料化社会実験の対象となる。