実際の統治に当たっては、従来あった日本の統治機構(軍隊及び国家警察を除く)を活用することとし、日本政府に対して指示・命令を下し、実務は主として日本人に行わせるという「間接統治」の形態が採られていた。このために、GHQが日本政府に向けて発する指示・命令は「ポツダム命令(ポツダム勅令・ポツダム政令とも)」と呼ばれ、当時の日本にとっては従来のあらゆる法令に勝る絶対的・超法規的な性格を持っていた。増強」といった再軍備が行われたり、労働運動に制限が加えられるなど、方針は大きく転換された。1951年9月に締結され、翌年4月に発効した「日本国との平和条約(サンフランシスコ講和条約)」によって連合国軍の占領が終結、解散となった。よって引き続き日本に留まった。明治時代以後に日本が取得した海外領土に対する支配権も正式に放棄されることになった。