日本では1985年の記載で、約300種が食用にされ、うち十数種が人為的に栽培されている[3]。シイタケ、エノキタケ、シメジ類、マイタケ、ナメコ、ツクリタケ(マッシュルーム)のように、非常によく食べられており、栽培も行なわれている食用キノコがある。最近では、エリンギやヤマブシタケの栽培も増えている。マツタケのように、人工栽培には成功していないが、大量に輸入されていたり、トリュフのように高価で珍重されるキノコもある。キヌガサタケは高級な中国料理の材料として扱われていたが、すでに中国で栽培されている。菌床栽培された食用キノコを洗いすぎると吸水し水っぽくなったり栄養や旨みが失われるため、洗いすぎず食べることが肝心。食用キノコにはビタミンB2を含むものが多いが、同一の種でも生育環境(栽培条件)により栄養成分の含有量は大きく異なる[22][23]、そのため収穫後の子実体への効果を期待し様々な成分の添加が研究されている[24][25]。シイタケには呈味性ヌクレオチドであるグアニル酸が含まれ、だしを取るのに利用されている。キノコの旨み成分の多くは加熱により増えるため、ほとんどのキノコは生で食べても旨みは感じられない。従来から、可食種とされているクリタケ、ナラタケ、エノキタケ、シイタケでは加熱が不十分な場合、中毒症状を起こすおそれがある。体質によっては消化不良を起こし、下痢をする場合がある。されており、調理方法には注意が必要である。食用となるキノコの一覧は後の「#種類」を参照のこと。シイタケでは生や加熱不十分な物を食べてしいたけ皮膚炎を発症。スギヒラタケでは腎機能障害を有する場合に脳炎症状を発症するとされていたが、現在は毒キノコであるとみられている(詳細は該当ページ)。ハタケシメジ、マイタケなどでは有効とされる成分を抽出し、健康食品として販売されている例があり、さらにはカワリハラタケ(アガリクス)がβ-グルカンなどを豊富に含む健康食品として販売されているが、これらは副作用被害も報告されている[27]。これらキノコの薬理作用については、その有効成分などを含めて不明な点が多い。