ヘリ内部ヘリ内部ヘリの内部が拠点となっている。ここから、クエストを選択したりダイヤモンドドッグズに命令を出したりすることでゲームをプレイ開始となる。ヘリ内部の壁には写真などが大量に貼られていたり、武器が置かれていたりと、状況は任務の成果、ゲームの進行度合いによって刻々と変化するようになっている。スネークの相方、バディであるクワイエットもここに待機している。準備ヘリでは、武器、ヘリ、車両、クワイエットの装備、基地の設備、エンブレムなどのカスタマイズが可能となっている。作戦内容に合わせて適切なものにし、戦略を立てる。エンブレムは車両、スーツ、マザーベース基地などに表示される。武器のカスタマイズヘリ内部の準備で武器を色々といじることができる。ライフルにスコープをつけたり、カラーリングを変えたり、さらに武器のパーツを組み合わせて新しいパーツを作成することも可能。カセットテープ重要な事項はカセットテープに吹き込まれ、録音されている。ミッションに必要な情報はここから得ることができる。カセットテープでは音楽を聴くことも可能。ゲームを進めるにつれ、80年代の名曲を入手できるようになり、さらにヘリ内部のテーマ曲に設定することも可能。作戦を展開する、ゲームの中核部分。ミッションを行うことでゲームは進んでいくこととなる。ヘリを降下させるポイントを選択して、出撃準備を行う。ミッションの受注はその後。バディ、車両、プレイヤーなどを選んだら降下時間を選ぶと降下となる。バディバディ、相棒は人間のクワイエットのほか、馬、犬も選択可能。車両は戦闘車両も選べるがそうでないものも選べる。D-ドッグはその嗅覚で周囲に潜んでいる人間を察知するなどといった特殊能力が。クワイエットは斥候として指定位置まで高速移動し、敵の位置がより正確にわかる、補給物資を用意してくれる、さらに指定した敵を狙撃してくれるなど。バディはミッション中に切り替えることが可能。切り替える際、フルトン回収によって現在のバディは空へ送られ、一定時間後に新たなバディが送られてくる。今回、プレイヤーとなるのはスネークだけではない。他のキャラクターも選択可能となっている。降下ポイントに到達してヘリから降りたらミッションを受注することとなる。ミッションは選択可能なものから自由に行えばいいが、ミッション同士が互いに影響を与える場合がある。サイドオプスゲームを進めるためのメインミッションのほか、その合間にこなせる「サイドオプス」というものも存在する。サイドオプスが発生する場所はマップで青いサークルで表示されている。マーキングマップ上にはマーキングが可能となっている。マーキングするとそこまでの方向と距離が画面に表示されるようになるため、スムーズに目的地に着くことが可能となる。マーキングは場所だけでなく敵兵士など動く対象にも可能。気絶させた敵や武器などはフルトンをつけて上空に飛ばし、拠点へと回収することが可能。これを行うことで人材の確保や武器の増強などが見込める。これは天井がない場所でしか行えないという制限がある。屋内で倒した敵に行う場合、外まで運んでから行う必要がある。ソ連兵を回収することでソ連語の通訳が可能になったりする。敵の車両のような巨大で重いものすら可能。フルトン回収は敵に見つかると不審がられ、周囲の警備が強化されてしまうという危険性もある。捕虜が各所にいる場合がある。捕虜も発見したら周囲の安全を確保した上でフルトン回収し、何らかの特典を得られる。敵の背後から銃を突きつけフリーズさせると尋問が可能。これにより新たな情報を得ることができる場合もある。するとマップ情報が更新され、ミッション遂行に役立つことになる。タバコタバコを吸うことで任意に時間を高速経過させることが可能。昼夜を入れ替えたい場合や、砂嵐などの気候変動が収まるのを待つ場合、そして時間帯により敵の配備は変化するのでそういう用途に使える。入手することで新たな武器の開発が可能になる。ミッション中に可能で、開発した武器は位置を指定することでそこで入手することが可能となっている。タクティカルテイクダウン難易度の高いアクション(遠距離からのヘッドショットなど)などを行った場合、ボーナスとしてミッションクリア時の評価が高くなる。敵の装備が強化される場合がある。これはそれまでのプレイスタイルによって敵が対抗する形で行われる。危険地帯からの脱出ミッションクリア後、即クリアというわけではなく、現場、ホットゾーンと呼ばれる危険地帯から脱出するまでクリアとならない。ヘリを呼んで脱出することになるが、それまでにやられてしまえば失敗となる。ヘリは到着すると援護攻撃も行ってくれる。追ってくる敵がいない場合はDホースなどで遠くに離れることでもクリアとなる模様。CopyRight(C)。