https://www.encodeproject.org/images/c45f4d8c-0340-4fcb-abe3-e4ff0bb919be/download/attachment/EncodeDatatypes2013-7.png例えば,ChIP-seq(クロマチン免疫沈降シーケンス)は,ChIP(クロマチン免疫沈降)と高速DNAシーケンスを組み合わせることで,ヒストン修飾状況や転写調節因子の結合部位を網羅的(ゲノムワイド)に同定する手法です.これにより,転写調節機能を司るヒストン修飾やDNA結合タンパクの結合部位をゲノム全体で同定することができ,遺伝子変異だけでは説明しきれない細胞の表現型に関与する膨大な情報の取得が可能になります.そこで本節では,ChIP-seqにより得られた転写調節因子の結合部位に当たるDNA塩基配列のパターンを深層学習により学習することで,任意のDNA塩基配列に対して特定の転写調節因子との結合可能性の予測を行います.このアプローチはゲノム全体のヒストン修飾部位の予測やオープンクロマチン領域の予測など幅広い生命現象を統一的に取り扱うことを可能とします。超の長さのDNA塩基配列を入力として受け取り,DNA塩基配列中のある領域が転写調節因子の結合部位になり得るかを予測します。