サファイア』は、ポケットモンスターシリーズ完全新作(別バージョンやリメイク以外の本編作品の新作)の3作目。パッケージのポケモンは、『ルビー』がグラードン、『サファイア』がカイオーガ。なり、その性能を生かしたこれまでよりもクオリティの高いグラフィックやサウンドが特徴である。新しい対戦のルールであるダブルバトルの導入や、ゲームシステムの大幅な改良も施されており、これらが後のシリーズに基礎になっている。クリスタルバージョン』の時点で開発現場から退いており、今作で完全新作としては初めてとなる増田順一がディレクターを担当している。シナリオの舞台となる「ホウエン地方」は、これまでに登場した「カントー地方」と「ジョウト地方」から少し離れた場所にあるという設定で、登場するポケモンの大半が新しいポケモンであり、登場人物もすべて一新された。『ルビー』と『サファイア』の主な違いは、特定のポケモンの出現率、出現するポケモンの種類、ポケモン図鑑のテキスト、主人公と敵対する悪の組織で、シナリオやキャラクターの台詞に大きな違いはない。本作で新たに登場したポケモンは135種類であり、前作までに登場している251種類と合わせた386種類がGBAのポケットモンスターシリーズ5作品それぞれにすべて収録されている。そのうち本作のみで入手できるのは、ホウエン地方のローカルな図鑑である「ホウエン図鑑」に分類されるポケモン全202種類のうちの200種類(残り2種類は、配信キャンペーン限定の幻のポケモンジラーチとデオキシス)である。エメラルド』が発売され、これらのソフトと通信交換をすることで残りの185種類のポケモンが手に入るようになった。『コロシアム』と通信交換したポケモンのNo.は表示されず図鑑で確認することもできないが、『ファイアレッド・リーフグリーン』または『エメラルド』との通信交換でホウエン図鑑以外のポケモンを手に入れると、ポケモン図鑑がNo.001から386までを登録できる「全国図鑑」に自動的に切り替わる。『赤・緑・青・ピカチュウ』と『金・銀・クリスタルバージョン』はともにGB用ソフトのため通信交換が可能だったが、ハードウェア的な理由から本作を含めたGBA用ポケットモンスターシリーズと『赤・緑・青・ピカチュウ・金・銀・クリスタルバージョン』との通信は一切できない。前述のように過去作品との互換性はないが、後発のシリーズ作品へはポケモンを一方通行ながらも通信で送ることができる。ハートゴールド・ソウルシルバー』へは、DSのダブルスロット機能を使ってGBAシリーズからポケモンを連れて行くことができる。それ以降のシリーズへは各作品を経して間接的に送ることが可能で、ニンテンドー3DS用として発売された本作のリメイク『オメガルビー・アルファサファイア』では『ルビー・サファイア・エメラルド』から連れてきたポケモンに関するイベントが起こるようになっている。