同時に設置された「統合幕僚会議」という組織があったが、統合幕僚監部はこの機能を拡張し、各自衛隊の統合運用を目指して2006年3月に設置されたものである。長である「統合幕僚長」は全自衛官のトップであり、防衛省のトップである防衛大臣に対して軍事専門家として一元的に補佐する役割を持つ。平成27年度に本省の運用企画局が廃止されると共に、同局の機能を吸収し、名実共に自衛隊の運用(軍事用語で言うところの軍令)機関となる*2。このため、このポストに任じられた陸海空将は陸上・海上・航空の各幕僚長である将と同様、外国軍の大将*3に匹敵する階級として扱われる。行動に関する法的支援に従事する。自衛隊の行動に関するマスコミ対応に従事する。首席後方補給官(J-4)統合的見地に立った兵站の構想及び計画の立案・策定に従事する。猛烈な反発により頓挫していたという経緯がある。有事に備え大将位を空位とすべきとする観点から、真の意味で大将の地位に相応しいのは統合幕僚長のみだとの声もある。