覚醒』の物語は、国や背景の違うさまざまな登場人物たちが織り成す群像劇です。プレイヤー自身も、自分で名前・外見を設定したキャラクター「マイユニット」として、物語に深く関わることになります。仲間を活かして戦局を切り開く戦場では仲間ユニットを動かして戦いを繰り広げ、勝利を目指します。登場する武器や兵種の相性関係に加えて、近くの仲間と協力して敵と戦う「デュアル」システムにより、マップ上での位置関係も重要な戦略の要素となります。倒れた仲間は二度と戻らない「クラシック」の2つのモードが選択できます。難易度とモードを組み合わせて、じっくりと遊ぶか、手軽に遊ぶか、プレイスタイルに合わせて選べます。物語はフリーマップを進みながら展開し、行ったことがある場所に戻って、敵と戦ったり、ショップを訪れたりなど、自由に行き来して遊ぶこともできます。