ストーリーブルックに来て混乱するエルサは、自分を守るために雪のモンスターを作り出す。ロビン・フッドの妻マリアンの登場で幸せを奪われたレジーナは、悪役が“ハッピーエンド”を迎える物語に書き換えさせるべく、作者を捜せと魔法の鏡に命じる。ゴールドはハネムーン中に“ある物”を見つけ、闇の王の短剣をベルに渡すべきかどうか迷う。過去のアレンデールではクリストフとの結婚を控えたアナが、死んだ両親が向かうはずだった“魔法の森”へ旅立つ。孤独なエルサ妹アナを捜さなければと必死なエルサは、驚いたはずみに自分とエマを氷の洞窟に閉じ込めてしまう。エマは寒さで凍死の危機に瀕する。レジーナはロビン・フッドとの別れが辛く、ヘンリーにも背を向けてしまう。レジーナに代わる町長としてメアリーの初仕事は発電機の修理。エルサが氷の壁を作って町を囲った際に停電していたのだ。過去の“魔法の森”ではアナがデヴィッドに剣術を教え、彼を搾取するボー・ピープに立ち向かわせる。ひとりの雪の女王マリアンに心臓が凍って死に至る“氷の魔法”がかけられ、エルサが疑われるが、実はストーリーブルックでアイスクリーム店を営む謎の女性も、エルサと同じ力を持っている。エマとデヴィッドはロビン・フッドの元仲間ウィルと出会い、彼の話から不審なアイスクリーム店の存在を知る。過去のアレンデールでは、ある洞窟に隠された壺に自分と同じ力を持つ人が閉じ込められていると知ったエルサが、その洞窟へ向かい、もうひとりの“雪の女王”と出会う。フック船長の左手エマに初めてデートに誘われたフックはゴールドに、エマを抱きしめるために切り落とされた手をつけてくれと頼む。レジーナには凍っていくマリアンの治療法が見つからず、ヘンリーとメアリーが他の方法を探す。ウィル・スカーレットはある本を探すためにストーリーブルックの図書館に侵入しようとする。遠い昔、“魔法の森”ではルンペルシュティルツキンが魔法の小箱を探しており、それを手に入れるためにエルサの妹アナを利用する。友情がこわれるときエマはアイスクリーム店で撮られた自分と雪の女王の写真を見つけるが、その場面にまったく覚えがない。エルサはストーリーブルックの森でアナを見かけるが、氷の橋を渡って抱きしめた瞬間に幻と消える。レジーナは雪の女王の住みかへ向かう途中で、エルサを捜すエマと出会い渋々手を組む。エマは少女時代に出会ったリリーとの苦い経験から、レジーナとの友情を失いたくなかった。昔リリーと撮ったビデオを見たエマは、そこに里親として雪の女王が映っているのを見る。アナとベルの出会い姿を消した雪の女王はかつてエマの里親だった。雪の女王は自らの真意を隠して願いを果たすべくエマからその記憶を消していたのだ。ベルは自分が持つ“闇の王の短剣”が偽物だと知らず、ゴールドに雪の女王の居場所を言わせるため短剣を使う。ゴールドは仕方なくベルに従う。過去の“魔法の森”でベルはアレンデールへ旅をし、アナの力を借りて、自分から失われた母親の記憶を石のトロール、ペビーに戻してもらおうとする。三姉妹の物語エマは雪の女王を捕らえて保安官事務所で取り調べるが、雪の女王はエマと両親の複雑な関係を利用して、自分たちは同類だと思わせようとする。レジーナとロビン・フッドの関係は、ロビンの妻を助けようとする中で複雑なものになっていく。ヘンリーは物語の作者の手がかりをつかむため、ゴールドの店で手伝いを始める。過去のアレンデールでは、三姉妹の長女イングリッドが自分の持つ不思議な力に悩みながらも、二人の妹との絆に支えられていた。前編アレンデールでは雪の女王がエルサとエマを反目させようとしたが、思ったより姉妹の絆が強く、女王は極端な手段に出る。ストーリーブルックで、エマは力のコントロールがきかなくなり、愛する者を傷つける恐怖から、ゴールドに自分の魔力を取り上げてくれと依頼。フックはそれを止めようとする。レジーナは本の作者を見つけようとして意外な事実を発見する。ロビン・フッドは作者を探すためウィル・スカーレットに協力を頼む。後編エマは自分の力を制御できなくなり、大切な人を傷つけることを恐れて誰も寄せ付けなくなる。ゴールドから教えられた方法で力をすべて捨てようとするが、ゴールドの真意を知るフックはエマを止めようとする。作者の手がかりを探す中で、レジーナはある挿絵の存在を知り、ロビン・フッドとの未来に希望を抱く。エルサの説得でエマは自分の力を受け入れ、それを知った雪の女王はストーリーブルック全体に呪いをかけられるようになったと喜ぶ。アナのネックレス雪の女王が“割れ鏡の呪い”をかける。メアリーとデヴィッドは呪いが町に到達する前に対抗策を採るよう住民に呼びかけ、ベルは妖精たちと、呪いに対抗するワクチンの生成を勧める。ゴールドはフックを操り、自らの脱出計画を進める。レジーナとロビン・フッドは呪いに備え、一方エマとエルサは“追跡の魔法”でアナの居場所を探す。アレンデールでは、凍っていたアナとクリストフが目覚め、王国が再び危機に瀕していることを知る。雪の女王の旅立ち雪の女王がかけた“割れ鏡の呪い”のせいで、ストーリーブルックでは誰もが攻撃し合い混乱状態に。レジーナ、メアリー、デヴィッドも昔の恨みから大げんかになる。エマとエルサは手首に巻かれた“愛のリボン”をはずし、雪の女王の呪いを解こうとする。ゴールドはベルとヘンリーを連れて町を出るため、フックを操って、魔法で守られた町長室からヘンリーを連れ出そうとする。レジーナの魔法で元いた浜辺に戻されたアナは、そこで母の手紙が入った瓶を見つける。雪の女王が消え、ヒーローたちは普段の暮らしに戻っていったが、レジーナは難しい決断を迫られていた。フックの運命は、ゴールドが力を追い求めるか、それとも愛する者を取るかの間で揺れていた。過去、“魔法の森”でルンペルシュティルツキンはマレフィセント、アースラ、クルエラに誘拐されたベルを取り戻すために“キャメロットの魔法の小手”を3人に渡していた。人の弱点を示すその小手がゴールドの店にあるのを見つけたベルは...。3人の魔女ゴールドが町から消え、ストーリーブルックの住人たちは平穏な毎日を取り戻す。フックとベルが“魔法使いの帽子”から妖精たちを解放する方法を探す一方、エマとヘンリーとレジーナは作者の手がかりを探し続ける。“魔物”が町を襲い、エマとレジーナは魔物退治に奮闘する。ニューヨークでは、ゴールドとアースラがクルエラの元を訪ね、悪役のハッピーエンドを叶えるために、一緒にストーリーブルックへ行こうと誘う。マレフィセントの涙デヴィッドとメアリー、クルエラとアースラがストーリーブルックに来たのは、ハッピーエンドが目的ではなく何か裏があると疑う。それはマレフィセントに対してメアリーたちには後ろめたい過去があるからだった。エマは1人でアースラとクルエラの調査を始めるが、家族が何か隠し事をしているのも気になる。レジーナとヘンリーは作者捜しを続けていて、子供に戻ったピノキオに何か記憶が残っていないか、強引に話を聞きだそうとする。マレフィセントのたくらみヒーローたちのスパイとして“悪役グループ”に潜入したレジーナは、信用させるために手を汚さなければならなくなる。ゴールドはフックに化けてベルをだまし、“闇の王の短剣”の隠し場所へ案内させる。その昔、失意のどん底にあったマレフィセントを励まして、竜に変身させたレジーナは、再びマレフィセントと手を組むと見せかける。マルコの家からピノキオを誘拐して、ゴールドの短剣でオーガストの姿に戻し、”作者“のことを聞きだそうとする。人魚の歌フックはアースラとの過去を取引材料に、ゴールドの企みを聞きだそうとする。ゴールドと3人の悪女は作者の情報を引き出そうとオーガストを拷問。そこへエマ、メアリー、デヴィッドが駆けつける。レジーナは悪女軍団に潜入しつつもロビン・フッドの安全が心配になってしまう。過去、“魔法の森”では若いアースラがフックの力を借りて故郷を離れ母の思い出の地へ出かけようとしていたが、すぐに海賊を信用したのは失敗だったと気づく。新たな敵!マレフィセント、クルエラ、アースラなど、おとぎ話の人気悪役キャラクター“ヴィランズ”たちが登場!エマがタイムトラベルをした際、雪や氷を自在に操る魔法の力を持つアレンデール国の女王エルサを、おとぎの世界から現代の町ストーリーブルックへ連れてきてしまった。エマたちは、両親の死の真相を追って行方不明になった妹アナを捜すエルサを手助けするが、雪の女王イングリッドが現れ、その行く手を阻む。悲しい過去を持つイングリッドは、“愛する人の最も悪い部分しか見えなくなってしまう呪文”「割れ鏡の呪い」をストーリーブルックの町に放ち、町は再び混乱に陥ってしまう。マレフィセント、アースラ、クルエラの悪役トリオがストーリーブルックに現れ、ルンペルシュティルツキンと手を組み、悪=ヴィランズの結束を固めようとしていた。ヘンリーが持っている「おとぎ話の本」のストーリー展開がすべての出来事を操っていると考えたレジーナは本の作者を探し、ストーリーブルックへハッピーエンドをもたらそうと画策するが、ヴィランズたちもヒーローとヴィランズの立場を逆転させようと陰謀を巡らし、「おとぎ話の本」の作者を探し始める。呪いがかかった町で、アナとエルサは迫りくる危機から逃れることができるのか。