理屈上核兵器保持は可能だが政策判断としてやめていると従来からの政府答弁をした。その直後に政府首脳が「(将来)国民が核を持つべきだということになるかもしれない」と「非核三原則見直し」と発言したと報じられたが、野党はこれを福田の発言であるとした[53]。オフレコでの発言だったものの、非核三原則の見直しと捉えられ批判を呼んだ。同年6月10日、国会でこれらの発言等についての集中審議(議題を絞った審議)が行われた中で、福田は「それぞれの時代状況によって安全保障という問題は、国際情勢などを踏まえたさまざまな国民的議論があり得るということを述べたもの」、「将来、政府としての非核三原則見直しをするというような可能性を示唆したというのは自分の真意ではない」、「今後とも非核三原則を堅持していくという立場に変わりない」旨の釈明をした[54]。福田が判断し防衛省による栄誉礼や儀仗を拒否したうえで、綱紀粛正の徹底を訓示した[59]。指摘し、日本の安定維持のためだけでなく、アジア・太平洋での地域協力の基盤と位置づけた。対外情報機関の新設を指示していたとされる[62][63][64]。外交公電によれば、福田は2008年に対外情報機関を新設するよう命じ[62]、内閣官房の内閣情報調査室を基盤とする機関が新設されることになったとされている[62][63][64]。新機関は、アメリカ合衆国の中央情報局やイギリスの情報局秘密情報部を模範とし[62][63][64]、他国やテロリストなどの情報収集にあたるとされる[62]。日本国外での情報活動を主務とする機関の新設は、太平洋戦争後では初めてとなる[62][63][64]。ランダル・フォートと協議し、新機関ではヒューミントが優先課題となると表明した[62][63]。この対外情報機関の設立準備構想は、福田政権を継承した麻生政権に引き継がれたとされる[62][63][64]。参照2008年6月3日、ローマでの日本とイランとの首脳会談にて、福田は「日本とイランは石油以外の関係が進まない。主張し、イランの大統領マフムード・アフマディーネジャードに対し核開発を中止するよう直接要請した。