Uピクミン3に登場するピクミンの誕生と成長オニヨンに養分を持ち込むと、オニヨンがピクミンの種を吹く。この種が芽吹いたピクミンは、引っこ抜くことで動けるようになり、新たな仲間としてついてくる。ピクミンは、探索の過程や原生生物との戦いで、命を落としてしまうことがある。数が減ったピクミンは、母体であるオニヨンに、養分になるものを運び込むことで増やすことができる。ピクミンは成長すると花が咲き、移動スピードが速くなる。倒した原生生物は、ピクミンたちの養分になる。倒した後の原生生物をピクミンたちにオニヨンまで運ばせればよい。芽吹いたピクミンを地中に埋めたまま引き抜かずにおいたり、引っこ抜いたピクミンに大地のエキスを吸わせると、葉からつぼみ、そして花が咲いたピクミンへと成長する。地面から引っこ抜いたピクミンは、アルフたちの後を自動でついてくるだけでなく、原生生物と戦ったり、特定の場所や物体に投げることで、さまざまな働きをする。ちなみに、アルフたちが一度に連れて歩けるピクミンの数は、最大100匹までとなっている。複数の種類のピクミンを同時に連れて歩くこともできるので、探索する場所や出現する原生生物に合わせて、連れ歩くピクミンの種類やそれぞれの数を決めるようにしたい。