Gate)舞台は電脳暦V.C.a0年[48]。月で発見された遺跡(ムーンゲート)から得られた技術(V.コンバータ)によって画期的な人型ロボット兵器「バーチャロイド(VR)」が開発され、極秘裏に販売準備が進められ、それと平行してビデオゲーム「バーチャロン」で優秀な成績を収めたプレイヤーがパイロットとしてスカウトされていた。そのなかで、月の遺跡が暴走を開始した。月遺跡(ムーンゲート)には地球を一つの砲弾として太陽系外へと射出する「太陽砲」と呼ばれる機能がありこのままでは遺跡の暴走とともに地球そのものが太陽系外へと射出される未曾有の危機へと繋がる状況となった。この脅威を排除するため、バーチャロイドを大量に投入し太陽砲および月遺跡(ムーンゲート)破壊作戦が行われた。「オペレーション・ムーンゲート(O.M.G.)」と名づけられたこの作戦を描いたのが第1作である。旧来のM.S.B.S.が搭載されたバーチャロイドは一部の機体を除いたほとんどの機体が遺跡の自動防衛システムによって乗っ取られておりO.M.G.に参戦可能なのは月軌道上のドック艦にあった当時最新バージョンのM.S.B.S.が搭載されていた30機の「バーチャロン」用の機体に限定されていた、そのため軍事作戦のためにビデオゲームをプレイしなくてはならないという冗談のような事態となっている。前半のステージはシミュレーションによるパイロット適性検査であり、後半は適性検査をクリアしたパイロットにドック艦にある遠隔操作用バーチャロイドが割り当てられオペレーション・ムーンゲート本隊として遺跡へ突入し遺跡の自動防衛システムに乗っ取られたVRとの実戦そして遺跡最深部にある太陽砲の破壊を目指す。前半戦の適性検査クリアに時間が掛かると、実戦の前にシミュレーターのバグでヤガランデと闘う事になる。副読本『SCHEMATIC』が発刊される前は、「プレーヤーはゲームをしているつもりでも、未来に実際に存在しているバーチャロイドを遠隔操縦しており、無自覚のまま戦場に投入されている」という趣旨の設定がセガサターンマガジン誌上で発表されていたが、上記のように改められた。