15:44:43)追加された行はこの色です。削除された行はこの色です。2011/12/29)-Journal@rchiveで[[結晶学会誌:http://www.journalarchive.jst.go.jp/japanese/jnltop_ja.php?cdjournal=jcrsj1959]](2年前まで)が読めるようになってました。Proは高価です.VESTAに同封されているPowderplotはRIETAN-FP計算の後見るのに便利です。Macで問題なく動作します。読み込むことができます。---Plotでデータを表示した時に、強度データが正しく表示されていないことがよくあります。これはデータがたくさんある場合に間引いて表示しているために生じるようです。point:にチェックを必ず入れてください。デフォルトではチェックが外れてます。---上記で一応回折パターンが表示されてfittingがよいかどうか等は判断できますが、回折位置を示す縦棒が表示されないのは困ります。そこで.itxファイルから、回折線位置も含めて、Plot用のファイルに変換するプログラムをpythonで作成しました。回折線位置については角度に対して並べかえます。そこに追加する値としてはy軸に対して縦棒をずらせて表示させてやる位置(相によって変える)を入れてやります。この変換を行うと、Plotで回折線位置も含めて読み込めます。Stickのチェックを入れます。これで縦棒として表示できるようになります。デフォルトでは棒のサイズが長いので、Sticksizeで好みの大きさに変更。他のデータについてもスタイル等で見やすくなるように変えておきます。Styleで現在のスタイル用のマクロを記録する。これを保存すれば次回からは、このマクロを使うと、一発でスタイル設定等を変更することができる(ただデータが異なると細かい調整が再度必要)。point:は自動化できないので、ここのチェックは忘れずに。3などとしてもいいですが、InspectorのCalculationでずらす方が簡単でしょう。Imageで保存する。やって作った例を下に示してます。CENTER:&ref(http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/images/plot-sample.png);~---[[pythonスクリプトのリスト:http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/itx2plot.py]].今のところ縦棒は4相までに対応してます(5相以上の場合はスクリプトをちょっと直す必要があります)。itx2plot.pyとか)。このスクリプトを使うにはまずRIETAN-FPのinsファイルでgnuplot用のitxファイルを出力するように設定する。RIETAN-FPの実行。Plotからsample.pltを、ImportでAsciiで読み込む。separatorはカンマにし、multicolumnをチェックする。これで読み込まれるはず。$sample.pltを追加して、RIETAN-FP実行時に自動的に計算するようにしている。/Applications/Plot0.997/Plot.app/Contents/MacOS/Plotを追加しておけば、さらにPlotを起動できるが、現時点ではterminalにエラーメッセージが出て、rietan.commandの実行がここで止まります.Control-Cを打つとプロンプトに戻るので、Plotからsample.pltファイルを読み込む。追加(2011/12/29)--最近、並列計算ができるようになってます(Foxgridのタブが追加)。時間がかかる複雑な構造に適用すればいいでしょう。複数のネットワークで繋がったPCだけではなくて、複数のcoreを持つ場合にも利用できます。--最近、並列計算ができるようになってます(Foxgridのタブが追加)。時間がかかる複雑な構造に適用すればいいでしょう。複数のネットワークで繋がったPCだけではなくて、複数のcoreを持つ場合にも利用できますが、Macでは問題があるようで、ちゃんと使えてません。optimization計算ができる状態になっているFoxファイルを用意します(.xml.gz)。現在作業しているジョブに適用することもできます。--直接Foxgridからファイルを読むこともできそうですが、Macだとトラブルが生じるようです。最初にfileメニューからxmlファイルを読んでおいた方がよさそうです。jobボタンをクリック。mem)ボタンをクリック。ジョブの設定windowが出てくるので、試行回数など設定。jobボタンで変更できる。localボタンをクリックし、OKをボタンをクリックするとローカルのcoreを使った計算が始まる。listに行が加わる。resultボタンをクリックすればいいはずだが、表示されずに反応がなくなる。計算ファイル自体は出来ている。Bail法によるパターンフィッテングは今のところpseudo-Voigtのみ使えます。Iの1ペアで入っているデータでも読み込めました。Backgroundでバックグランドを引く.普通20以下で十分であるが、キャピラリーなどでバックグラウンドが複雑なものは30-40を設定する。NMRで測定するとAlの席が同定できるであろう。zという特殊位置に2種のAlが入るのであるが,これがうまく探索されていないようである.--座標を全く拘束せずに収束させることができないか,anti-bump(近接を防ぐペナルティ)をコスト関数に入れてみたが,今のところ成功してない.-未知構造--手元にある未知構造物質2種をFoxでindexingから初期構造決定まで試してみた.放射光X線+デバイ・シェラーカメラのデータを使っている.2日ほど苦闘して,どちらも構造を解く事ができた.ただNMRから陽イオン多面体の席数と量比は事前に分かっていた.この情報があると可能な空間群に制約が与えられたり,特殊位置に入るべきだとかが分かる.antibumpを適切に設定するとうまくいくことも多い。その後、うち1相は既知の構造タイプと同じであるとわかった。--その後さらに1つ未知構造物質をFoxでindexingから初期構造決定まで試してみた。この場合は実験室のX線装置(Kalpha1のみ)を使ったが、構造を解くことができた。これもNMRからの情報を使っている。これもアナログな構造が見つかった。refinementはSPring-8で得たデータを使って、もうすぐ投稿するところ。--またその後さらに2つ未知構造物質をFoxでindexingから初期構造決定まで。こっちは学生さんがやっているが、構造は解けている。これもNMRからの情報を使っている。-Foxの注意点.--(Foxに限らないが)indexingは注意してやらないといけない.他のプログラムも使って確定しないと無駄な努力をすることになる.かならず出力データを丹念に読む必要がある.しばしばターミナル表示ではなく,詳細な出力ファイルの中で正解が見つかることがある.TREORをMacで使うには、公開されているTREOR90のソースコード(Fortran)を自分でコンパイルすることで使えるが、最新版を使いたい場合はEXPO2009に入っているN-TREOR09を使うことになる。factor等が下がらず、時間を無駄にしたことがある。fittingを行ったら、明らかに斜方晶系の場合よりもRwpが改善されて、やっと単斜晶系であると気づいた。refineされたbetaは90.1くらいになっていた。パターンを見ると、斜方晶系で解析した場合、測定データではいくつかのピークが2つに分裂しているのに、Foxの計算では1つのピークしか出ていない。本来はここで気づくべきであった。パターンを眺めることが重要だという例。Window"から行う.なおantibump等のコスト関数は構造にバイアスを及ぼす。これらを使って得られた構造を議論するのは危険である。後、Rietveldで精密化を行なう必要がある。各座標等にlimitを付けた上で、antibumpのスケールをゼロにして、構造を求める。Displayの原子の色も指定できる.別元素が同じ色で見づらいときは,ここで変えられる.--私の場合,陽イオン多面体が重なったりして、酸素が千手観音のように見えることがあります.antibumpで酸素ー酸素間距離を入れておくと,本来の酸素1つにマージされていきます.または特殊位置にあるので、特殊位置でfixする必要があります。--座標が明らかにその空間群の特殊位置に収束しているようなら、座標のところで特殊位置の値を入れて、refineしないようにチェックボックスをアンチェックする。--5配位が予想される時は(5配位に対応する多面体は用意されていないので),とりあえず八面体で計算する.多面体が3次元的に繋がっているような構造では,5配位部分の八面体は取り除いて,そのかわり中心元素を単独の元素として扱う.八面体の時の座標を初期値としてLimitを付けて最適化する.--上と似た話だが,陽イオン多面体が陰イオンを共有して3次元的につながっている構造では,全てを多面体として定義して扱わない方がよい.陰イオンが全て含まれているだけの数の多面体を使い,残りの多面体は中心の陽イオンを原子単体として入れた方が収束しやすい.これはそちらの方が自由度の数が減るためであろう.私の経験した例では,全ての原子を単体として扱った時に自由度が54,全て多面体として扱ったときに自由度が36,半分を多面体として残りは原子として扱った時が27であった.最初は試してないが,2番目と3番目では3番目の場合が最も早く収束した.また陰イオン同士のマージが生じない(余分な陰イオンがないので)のもマージや動的占有率計算が不要となることも効いているのであろう.配位数の低い方を多面体として扱って,配位数の高い方を原子として扱った方が収束が早い気がする.これは配位数の低い方がrigidなためだろうか.--それらしい構造が得られたら,CIFファイルとして出力し,VESTAで読み込む.酸素などマージしていなくて,重複しているやつは取り除く.構造を眺めてよさそうなら,陽イオン位置にlimitを付けて,さらに計算してみる.酸素(または陰イオン)の数に注意.数がZから予想されるよりも多い場合には余分な酸素がまだ残っている.うまく計算がいくと,重複している酸素等は自動的にマージされて,消えて行くはず.--Limitの入力の仕方---Windowsの場合は、マニュアル通りに文字(_xRなど)の上で、右クリックすればOK。sin(theta)/lambdaは普通は0.25くらいで十分。大きくしても計算が遅くなるだけ。[#gae04241]-本来Foxでは非経験的に構造が解けるのでしょうが、私たちのところでは高分解能固体NMRと組み合わて効率よく構造が解けてます。最近は1/2スピン以外の核でも、高分解能のスペクトルが得られ、席の数、配位数が決められます。これまで6つの高圧未知相をこの組み合わせで解くことができました。P等の配位数や席の数の情報が得られます。高度な方法では、中距離でのつながりの情報が得られます。この情報を利用すると、空間群を制約したり、特殊位置がすぐ特定できたり、またFoxで配位多面体モデルを作る場合に直接役に立ちます。逆に得られた初期構造がNMRの結果と一致するかどうかをチェックすることで、誤りを防ぐこともできます。配位数や繋がり方がわかっているとantibumpの距離設定も適切に調整できます。B-O-Bの構造に収束している場合がかなりあります。NMRからそれらがないと分かっていると、antibumpでそれらが実現しないようにでき、正しい構造が早く得られます。Bail法等を使って、強度を推定する必要があります。Bail法目的のプログラムではありませんが、Fox自体で構造解析ができることや,indexingや空間群探索ができるなどの利点があります.いくつか試しに計算してみたところ,両者を相補的に使うことで,構造解析に有効かもしれません.Foxではモデリングでつまずいたり,沢山の可能性を試す必要があったりしますが,Superflipではモデリングは不要で全ての原子位置が直ちに判明することがあります.一方データの質が悪くなると,Superflipではきれいな電子密度の山が見えなくなります.-とりあえずFoxの出力するxmlファイルから強度部分のみを取り出す簡単なプログラムを作成してみました。Fを電子数が近いためか,間違って判定してしまう.なのでEDMAが出すCIFファイルをVESTAで読んで,1個ずつ訂正したが,ちょっとバカバカしい.なおVESTAでも電子密度から原子位置を求めることができる。--手持ちの未知構造4種:なぜか全てうまくいきませんでした。Foxでは全て解けました。SuperflipではNMR等からの情報をうまく生かすことができません。Mac用も用意されてます。以下のDawwineで動かす努力も不要になりました。Window上で動きます。遊んでいるところです。