10:56:05)追加された行はこの色です。削除された行はこの色です。cod_list.txtをupdateした。cod_list.txtを使わない[[結晶構造検索COD_SQL版]]が出来たことで、今後cod_list.txtの更新は多分行わなくなる予定です。CODに接続して検索するバージョン(Mac/Windows)も作りました。こちらではcod_list.txtを必要としません。この新しいバージョンについては、[[結晶構造検索COD_SQL版]]をご覧ください。cod_list.txtをupdateした。04/05にuploadしたものは不完全でしたので、もしそれをダウンロードした方は再度ダウンロードしてください。cod_list.txtをupdateした。最近のFoxにCODの検索機能が付きました。Foxユーザーの方はそちらを使っても、結晶構造の検索ができます。cod_list.txtをupdateした。cod_list.txtをupdateした。cod_list.txtをupdateした。現在、このプログラムはupdateによりsqlを使ったものになっている。[#u6fc6219]-以下には、&color(red){無料で};結晶構造を鉱物名や化学組成で検索して、サクッとVestaで表示するための方法が書いてあります。抽出したリストを作りました。そのリストを検索して、Vestaに表示させるための簡単なPythonコードを作りました。それが案外便利で、私の研究・教育になくてはならないものとなっており、公開することにしました。Macのターミナル上での使用を前提にしてます。Linuxでは少しだけコードの変更が必要です(Vestaをオープンするところ)。利用には、結晶構造を表示するプログラムVestaがインストールされている必要があります。cifデータをダウンロードするためにインターネット環境が必要です。-なお、ここの内容のほとんどは[[CODで遊ぶ]]に既に書いてあるのですが、そちらはテクニカルな部分や仕組みを解説している所が多いので、ここではそれらは省いて、利用方法を主に書いてます。仕組みが知りたい方は[[CODで遊ぶ]]をご覧ください。GB弱)はこちらの利用方法では不要です。無機結晶(鉱物)の例のみが出てますが、COD自体は有機結晶を含んでますので、有機結晶の検索にも利用できます。libermanniteなどは鉱物名の検索では出てこないか、数が少ないはずです。データは実は沢山収録されています。そのような場合はあきらめずに化学組成から探してください。構造名から検索できることもあります。libermanniteなどは鉱物名の検索では出てこないか、数が少ないはずです。データは実は沢山収録されています。そのような場合はあきらめずに化学組成から探してください。構造名から検索できることもあります。-文字だけでは便利さが伝わらないかもしれないので、使っているところの[[movie:http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/images/cod_demo1.mov]]を置いておきます。これはmelanophlogiteという鉱物を検索して、Vestaで表示されるところを、Quicktimeで画面キャプチャーしたものです。検索からVestaでの表示までに10秒もかかりません。最新版は組成でも検索できます。[#pac0121b]-まず、鉱物名、組成等とその結晶構造データファイル名(*******.cif)をリストにしたものを[[ここ:http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/cod_list.txt]]からダウンロードしてください。MBの容量になります。これは、私がダウンロードしたCODデータベースから、Pythonで処理して作成したものです。テキストファイルなので、エディタで内容を見ることもできますが、あまりに大きいのでエディタによっては結構大変です。1行毎に書いてあります。化合物名や鉱物名はほとんどの場合には与えられてないので、空白(実際には'-')になっていることが多いはずです。エディタで例えば鉱物名を検索して対応するCODのcifファイル名(結晶構造の情報が書かれている)を知ることができます。そのcifファイルを見る最も簡単な方法は、以下のようにブラウザでそのファイルに直接アクセスすることです。/以降にcifファイル名を入れることで、cifファイルがダウンロードできます。-まず、鉱物名、組成等とその結晶構造データファイル名(*******.cif)をリストにしたものを[[ここ:http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/cod_list.txt]]からダウンロードしてください。MBの容量になります。これは、私がダウンロードしたCODデータベースから、Pythonで処理して作成したものです。テキストファイルなので、エディタで内容を見ることもできますが、あまりに大きいのでエディタによっては結構大変です。1行毎に書いてあります。化合物名や鉱物名はほとんどの場合には与えられてないので、空白(実際には'-')になっていることが多いはずです。エディタで例えば鉱物名を検索して対応するCODのcifファイル名(結晶構造の情報が書かれている)を知ることができます。そのcifファイルを見る最も簡単な方法は、以下のようにブラウザでそのファイルに直接アクセスすることです。/以降にcifファイル名を入れることで、cifファイルがダウンロードできます。http://www.crystallography.net/cod/9000166.cifこれをVestaでオープンすれば結晶構造が表示されます。それでは能がないので、ここでは検索、ダウンロードを含めてPythonで自動化したものを提供します。-Python(インタープリタタイプのプログラム言語)で書かれたコードを[[ここ:http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/vesta_chem.py]]からダウンロードしてください。これはごく短いものです。Xに最初から入っているので、インストールする必要はありません。ダウンロードするのは上記リストとこれの2つだけです。-以下、cod_list.txtとvesta_chem.pyが同じディレクトリにあると仮定して、説明します。ダウンロードしたファイルは「ダウンロード」ディレクトリに入ってます。Vestaもインストール済みと仮定してます。-ターミナルは、アプリケーションのユーティリティ内にあります。それをダブルクリックします。ターミナル起動時点では最初ホームディレクトリにいるはずですので、上記の2ファイルをホームディレクトリに移動しておけば、以下の例のコマンドをそのままタイプして使えます。フォントや大きさは環境設定で変えられます。>はプロンプトで、~は現在ホームディレクトリにいることを示します。プロンプトが出ている時はコマンドをタイプできます。以下の例ではまず確認を兼ねて、現在のディレクトリ名を表示させてます。これにはpwdとタイプします。現在のパス名(以下は私の環境)が表示されます。cdしてなければ、それはホームディレクトリのはずです。そこの/Usersの次がユーザー名になります。次にvesta_chem.pyに実行権限をつけるために以下を入力します。vesta_chem.pyで実行権限を確認できます。rwxr-xr-xとなっていればOKです。ファイル名に*が付いているのも実行できることを意味してます。vesta_chem.pyは適当に名前を変えてください(.pyは残して)。vesta_chem.py*-もしcod_list.txtを別ディレクトリに移動させたい場合は、vesta.pyをJeditのようなエディタで開いて、以下の例のように、5行目を移動先のディレクトリに合わせて変更してください。以上で使用準備は完了です。[#x420d275]-使用方法はごく簡単で、ターミナルから./vesta_chem.pyをタイプするだけです。実際の使用状況は以下のリストのような感じになります。鉱物名で検索する時は1、化学式で検索する場合は2を選びます。以下の例ではcoesiteという鉱物を検索してます。この場合、22もあるので、そのリストが出てきて止まります。先頭に表示されている番号を選んで、入力してください。この例では1番目を選んでいます。対応するcifファイルがCODサイトから自動的にダウンロードされて、Vesta上に表示されます(ネットワーク環境によっては少し時間がかかります)。存在しない場合はまたプロンプトがでてきます。Vestaで表示されたcifファイルは現在ディレクトリに保存されていますので、後で利用することができます。O4」のように元素名+数を使いますが、各項目はスペースで分けて入力します。この検索部分はまだ単純なので、さらに絞るなど各自書き換えてもらえば、もう少し賢い検索が可能になります。Cなど単純な検索ワードで検索すると、膨大なリストが出てくるので、絞って検索した方がいいと思います。Pythonのいいところはすぐ変更して試せるので、気に入らないところは変えてください。鉱物で沢山データが出てくる1つの理由は高温や高圧下での構造データが結構あるからで、常温常圧のデータが欲しい時はcifファイルを少し覗いて測定条件を確認する必要があります。