参照ルーズベルトは、当時、大統領職の3選が認められていなかったため、彼の政策を継続してくれるだろうと考え長年の友人ウィリアム・ハワード・タフトを支持した。タフトの勝利後に、ルーズベルトは、タフトが自分の政策に反する考えを持つことが分かり、ますます悩まされるようになった。その結果、1912年にルーズベルトは革新党(ブル・ムース)公認候補として大統領選に立候補し、タフトに対抗した。彼は1912年10月14日ウィスコンシン州ミルウォーキーでの遊説中に、酒場の主人ジョン・シュランクによって銃撃された。胸ポケットの手帳が幸いし、軽傷だったためルーズベルトはそのまま予定されたスピーチを行った。傷は重傷ではなかったが、医師は弾丸の摘出を危険だと考え手術を行わなかった。このため彼は死ぬまで胸部に弾丸を入れたままだった。結局彼は大統領選に敗れた。ルーズベルトの出馬により共和党の支持票は割れ、民主党候補ウッドロウ・ウィルソンの勝利に貢献することとなったが、この結果を見て、ルーズベルトの大統領選出馬はウィルソンの当選を画策した勢力に唆された結果ではないかと疑われることとなった。