一組の血の繋がった兄妹が入学した。兄は、ある欠陥を抱える劣等生(ウィード)。妹は、全てが完全無欠な優等生(ブルーム)。どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。入学編〈下〉どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。妹・深雪が、主席入学生の慣例として魔法科高校の生徒会にスカウトされた。兄・達也も、とあるトラブルを払いのけた事件をきっかけに、違反行為を取り締まる風紀委員にスカウトされる。劣等生《ウィード》にもかかわらず、風紀委員メンバーとなった達也。その活動中に、この学校を人知れず侵食する、謎の組織の存在を感じ取る。そこでは毎年、全国から魔法科高校生たちが集い、熾烈な魔法勝負を繰り広げていた。ここ第一高校でも、『九校戦』の話題で持ちきり、校内は大いに沸き立っていた。『九校戦』会場への出発当日。類い希なる実力を持つ、将来の魔法師候補たちによる選手団が組織されていた。その兄・達也の姿もあった。競技に向け心を新たに意気込む深雪だが、一方で達也の表情は晴れず......。『九校戦』で勝敗を分かつには、選手の運動能力の他に、もう一つ重要なファクターがある。それは、選手たちが持つCAD(術式補助演算機)の調整(チューニング)。──魔法の苦手な司波達也が、魔法の代わりに得意とする分野。達也によって調整されたCADを手に、第一高校生徒による華麗なる圧勝劇、その幕が開く。可憐かつ優雅な勝利を披露するステージでもあった。兄である達也も、参加選手たちが使用するCAD(術式補助演算機)の技師としてチームに参加、妹の活躍する姿に頬を緩ませていた。劣等生であるはずの達也が調整したCADによって、第一高校生徒の華麗なる圧勝劇が演じられる中、とあるアクシデントによって彼自身も九校戦の選手として参加する羽目になる。魔法による直接戦闘競技『モノリス・コード』に出場することになった達也。対戦相手は、『クリムゾン・プリンス』と呼ばれる第三高校一年生のエース・一条将輝だった。達也と深雪の物語の裏で起こる、彼らの意外なエピソードが紐解かれる!『夏の休日』──達也に恋心を抱くほのかが気合いの一大決心。豪華なリゾート地で過ごす夜、達也を呼び出して......。共に過ごす彼のプライベートとは......?『メモリーズ・オブ・ザ・サマー』──達也と深雪が町にショッピングへと繰り出した。深雪は、まるでデートのようなこのシチュエーションに心躍らせていたが......。披露する最高の舞台だった。達也は、第一高校の代表・鈴音のサポートメンバーとして参加、その魔法技能を如何なく発揮していた。時を同じくして、暗躍する組織の影があった。来た暗殺者......。華麗なる司波兄妹の活躍に、刮目せよ。この魔法科高校生徒達の晴れ舞台に、突如謎の武装集団が侵入した。彼らの正体は、『大陸』からやってきた大亜連合軍の魔法師とその機動兵器群。目的のためには市民殺害も厭わない武装軍によって大混乱に陥る中、司波達也は生徒会メンバーと共に次の行動を模索する。