データの中身は、SAMと同一のものです。通常、マッピングした結果として提供されるのは、このBAMファイルです。ファイルになります(ペアエンドでもマッピング後のファイルは1個)。使って圧縮や展開を行います。圧縮されているので、テキストエディタで開いても読めません。通常は、IGVなどのゲノムブラウザに読み込ませて、結果を確認することになります。(ゲノムブラウザでは、手動でSAMに変換することなく、BAMのまま読め場合がほとんどです。ファイルどうしを比較するわけではありません。BAMファイルから、各遺伝子ごとに何本のリードがあるのかをカウントする作業が必要になります。ついて、検出されたリードのマッピングや、カウントの方法について様々なアルゴリズムやソフトウェアが考案されてきました。データ解析について、非常によくまとめられたサーベイが昨年(2016年)出ていますので、ぜひ、一読をお勧めします。取り扱われるようになりました。ブランドとなるそうです。サイトも更新され、読みやすい解説記事もあります。データを用いた研究に対する出版のガイドラインですが、2015年12月に更新があり、全てのデータセットが制限なく利用できるようになっています。