用語の解説、GO解析、パスウェイ解析、ヒートマップなど。公開データを解析した例。変動遺伝子の機能を見る、クラスタリング、ヒートマップの作成例など。発現が増加または、減少した遺伝子の一群(発現変動遺伝子群)が、「どのパスウェイに多く含まれていたかを調べる」ものです。考え方は、GO解析と同様です。(パスウェイに含まれていることを、パスウェイにマップされているとも表現されます。)特定のパスウェイに多く含まれていたこと(集中していたこと)を統計学的に有意かどうかを述べるには、GO解析の場合と同様に、下記の2点を考慮する必要があります。パスウェイに含まれている遺伝子の単純な個数で評価することは、望ましくありません。そのパスウェイに含まれる遺伝子が、ゲノム中にもともと多いのかどうか。発現が増加または、減少した遺伝子の数が多いかのどうか。パスウェイなどは、パスウェイ上に描かれている遺伝子の数が多いです。そのため、このパスウェイに含まれる遺伝子は、それだけ見つかりやすいと考えられます。数千個の遺伝子が増加、または減少している状況では、あらゆるパスウェイにおいて、増加、減少した遺伝子が見つかります。基本的にパスウェイ解析によって得られるのは、下記の2つものです。ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。パスウェイやネットワークの図に含まれる情報には制約があります。「図の中に含まれる遺伝子、を制御している可能性のある遺伝子X」が載っていないのであれば、上流解析はできません。詳しくは、次の記事を参照してください。コメントをキャンセルコメントを投稿するにはログインしてください。コメントデータの処理方法の詳細はこちらをご覧ください。