早朝、メスを見つけたオスはヒレを広げて、メスにアピールを始めます。オスがメスを追いかける行為がよく見られます。メスは、オスを気にいると、寄り添うように並んで泳ぎます。産卵オスは大きな背ビレと尻ヒレでメスを抱きかかえるように抱擁し、メスの産卵をうながします。この行為でメスは産卵し、オスは放精します。して、メダカの卵が産まれ受精卵となります。卵を持ったメスメダカメスは卵をお腹に抱え、しばらく泳ぎます。早朝に産卵し、数時間はこうして卵を抱えたまま泳ぐのでこの姿はよく見られます。水草に卵を付けるメスは水草に卵を付けます。水草の奥に隠すようにバラバラに付けていきます。メダカの卵には纏絡糸という糸が付いていて、この糸を絡ませて激流も耐える事ができます。有精卵の卵からはメダカの稚魚が孵化します。水温によって違いますが、産卵から10日から2週間で孵化します。