第三使徒、サキエル戦。初号機パイロット碇シンジを使途襲来当日呼び寄せ、初号機に搭乗させる。初号機は修復不可能な程、崩壊。パイロットは死体は発見されずも生存は絶望的。SCSによる同時多方向攻撃により通常兵器で殲滅される。第四使徒、シャムシェル戦。選抜したパイロットにより参号機にて使徒迎撃を行うも、戦闘域に民間人を発見。エントリープラグに1名の民間人を乗せ撤退するも途中で電源切れ。SCSによる同時多方向攻撃により通常兵器(但し弾頭は前回の物より硬い)で殲滅される。第五使徒、ラミエル戦。一度目の強行威力偵察により、撃退される参号機。超長距離からの一点突破攻撃によって、撃破する。NERVは否定するもSCSの介入の疑いあり。第六使徒、ガギエル戦。太平洋艦隊に運搬されてきた弐号機により殲滅。第七使徒、イスラフェル戦。水際迎撃を行うも、使徒分裂。弐号機パイロットの迅速且つ適切な対応により殲滅。第八使徒、サンダルフォン戦。マグマ内部に沈降した弐号機が、捕獲作戦を決行。使徒が羽化した事により殲滅作戦に移行。第九使徒、マトリエル戦。NERV内停電となるも手動にてエヴァ起動、出撃坑からのパレットガンの一斉射により殲滅。第十使徒、サハクィエル戦。衛星軌道上から落下してくる使徒を、エヴァ二体によって直接受け止め迎撃。NERVは否定するもSCSの介入の疑いあり。第十一使徒、イロウル戦。NERV本部への進入は誤報と報告される。暗い部屋の中央でゲンドウがひとりスポットライトを浴びながら座っていた。それを取り囲むように委員会の老人達が居る。口々にゲンドウをなじる会話が交わされる。「委員会への報告は誤報、使徒侵入の事実はありません」やっとゲンドウが重い口を開いた。「お疑いでしたらMAGIのレコーダーを調べていただいても結構です。MAGIの記録はリツコによって書き換えられていた。嘘だということは双方ともわかっていたがそれでもゲンドウは型どおりに答える。今回のキミの罪と責任は問わない。すべてはゼーレのシナリオどおりに」ゲンドウの返答と同時にホログラフの老人達は消えて照明がついた。リツコはサルベージの準備で忙しい。そこへいつものようにノックもせずにミサトが執務室へ入って来た。「ゴミンゴミン」いつもの様に悪びれもせず、コーヒーを注ぐミサト。「それより明日、何を着てく?」リツコがデータを点検しながら話しかける。う〜ん、ピンクのスーツはキヨミのときに着ちゃったし、紺のドレスはコトコのとき着たばっかだし・・・」コーヒーを飲んでいたミサトは眉間に皺を寄せた。