終局の開始NERV内には警報が鳴り響いている。それをシンジの部屋で、シンジ、レイ、アスカが聞いていた。「カヲル君はやっぱり死を選んだのか・・・」シンジは残念そうに呟いた。「使徒に和平を交渉するなんて、あんた何考えてるの!」アスカが憤っている。「・・・希望?」レイが小首を傾げてシンジの方を向き尋ねた。綾波、心配しないで」そう言って微笑んでシンジは出て行った。発令所は喧噪としていた。「エヴァ初号機に追撃させろ」ゲンドウが指示する。「はい」ミサトが答える。「如何なる方法を持ってしても目標のターミナルドグマ進入を阻止しろ」ゲンドウは悲痛な面持ちで命令を下す。(しかし、使徒は何故弐号機を・・・)ミサトは不思議に感じた。冬月とゲンドウが小声で話しをしている。「シンジ君、いい?」ミサトがシンジに確認を取る。「・・・はい」シンジは小さく返事をした。「リリンにとって、忌むべき存在のエヴァ。それを利用してまで生き延びようとするリリン。僕には理解できないよ」ターミナルドグマへ下降しながらカヲルは呟いた。「シンジ君、遅いなぁ」カヲルは上を見上げシンジの到着を待っていた。「カヲル君・・・」(アスカ、ごめんよ・・・)弐号機を止めようと振るったプログナイフがカヲルの前に流れる。その時、カヲルの前にオレンジの壁ができプログナイフを止めた。「そう君達リリンはそう呼んでいるね。何人にも犯されない絶対領域。「そうだね」シンジは頷いた。「ありがと」ミサトはもしもの時を考え、マコトと決断を下していた。「人の定めか、人の希望は悲しみに綴られている」カヲルが呟くと、今までにない金属音が響いた。「まさに結界か・・・」ミサトは最後の手段、本部施設の爆破を行うしかないことを決意した。