1934年(昭和9年)、札幌教区の初代教区長であるキノルド司教が現在地に教会建設用地を購入したことに始まります。近所の借家に開設し、当時北11条教会の主任司祭であったアウグスチノ神父が付近の子ども達を集めて勉強会を開いたのが宣教活動の始まりです。1937年に教会が献堂されて、初代主任司祭にアウグスチノ神父が就任されました。当時の信徒数は120人でした。現在の信徒数はおよそ900人ですが、主日のミサに集まっているのは約300人ぐらいになります。日本26聖人を保護の聖人とする。聖フランシスコ・ザビエルが日本に上陸した1549年から、キリスト教会は信長の時代を経て発展し、主に九州と京都一帯に広まりました。豊臣秀吉は最初は大阪に神学校のための土地を与えるなどキリスト教に理解を示していましたが、九州征伐の時に突然宣教師を国外に追放したり、大阪・堺・京都の教会を破壊して行きました。この迫害は全国に広がり、9年間に140もの教会が壊されたと言います。宣教師たちは目立たない方法で宣教を続け全国には59人の司祭と97人の修道士がおり、日本人修道士も66名が働いていました。信徒数は15万人にものぼりました。フランシスコ会の宣教師(スペイン人4人、メキシコ人1人、インド系1人、イエズス会3人)そして信者15人が捕らえられて死刑の判決を受けました。これらの中に12才のルドビコ茨木、14才のトマス小崎、13才のアントニオも含まれていました。彼らは翌年1月3日、京都で耳を切られ、信者の多い長崎まで1200kmの寒い冬の道を1ヶ月かけて歩かされたのです。途中、殉教者たちの世話をした2人も加えられて26人が長崎の刑場に引き立てられました。長崎の奉行は、せめて子ども達だけでも救おうと手を尽くしましたが、信仰を捨てる事が条件でしたので、全員の死刑に踏み切らざるを得なかったと言われています。西坂の丘に立てられた26本の十字架の上で殉教者たちはそれぞれに聖歌を歌ったり祈ったりしながら喜びのうちに天に召されました。この殉教者たちの血は16世紀の教会の種子であり、今の教会の種子であり、未来の教会の種子ともなりました。(C.バリョヌェボ著「ミサの前に読む聖人伝」より)カトリック円山教会はこの聖人たちを保護の聖人として戴いています。