そのアプリを置いておく場所などに関して大幅な変更があったようです。インストールを行ってきました。アプリの実体は/Applicationsなどに直接インストールする様になりました。この変更がマージされた様です。リンクではなく実体としてインストールされる様になりました。結局直接入れる様にしたみたいです。アップデート等の際にも結構問題が起こります。入れたほうが面倒が少ない、ということになったみたいです。/opt/homebrew-cask/Caskroom/という場所にアプリをインストールしていました。これがHomebrewをインストールする/usr/local/Caskroomになりました。caskroom/homebrew-caskこちらは2週間ほど前。余計なディレクトリが出来て邪魔くさい感じになっていたのを治したかな、と言う感じ。https://github.com/caskroom/homebrew-cask/issues/21913....みたいな注意メッセージが最初に出てきます。一応listコマンドならその結果は最後に出てきますが上のメッセージは毎回出てきます。的な処置が行われています。リンクを追ってみても結構つまりながら進めていくことになるかと思います。アップデートするため、全てのアプリを--forceで再インストールします。list)ここでいくつか失敗したりしたのでその都度チェックしながら再インストール。直接コピーされた形で入っているので取り敢えずCaskを削除。(/usr/local/Caskroom/adobe-readerを削除。)そんな感じで幾つか手で除いたりして一通り再インストール終了。これで上の様なメッセージは出なくなりました。元のディレクトリを別途避難させる必要があります。その中にバージョン番号のディレクトリができています。Brew-fileの中でのCaskroomの取り扱いも対応させました。それをCaskroomとします。/usr/local/Caskroom。(リストを作ったりするのに使うので何も無ければ余り意味はありませんが。面倒なメッセージが出続けるので早めに対処しておいた方が良いと思います。