帰るよ」シンジはスタスタと扉の方に歩き出した。「もういちど初号機のシステムをレイに書き換えて、再起動よ!」ゲンドウのシナリオを理解し、書き換える必要もないのに命令を出すリツコ。シンジのパーソナルデータなど取っていないから、もともとレイのものだったのだ。そんな事は知らず慌てたミサトが扉に向かうシンジをせき止め説得を試みる。「何をしにって、「来い」ってだけの手紙で無視しようかと思ったけど一応遺伝子上は父親らしいので来てみただけですよ。淡々と事実だけを述べるシンジ。—ミサトが何も言い返せず唖然としているところに扉が開きストレッチャーに乗せられた重傷の綾波レイが入って来た。一瞬シンジの顔が慈しみと哀れみを纏った複雑な表情を見せたがそれを見た者はいなかった。「レイ、予備が使えなくなった。小さな呻き声を上げながら起きあがろうとするレイ。それをじっと見ているシンジに対しゲンドウが追い打ちのつもりで声を掛ける。人類の存亡をかけた戦いに臆病者は不要だっ!!」ゲンドウに侮蔑の眼差しを向けると、そのままシンジは扉に向かって歩き始めた。尚も喚くミサトに、扉に手を掛けたシンジが振り返った時。—その時ケイジが激しく振動した。「ちっ、奴めここに気付いたか。」ゲンドウは舌打ちする。「「レ、レイ!!」」ミサトとゲンドウが叫んだが、リツコは眉間に皺を少し寄せただけだった。(これだけ眼があると3人目への移行のシナリオが大変だわ・・・)鉄骨の下敷きになり、赤い液体の中にギプスを巻いた腕が見えている。何の感慨も見せない表情でそれを見つめるシンジ。・・・(そっちじゃない、こっちにおいで、綾波・・・)(・・・誰?)(痛い思いをさせてごめん、君の魂は弱り過ぎている。僕にその魂を休めさせてくれないか?)(・・・私は無に帰る)(そっちに行っても3人目になるだけだよ)(・・・まだ無には帰れないのね?)(そうだね、だからその前にこっちに来て魂を休めてくれないか?、それから3人目になっても遅くはないだろ?)(・・・解ったわ)魂だけのレイは以外と素直にシンジの言葉に従った。(後は任せるよ・・・)(・・・解ったわ)レイの魂はレイのスペアに向かわずシンジの中に入った。「ここに連れてこなければ、こんな事にならなかっただろうに・・・」シンジはレイを乗せたストレッチャーを押して来ていた白衣の集団に軽蔑の眼差しを向け呟いたが、皆唖然としておりそれが聞こえている者は居なかった。レイ(・・・暖かい・・・貴方は誰?)シンジの中に入ったレイはシンジの包み込む様な暖かさを感じ、その先にいる自分と同じ様な存在に問いかけた。シンジの中のレイ(私は綾波レイ)レイ(それは私、貴方は誰?)シンジの中のレイ(貴方は二人目の綾波レイ、私は綾波レイ)レイ(・・・そう)シンジの中のレイ(私とひとつにならない?)レイ(・・・私は私、貴方はじゃないわ)シンジの中のレイ(貴方は分化された綾波レイの一人、私とひとつになることで元の魂に近づくだけ、貴方の弱った魂が少し回復するわ)レイ(そう、私は無に帰るの?)シンジの中のレイ(いいえ、私と共になるだけ、このまま素体に帰ると貴方の魂は稀薄すぎて肉体を保てなくなるわ)レイ(・・・・・)シンジの中のレイ(まず、魂を休ませてからやるべき事をやればいいわ)レイ(・・・そうね)シンジの中のレイとレイが融合を始めた。レイ(・・・貴方は私、私は貴方・・・そう、そう言う事だったのね)シンジの中のレイと融合する事により全てを知ったレイ。レイ(・・・そう、あれは絆ではなく鎖だったのね・・・)そして綾波レイは一つになった。鉄骨に押しつぶされたレイを見て呆然としている二人を尻目にこのままではシンジを乗せるシナリオが崩壊すると感じたリツコがシンジに話しかけた。私達はあなたを必要としているわ。「よく言ってくれたわ、じゃぁこっちに来てちょうだい。医療班はレイをICUにっ!」レイを3人目にするシナリオも忘れないリツコ、一番冷静で強かだった。LCL注入」リツコの指揮により発信準備が進んで行く。それはLCLと言って、肺がLCLで満たされれば直接血液に酸素を取り込んでくれます。慣れるわ」リツコの説明を聞きシンジは口の空気を吐き出すが顔をしかめる。「我慢なさいっ!男の子でしょっ!」ミサトが喚く。発令所の白い目がミサトに集中する。「双方向回線開きます」そこまで言って、オペレーターの報告が途切れていることに気付いた。呆然と目の前のモニタを見つめていたショートカットで黒髪の女性は、リツコの声に我に返った。発令所は、今度は静まり返った。「そんな・・・訓練もプラグスーツもなしに、イキナリ・・・ありえないわ」リツコはモニター計測器をみて驚く。「ハーモニクス、全て正常位置。赤木博士がシナリオを考える。」リツコは、まだいじけて膨れているミサトの方を振り向く。復活したミサトの号令が響く。射出口へ移動していく初号機。あるリツコの最終確認が出される。「了解!」NERV総司令であるゲンドウの方を向き確認するミサト。「エヴァンゲリオン初号機発進!!」ミサトの勇ましい声と共に射出口固定台ごと地上に打ち上げられる初号機。「くっ!」その凄まじいスピードによるGの為にたまらずうめくシンジ。地上に出たエヴァンゲリオン初号機。その姿は地下のNERV発令所にも送られる。激しい衝撃とともに、シンジの体は地表へと押し出される。!エヴァンゲリオン初号機、リフト・オフ!!」(シンジ君。死なないで)自分の行動を顧みないミサトが呟くが、その声を聞いた者はいなかった。