『本日12時30分、東海地方を中心とした、関東地方全域に特別非常事態宣言が発令されました。駅のホームに人は一人もいない、ただ辺り一帯に機械的な声でアナウンスが流れている。澄み渡った青空の上に、銀色に輝く戦闘機が描く一筋の白線。歩きだそうと思い、顔を上げた先に・・・アスファルトの上で、蜃気楼のように頼りなく立ち尽くし、シンジを見ている蒼銀の髪に紅い瞳の少女。(・・・ごめん)(・・・何を謝るの?)(多分、これからあの綾波に起こってしまうであろう事にさ)(・・・そう)突然響きわたる炸裂音、そして共振して風を切る電線の音に少年は顔をあげる。目線の先には黒い人型の巨大な生物と、それから逃げるように後ろ向きに飛行する国連軍のVTOLが目に入った。大きな足音と、この世のものとも思えない巨大な生物のうなり声が無人の街へ響く。巨大な生物によって撃墜された戦闘機の残骸がシンジを襲うかに思えたとき、青いスポーツカーが悲鳴のようなブレーキ音を響かせ、シンジと爆風の間に滑り込んできた。「お待たせっ!!」ドアが開き、そこから見えたのは、サングラスをかけて黒いチャイナスーツを着た妙齢の女性。ハイスピードで車を運転し市街から抜け出したミサトは双眼鏡で戦場の様子を伺っていた。(航空部隊が引き揚げた、機甲部隊も?時間は?)「まさか、N2地雷を使うつもり!!シンジ君伏せて!!」そう叫ぶと同時にミサトは、シンジの上に覆い被さった。辺り一帯を閃光で白一色に染め上げ、それに続いて地球が砕けたのではないかと思える轟音、最後に、1t以上もある車をいとも簡単に転がす爆風が二人に襲い掛かった。「これで君の新兵器の出番は二度と無い」NN地雷が爆発した直後の発令所では、壮年の軍人達が碇ゲンドウに高笑いを浴びせていた。忠実に任務をこなすオペレーターに「そんなことは無駄だ」とでも言わんばかりに、軍人達は言った。彼等は自分達の兵器に絶大な自信と信頼を抱いていた。確かに、それは今まで常に有効であったのだから当然であった。『第三使徒』は軍人達の自信とプライドを打ち砕いた。表層部に多少の被害は負っているものの、その存在は全く揺らいでもいなかった。信じられない驚愕の叫びをあげる軍人達に冷や水を浴びせるように、彼等の机の電話が突然鳴り響いた。「——はっ、わかっております。軍人達の態度の変わり様から見て、その電話は上層部からの命令であったのだろう。忌々しげに睨みつけながら、彼等は命令を全うすべくゲンドウに告げた。「......碇君、総司令部からの通達だよ。只今より本作戦の指揮権は君に移った。「我々国連軍の所有兵器が目標に対し無効であった事は認めよう。悔しさに歯噛みする軍人達の言葉に、ゲンドウは言葉少なに告げた。右手で直したサングラスの奥の目は、不敵な自信に満ち溢れていた。いう便利な言葉を用いて、路上に放置?された車から拝借し、シンジとミサトはNERVの『カートレイン』入口に到着した。「お父さんからID受け取ってない?」NERV内部に入り人心地ついたミサトは、シンジにそう話し掛けた。「これですか?」シンジは、制服の胸ポケットから封筒を取り出し、ミサトに渡した。落ち着いてきたミサトは、持ち前の野次馬根性を発揮し、(あの髭眼鏡司令がどんな手紙を書くんだろう?)という好奇心から、IDと一緒に渡された手紙を読んだ。「来い」の文字しか書かれていないそれを読んで、ミサトは間の抜けた声を上げた。苦笑して複雑な表情を浮べるシンジを見て、バツが悪くなったミサトは、「ようこそNERV江」と表題された分厚い資料を渡す事で、間を取り持とうとした。ネルフ・・・国連直属の非公開組織。私も、シンジ君のお父さんも、そこに所属しているの。ま、国際公務員ってやつね」そう言うと、ミサトはNN地雷の所為で崩れた化粧を直し始めた。言葉だけ聞いていれば皮肉か嫌味を言ってるようにしか思えないのだが、シンジのにこやかな表情にその思いを振り払い、ミサトはファンデーションを直しながら、シンジの言葉を肯定した。「何時も眼鏡越しで手を顔の前に組んでませんか?あれは表情を読まれるのを恐れているからなんですよ。「それくらい誰でも解るんじゃないですか?尤も何考えているかまでは解りませんけど」そう言ってシンジは溜息をついた。カートレインがトンネルを抜け、視界には巨大な地中空間が現れた。「問題ない・・・たった今予備が届いた」(息子を予備呼ばわりかユイ君が聞いたら何と言うかな・・・)『発令所』で監視カメラからのシンジの様子を複雑な思いで見ていたゲンドウは、副司令—冬月コウゾウ—を、予め用意していた返答で沈黙させると、再びシンジの映像を見つめて、一人の世界に沈んでいった。い廊下に二人の足音が響いていた。シンジは、先程受け取った冊子を読みながら、前を行くミサトに声をかけた。