修理と補給のため、モルゲンレーテのドックに入ったミネルバ。政務に復帰したカガリは、首脳陣から地球とプラントの現在の関係を知らされ、それに対するオーブの決断を迫られる。アスランはキラと再会し、行くべき道を再び模索し始める。彼はカガリに約束の指輪を渡し、デュランダルの元へと向う。地球連合は「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決め付け、プラントを敵と見なす共同声明を発表。地球軍では、開戦へ向けて準備が進んでいた。デュランダルはあくまでも対話による解決を主張するが、国防委員会は目の前に迫った地球軍に対して軍を動かす。その頃、プラントへ着いたアスランは...。地球軍による核攻撃を知らされ、騒然とするプラント市内では、ラクスとそっくりの少女ミーアが、ラクスを騙って演説を始めていた。デュランダルはラクスの偽者を用意したことをアスランに白状し、新型機・セイバーガンダムをアスランに預けたいと言い出す。思い悩むアスランを、ミーアは食事に誘うのだった。プラントの最高評議会は地球軍への攻撃を決定。デュランダルはこの侵攻を「積極的自衛権の行使」と明言し、戦火が拡大しないよう配慮する。オーブ議会では大西洋連邦との同盟締結が決定されていた。同盟締結を止められなかったことで落ち込むカガリに、ユウナは「僕が君を支える......夫として」と告げる。地球軍の攻撃を受け、退路を断たれたミネルバ。シンはウインダムを次々と迎撃していくが、地球軍の新型MAザムザザーに追い詰められてしまう。絶体絶命のその時、シンのSEEDが弾けた。その頃、アスランはデュランダルから特殊部隊フェイスの徽章を与えられ、セイバーガンダムを駆って飛び立つのだった。シンの活躍によってミネルバは絶体絶命の危機を脱した。物思いに沈むカガリの前に現れたユウナは、彼女へ結婚を迫る。その夜、ラクス暗殺を企むコーディネイターの特殊部隊がキラの家を強襲した。ラクスたちと地下のシェルターに避難したキラは、封印されていたフリーダムガンダムに再び乗り込んで......。キラたちのもとに、カガリの乳母マーナが訪ねてきた。渡されたカガリからの手紙には、オーブの代表としての責務を果たすため、ユウナとの結婚を決めたことが記されていた。アスランに返しておいて欲しいと渡されたカガリの指輪を見て、キラはある決意を固める。婚礼の日、結婚式場にフリーダムが現れて......。カーペンタリアに停泊中のミネルバと合流したアスランは、カガリが結婚式の最中にさらわれた事件を聞かされる。そんな中、デュランダルからの新たな命令書とフェイスの徽章を手渡されたタリアは、複雑な表情を浮かべる。ミネルバの新たな任務とは、ジブラルタルでスエズ攻略戦を行っているザフト駐留軍への支援だった。潜水艦デグチャレフと共にジブラルタルへ向かったミネルバ。その時、ミネルバはネオたちに強襲される。現れたガイアガンダムを追うシンは、たどり着いた基地建設地で、民間人たちが強制労働させられる光景を見て逆上し、基地施設や戦闘車両を次々と破壊してしまう。アスランはそんなシンを怒鳴りつけるが......。ステラとの約束を守れなかったことを悔やみ、号泣するシン。その眼には、暗く固い決意の色が宿っていた。後日、シンの部屋を訪ねたアスランは、フリーダムとの戦闘を想定したシミュレーション中のシンとレイを見てショックを受ける。その頃、アークエンジェルでは回収されたネオが意識を取り戻していて...。世界に向けた演説放送で、プラント議会を完全に掌握したデュランダル。マリューたちは、母国を心配するカガリやキラの意見を採って、オーブへ向けてアークエンジェルを発進させる。そんな中、ミネルバにはアークエンジェルを討てという命令が出る。アスランは突然の命令に納得できず、タリアに不服を述べるが...。フリーダムを撃墜して帰艦したシンを、ミネルバのクルーたちは絶賛する。アスランは、シンの放った言葉に逆上し、掴み合いとなってしまう。デュランダルを支持する人々のゲリラ行為によって追い詰められたジブリールたちは、ヘブンズベースに逃げ延びていた。それを討つべく、ザフトはジブラルタルへ集結する。デスティニーを与えられ喜ぶシンとは対照的に、アスランはデュランダルへ疑いの眼差しを向ける。そんな中、自分の身に危機が迫っていることをミーアから知らされたアスランは、基地からの逃亡を試みる。居合わせたメイリンの機転のおかげでグフのハンガーへ辿りついたアスランだが、そこにレイが現れて...。ジブラルタルを脱出したアスランがメイリンと行動を共にしていると知ったデュランダルは、機密保持のため、シンとレイへ撃墜許可を与える。必死にシンを説得しようとするアスランだったが、その言葉はシンには届かず、撃墜されてしまう。アスランとメイリンの裏切りと死を知ったルナマリアは...。心に深い傷を負ったルナマリアは、その怒りを戦いに転化すべくインパルスの調整に没頭する。アスランたちの件で負い目を感じ、ルナマリアと心を通わせるシン。その頃、メイリンと共にアークエンジェルに助けられたアスランは、キラとの再会を果たしていた。ザフトによって完全に制圧されたヘブンズゲート。デュランダルは、行方不明のジブリールの足取りを追うよう軍に命じる。ラクスの指示を受けたダコスタは、かつて遺伝子研究所のあったコロニー・メンデルの中で一冊のノートを見つけ、ラクスのもとに持ち帰る。そこをザフトに発見されてしまって...。シンとレイはフェイスの徽章と勲章を授与された。次第にデュランダルの指し示す未来を盲信し始めるシン。そんな中、ジブリールがオーブのセイラン家へ身を寄せていたことが発覚。ザフトはジブリールを拘束するため武力によるオーブ制圧を開始する。オーブの危機を知ったカガリは、決死の覚悟で出撃しようとするが...。オーブの危機に緊急発進するアークエンジェル。オノゴロ沖では、デスティニーを食い止めようとカガリたちが奮戦。シンの攻撃がカガリに迫ったその時、宇宙から帰還したキラのストライクフリーダムが間一髪でカガリを救う。アスランはラクスが用意したインフィニットジャスティスを前に激しく葛藤していた。デスティニーとレジェンドの連携に苦戦を強いられるキラ。そこへインフィニットジャスティスを駆るアスランが乱入し、シンの説得を始める。その時、ジブリールがオーブから月に逃げていき、ザフトとオーブ双方に実りのないまま戦いは終結する。その翌朝、正式にオーブ代表に復帰したカガリは演説を始めるが...。全世界のメディアを通じ、デュランダルを支持しないと明言したラクス。対するミーアは、本物のラクスが出現したことに激しく動揺する。衝撃的な放送によってミネルバ内にも波紋が広がる中、艦隊司令部からの通達で、ミネルバは急遽月に向かうことになる。その頃、月ではジブリールが逆転の切り札を起動していた。レクイエムの第一中継地点・フォーレに、決死の攻撃を仕掛けるザフト主力軍。レクイエム発射阻止、ジブリールの戦艦爆破など、シン、レイ、ルナマリアの働きによって、ついにロゴスは滅びる。その頃、正式にオーブ宇宙軍艦艇となったアークエンジェルは、宇宙へ向けて発進していた。真の平和を勝ち取るために......。月の自由都市コペルニクスに買い出しに出たキラ、アスラン、ラクス、メイリンは、ミーアからのメッセージを受け取る。罠と知りつつ指定された場所に向かい、ミーアと会う一同。そこにラクス暗殺を目論む者たちが現れるが、全員がアスランたちに倒される。その場を去ろうとするラクスに再び銃口が向けられ......。誰もが幸福に生きられる世界を作る「デスティニープラン」の実行を宣言したデュランダル。即座に拒否の姿勢を示したオーブとスカンジナビア王国を除いて、世界はその意外な提案に戸惑うばかり。アークエンジェルの面々は、デュランダルの暴走を止めるべく、エターナルとの合流を開始する。エターナルと合流したアークエンジェルは、レクイエムの一次中継コロニー・ステーションワン破壊のため出撃する。そんな中、戦場に駆けつけたミネルバは、長きに渡る因縁に決着を付けるべくアークエンジェルと激突。キラとアスランはイザークとディアッカの助力を得て、ついにステーションワンの破壊に成功する。メサイヤを攻撃し続けるアークエンジェルとエターナル。このままではオーブが撃たれると考えたキラとラクスはその場を引き受け、アスランとアークエンジェルをレクイエムに急がせる。デュランダルはレクイエム上空をネオジェネシスで味方ごと一掃し、間髪入れずレクイエムを起動させようとして...。最終話を中心に全50話を再編集し、更に激動の最終話のアフターエピソードを新作追加。世界の最後の砦オーブを守るため、自らの身を省みずに戦うラクスに、イザークとディアッカはエターナルを守る行動に出た。レイと邂逅したキラは、クルーゼと同じものであることを悟る。アスランはシンを撃破して...。「今日はドヨウの日、廃坑に行く」。曾祖父の日記に何度もあった記述を頼りに訪ずれた廃坑の奥で、トレジャーハンターのサラは謎の扉を見つける。意を決して開けた扉の向こうには、見たこともない“料理屋”があった。救援を呼ぶため、魔物に急襲された砦から飛び出したハインリヒだったが、毒にやられた馬も途中で倒れ、自身も道半ばにして倒れようとしていた。最後の力を振り絞り神に祈ったその瞬間、猫の看板がかかった謎の扉が現れた。彼は様々なパスタソースを発明し、『料理発明の天才』と称えられていた。トマスは孫のシリウスを連れ、とある場所へと向かう。帝国の皇女アーデルハイドは雲を食べたことがある。病にかかり祖父の離宮で療養するアーデルハイド。華やかな宮廷とは対極な静かで憂鬱な暮らしに嘆く彼女は、ある日寝室に現れた猫の絵が描かれた扉に気がつく。これはかつて異世界食堂を先代店主が切り盛りしていたころの話。剣神アレクサンデルに敗北した魔族のライオネルは闘技場でただ死の運命が訪れるのを待っていた。ある扉を見つけたとき、彼の運命が大きく変わる...。公国の姫ヴィクトリアはハーフエルフである。天才魔術師である彼女は日々魔術の研究に没頭しているが、たまに研究を休むときがある。具体的に七日に一度ほど、異世界食堂を訪れる日くらいは...。海戦で行方不明となった伝説の将軍アルフォンス・フリューゲル。一人絶海の孤島に流れ着きおよそ20年、遂に島を離れる日がやって来た。助かったはずの彼の表情はなぜか物惜しげであった。この空の果てに浮かぶ大地...月。赤の女王と同じく6柱の一人であり死を司る黒は、生き物がいないこの地で孤独と静寂に包まれていた。そんな黒の前に魔法の力がこもった扉が現れていた。