伝説の船とは、シークエンス3に到達した時から全体マップに出現し始める強力な船で、モリガン号で接近すると海戦になる。どの船も本当に強いので、設計図を集めてできるだけモリガン号を強化してから挑まないと勝てないだろう。4隻全ての船を撃沈させることができれば報酬としてモリガン号用のクラーケンの舵輪を獲得することができる。ピルグリムまず小型船を一掃して周囲の安全と行動範囲を確保し、それから伝説の船に集中する。片方の伝説の船を撃沈するともう一方の攻撃がかなり激しくなってしまうため、2隻をほぼ同時に撃沈するのがベスト。臼砲で2隻同時に攻撃し、2隻とも撃沈寸前になったところで1隻ずつ、かつ速やかに撃沈していこう。クロンヌ弱いフランス軍の船には無駄に臼砲や重砲を使わないこと。クロンヌとともに出現する艦隊は臼砲で複数の船に同時にダメージを与えるとよい。これで艦隊を弱体化させた後にクロンヌに集中する。クロンヌは伝説の船の中では最弱で、臼砲と重砲で攻撃していけばそれだけで簡単に撃沈できる。フォーミダブルフォーミダブルを援護する艦隊はフォーミダブルへの経路や視界をさえぎるため難易度は高めの海戦となる。接近してくる小型船はパックルガンや大砲で迎撃し、ミニマップをよく確認して側面を攻撃されないようにすること。フォーミダブルの装甲はそれほどでもなく、臼砲で攻撃し続けるだけでもかなりのダメージを与えることができるが、フォーミダブルの片舷斉射の威力はモリガン号を上回っているので、接近せずに徹底して遠距離からの臼砲で攻撃を続けよう。出現する3隻の伝説の船はいずれも強く、モリガン号を十分に強化したうえ海戦にも慣れていないと勝利は難しい。中でもメインのストームフォートレスは大砲や乗組員の数、装甲などあらゆる面で最強クラスを誇り、残りの2隻は後半に合流してくる。ストームフォートレスは強力な火炎臼砲を放ち、これが着弾した水域は一時的に炎上する。近距離でも強力な銃撃を持っているため、うかつに近づくのも危険だ。火炎臼砲を撃ってきたら速度を落としながらストームフォートレスの方へ向かって移動することで回避する。水面の臼砲着弾地点円に気をとられないようにすること。臼砲の砲撃がやんだら旋回してストームフォートレスから離れ、衝角の速度を使って射程圏から逃れる。ストームフォートレスの船尾をとったらあらゆる攻撃をしかけてダメージを与え、旋回してきたら再び離れよう。ストームフォートレスの耐久力が残り少なくなるとアルゴノートとセプターが出現するが、2隻ともストームフォートレスには及ばない。先にストームフォートレスを集中攻撃して撃沈し、それから残りの2隻に対処する。動き続けて片舷斉射を回避しながら攻撃を当てていって倒そう。