原材料は玄米を搗精した際の副産物である米糠である。日本では主食である米を原料にしているため、原料をほぼ国産で賄える唯一の植物油である。大豆油などに比べると価格が高いので、使用は全体のおよそ40%に留まっている。米の消費量が年々減少しているため、こめ油は安定した出荷がありながら、製造会社は原料の手当てに苦慮している。1990年代にはエノキタケの培養床に米糠が使われたため、栽培業者と製油業者の間で原料の奪い合いが起きた。エノキダケの方が収益性が良く、栽培業者が米糠を高く買い取ったため、一時、こめ油業界は深刻な事態に陥った。その後、エノキダケの培養床は米糠からトウモロコシの芯(コーンコブ)に移行したため、危機を乗り越えることができた。長期的に見て原料供給が増える見込みが立たないことに変わりはないのが現状である。他の植物油原料と異なり、精製に高度な技術が必要であり独自の技術や装置が必要である。そのため、食用植物油会社の再編が進む中でも、こめ油製造各社は独自の地位を保っている。精製の際に除去された脂肪酸やワックス分、抽出かすである脱脂糠等の副産物は石鹸や樹脂、蝋の原材料や肥料などとして使用されている。このこともこめ油の製造技術が日本で独自に発達した歴史と無関係ではない。