鎌倉時代にかけて、この地には安田義定の居館があったというから、古くから豪族の支配拠点であったものだろう。天正17年(1588)、甲斐を支配していた徳川家康は、この地に内藤三左衛門尉を派遣し、城を築かせた。いうことからすると、近世城郭というよりは、むしろ織豊期城郭というべき城であったというべきものである。天正20年、小田原の役が終了すると、家康は関八州に転封となり、代わって甲斐には浅野長政が入部する。浅野氏は甲府城を築いて、そこを甲斐一国支配の拠点となった。その機能を失った浄古寺城は、それとともに廃城となって行ったものだと思われる。