TBハードディスク)。ウェット研究者でも直感的に使用できるウェブツールと、コマンドベース(CUI)で複雑な情報処理が可能なコマンドラインツールが多数インストールされており、ウェット・ドライのいずれの研究者でも有効活用していただけます。バイオインフォマティクス解析サーバーの各ツールの使用をご希望の方は、バイオインフォマティクス解析室・中林までご連絡下さい。ウェブツールウェブブラウザ上で動作するバイオインフォマティクス解析ツールです。ExplorerやSafariなどのウェブブラウザで開くだけで使用することができ、かつ高機能な解析が可能です。Browserヒト、マウスをはじめとする各動物種のゲノムデータベース。一塩基多型(SNP)やマイクロRNA(miRNA)など様々なデータベースと統合されており、それらのゲノム情報の閲覧や配列の取得に使用します。RNA-seqやChIP-seqなど次世代シークエンサーで解析したデータを表示することが可能です。本家のゲノムブラウザーと異なり、アップロードした解析データを長期に保存しておくことができます。Analysisマイクロアレイデータの解析ツール。スキャッタープロットの作成や二群間比較などの基本的な解析により、サンプル間で変動する遺伝子群を見つけ出すことができます。tool日本語マニュアルGalaxyゲノム情報の閲覧やファイルフォーマットの変換、データの条件検索や分類など、様々な用途に対応可能なウェブベースのプラットフォームです。WikiBLATシーケンス情報のアラインメントツール。ゲノム上に存在する特定の配列を高速に検索することが可能です。alignments統合TV:「高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す」コマンドラインツールバイオインフォマティクス解析サーバには、ウェブベースのツールの他にコマンドベースのソフトウェアが使用できます。Perl、Javaといった基本的なプログラミング環境と、以下のようなバイオインフォマティクス解析用ソフトウェアがインストールされています。学内LANに接続した端末からSSH接続して、これらのソフトウェアを使用することができます。アカウントの作成を希望する方はご連絡ください。R/Bioconductor統計解析用ソフトウェア。Bioconductorに収録されたパッケージを用いることで、マイクロアレイデータの解析やChIP-seqデータの解析など、幅広い種類の実験データを取り扱うことが可能です。Bowtieシーケンスデータのマッピング用ソフトウェア。シーケンスされた配列をゲノム上にマッピングし、SAM形式のファイルとして出力します。出力されたSAMファイルはその後の解析に使用します。HOMERChIP-seqデータ解析用ソフトウェア。ピーク同定やアノテーションなどChIP-seqデータの解析に使用します。付属のツール群を使ってピーク情報の可視化なども出来ます。SICERChIP-seqデータ解析ソフトウェア。ピーク同定などChIP-seqデータ解析に使用します。ユーザによりパラメータを細かく設定することが可能です。'mogura_biport'。