本堂前に置かれていた由来書きの内容をそのまま記す。当寺院は、紫川の源泉、菅王の滝を背景として栄えた、修験の道場です。古く、欽明天皇509-571(約1400年前)の御代に、百済国(現韓国)に菅王子と云うすぐれた王子がおられました。王子は、日夜、仏道修行に専念されていましたが、ある日、「海をへだてた東の国に霊地あり、汝、行くべし。」という仏のお告げを受けました。印度の釈尊と同じ心境で、王子は高位を捨て、はるばる筑紫の海岸に上陸し、菅王の滝へこもりました。十数年後に、侍臣の智賢上人が、王子を慕ってやって参りましたが、王子はすでに他界していました。智賢上人は、菅王の滝山内に王子の霊を祀り、自身は山麓に庵を結び、王子の霊を弔いながら、その意思を継いで、衆生済度に専念しました。これが菅王権現であり、草庵菅王寺であり、開祖は智賢上人であります。菅王滝と菅王寺はこうした由来の上に命名されたのです。(一般には菅生滝とかいていますが、史実からいえば、それは誤りであって、「生」は「王」でなくてはならないのです。)平安の初め(約1200年前)、英彦山の座主、法蓮上人が、菅王滝山内に修験道場を開始しました。その後、当菅王寺を中心として、48坊が建立され盛を極めました。祈願所として、厚い信仰と庇護を受け、豊前の国(北九州全域)一帯の民衆を信徒とする一大信仰の場として栄えました。祈願の霊場として知られています。)明治5年、維新政府は、祭政一致の方針を採り、国家神道を掲げ、神仏分離という悪法を出しました。英彦山・宝満山をはじめとする有名な修験の霊場は総て神社に変身し、修験本来の姿はなくなりました。福岡県下でも数100ヶ寺、小倉北区内でも20数ヶ寺を数えた本山修験宗の寺院は、現在、九州全域で10指を数えるのみとなりました。その中にあって、当護国山菅王寺は、北九州唯一の修験道場として、連綿、千有余年の法灯を堅持しています。道原貯水池及び浄水場建設に伴い、大正元年に現在地へ移転。