(IPA)セキュリティセンターと一般社団法人JPCERTコーディネーションセンター(JPCERT/CC)は、「HtmlUnit」に任意のコードが実行可能となる脆弱性が存在するとして、最新版へのアップデートを推奨している。Rhinoエンジンにより、JavaScriptコードの実行にも対応している。v3のスコアは5.6。attack)などによって、改ざんされたhtmlに含まれる細工されたJavaScriptコードを介し、任意のJavaコードを実行させられる可能性があるという。HtmlUnitをAndroidアプリケーションに組み込んで使う場合にも、この脆弱性が悪用される可能性があるとのこと。