発達し、原形をよく残した溶岩洞窟です。富士山の噴火で流れ出た溶岩が外気にふれ、爆発成分(ガス)を発散しながら固まる時、洞穴の内面に鍾乳石や縄状溶岩などが作られました。青木ヶ原樹海の原生林帯を走る道のなかにある、蝙蝠穴は、富士山麓の溶岩洞穴中最大の規模のものです。コウモリが棲息するという洞穴は、歩道、誘導灯が整備されて手ぶらで楽しむことができるようになっています。夏期でもあまり寒気を覚えず、冬季は温暖であるため、過去においては多数のコウモリ群が冬眠の場所として利用していましたが、近年ではそのコウモリも数を減じています。種類は、ウサギコウモリ、キクガシラコウモリ、コキクガシラコウモリの3種類が登録されています。穴およびコウモリともに国の天然記念物である。