「16年か・・・長いなぁ」とつぶやくハルヒ。みくるはお茶のおかわりの時に短冊にメッセージを。部室で長門が読んでいた本。Wikipedia長門は帰り際にキョンに短冊を渡します。二人きりになった朝比奈さんが切り出します。「その・・・ええと・・・3年前に,です」もしや笹の葉ラプソディーのために2期まで3年の時間を空けたのか。「キョンくん,ごめんね」タイムトリップのスタートです。目覚めると3年前の7月7日の夜9時ごろ。場所は以前に長門に呼び出されたのと同じ公園。朝比奈さんの太ももの上で目を覚まします。この状況ならどんなことをされても許せるでしょう。任務を果たした朝比奈さんは眠ってしまいます。そこに朝比奈さん(大)が登場。朝比奈さん(大)の指示は学校に行って校門前にいる人に協力してくれと。東中の前に行くと,3年前のハルヒが!!!!!この不機嫌そうな表情がいいです。原作のイラストどおりパンダのマークです。薄暗いのでハルヒに顔は覚えられないようです。高校のクラスで話しかけた時に,どこかであったっけとハルヒに聞かれますが,当時はこのときの出来事をキョンは知りません。ハルヒの指示で校庭にラインマーカーで線を引くキョン。前に谷口が言っていた謎のメッセージを校庭に書いたのはキョンだったのです。「ジョン・スミス」この会話が重要な意味を持っています。キョンはちびっこハルヒの書いたメッセージがベガとアルタイルへのメッセージであることを言い当てます。それを聞いて北校には面白い人がいると思うハルヒ。この会話がハルヒが北校に行くこと,SOS団を設立する事のきっかけに。目覚める朝比奈さんですがTPDDを無くしたと。それがないともとの時間に帰れません。キョンは自分が描いたメッセージから長門にもらった短冊のことを思い出します。長門のマンションに向かう二人。そこには眼鏡っ子の長門が!!!!!全俺が感動しました。長門が残したメッセージ。それを読み取り長門はすべてを理解します。3年後の自分と同期します。長門はTPDDがなくても時間跳躍ができると。