追加された行はこの色です。削除された行はこの色です。http://www.google.co.jp/Google(「グーグル」と読みます)検索することを「ググる」といいます。そこでインターネット上では、自分でインターネット検索もせずにあれこれと質問をしてくるユーザーに対して以下のようにいうことがあります。【実習B1】''DBCLS''でググりなさい。件)でもこれは「ウェブ全体から検索」した結果なのです。【実習B2】ググった結果のページ中で「日本語のページを検索」のリンクを探してクリックしなさい。#fold(←こたえ。【実習B3】さらに画面最下部の「検索オプション」をクリックして絞り込みをかけてみなさい。''ドメイン''で'''.ac.jp'''を指定すると何件ぐらいに絞り込まれますか?#fold(←こたえ。【応用B4】さらに見るべきヒットを絞り込むにはどういうオプションを指定すればいいだろうか?#fold(←こたえ。「ライフサイエンス統合データベースセンター」の略号であるが、たまに「ライフサイエンス総合データベースセンター」と間違えられる。間違えられている例を"で囲うことでインターネット検索エンジンを用いて抽出しなさい。#fold(←こたえ。【実習B6】'SPF'でググリなさい。いったことが起こるか?#fold(←こたえ。'DBCLS'でGoogle検索しても「ライフサイエンス統合データベースセンター」以外の'DBCLS'はインターネット上にそれほどないため困らないのであるが、短い略語の場合は同義語がインターネット上に多数存在して調べたい情報に行き着くまでに非常に苦労することになります。)つまり、こういうことです。http://ggrna.dbcls.jp/遺伝子名や断片配列(塩基配列やアミノ酸配列)でRefSeqを検索できるサイト。[#vef33a7b]cygwinをまだインストールしていない人は以下の動画を参考にインストールしてください。tailなどがあります。headなどすることでマニュアルが参照できます。[#e17b6eed]できる人は統合TVみてどんどん進めてってください。すると今使っているLANの制限で、以下動画の中で指示のあるFTPサイトにアクセス出来ないかもしれません。http://dbcls.rois.ac.jp/~bono/docs/120728AJACS/db/を用意したので、こちらから必要なファイルをダウンロードしてください。(64ビットのwindowsの方)をダウンロードし、以下の統合TVのMacOSX版の方でやってみてください(中上級者向け)。/usr/local/binなどとしてコマンドサーチパスが通ったところにコピーしておいて下さい。使用するテスト配列のファイルはこちらです。使用するテスト配列のファイルはこちらです。[#y173062b]大規模にBLASTを計算するといくつヒットがあったかなどが一目ではわからなくなってきます。いった「数える」必要があるにコマンドラインでの処理が役に立ちます。大規模にBLASTを計算するといくつヒットがあったかなどが一目ではわからなくなってきます。いった「数える」必要があるときにコマンドラインでの処理が役に立ちます。FASTAファイルの配列のエントリ数を。上で用いたyeastのアミノ酸配列のDB(FASTA形式)の配列エントリ数を数える場合。yeast.aa6298と出れば正解です。これが(データベース中の)yeastのアミノ酸配列数です。6オプションでタブ区切り出力したもの)で、ヒットのあったエントリ数を。自分で結果ファイルを用意しても構いませんが、ここでは以下の結果ファイルのサンプル(ファイル名:testfmt6.out)で説明します。#ref(testfmt6.out)処理する前にこれがどんなファイルか見ましょう。testfmt6.out一行が長くて見づらいですね。(Sは大文字のS)というものがあります。testfmt6.out見やすくなりましたね。lessさらに、数える(wc)。wcこれによってヒットがあったクエリの数が数えられます。これぐらいの数なら人の目でも数えられますが、多くなると不可能になってくるので、こういうコマンドが大変重宝します。ソートして(sort)数える(wc)。-u)数える(wc)。wcこの違いは重複したエントリによるものです。ヒットのあった数をそれぞれのエントリごとに。count.prlというPerlスクリプトを使って。出たらPerlがインストールされていません。cygwinのインストール画面でオプション設定でPerlをインストールしてください。ちなみにMacOSXの場合は買った状態でPerlがインストールされています。指定するほうが早いです。yeast.aaのベストヒットが抽出できます。[#y8b3afb0]出てきたBLASTの結果。テキストファイルなのにある種のソフトウェアではうまく認識されないことがあります。その場合、この問題を疑ってください。[#q75d09de]いくつかやり方がありますが、一番汎用性の高いものを紹介します。以下のperlワンライナーでmac改行形式のファイル(mac.txt)がUNIX改行形式のファイル(mac_conv_unix.txt)に変換されます。