センターが2016年12月に公表した「水素水」に関する調査報告書に対し、複数の水素水メーカーが「納得できない」と怒りの声を上げた。国民生活センターの調査対象となった水素水生成器メーカーの取締役は17年2月1日、J-CASTニュースの取材に「あんな横暴なやり方で、ウソの情報を流されて......。私達はこれで生活しているので、本当に困っているんです」と話す。国民生活センターは2016年12月15日、水素水製品に溶け込んでいる水素量を調べるテストや事業者アンケートの結果などをまとめた調査報告書を公表した。調査は全19業者を対象に、16年9月から11月にかけて行われた。その結果によると、ペットボトル入りの水素水2製品では溶存水素(水素ガス)が全く検出されず、他の製品でも、パッケージなどに記載された表示よりも水素ガス濃度が低く検出されたものがあった。事業者アンケートで水素水の効能を聞いたところ、最も多い回答は「水分補給」だったとも指摘していた。この調査結果は数多くのメディアで取り上げられ、インターネット上には「水分補給なら水道水でいいわ」「やっぱりただの水だったのか」といった書き込みが溢れるなど、大きな話題を呼んだ。その一方で、国民生活センターの調査対象に選ばれたメーカーは、水素ガス濃度の検査方法や調査プロセスに「問題があった」と猛反発。実際、各メーカーは調査報告書が公表された15日に、それぞれのウェブサイトに反論文書を掲載していた。した状況の中、国民生活センターは17年1月20日になって、水素水メーカーから寄せられた調査に対する意見書を公表した。「(測定結果は)断じて納得ができません」といった批判意見が目立つ。なかには、調査結果の公表によって水素水製品に関する「風評被害」が懸念されると訴えた企業も複数あった。