対応機種STORYインデックスとの出会いを機に科学サイドや魔術サイドのさまざまな事件を解決してきた上条当麻。夏休みが終わり2学期が始まってすぐ、魔術師の闇咲逢魔によってインデックスが誘拐されてしまう。当麻はインデックスを探し学園都市中を走り回ることになる。POINT人気シリーズの第2期。異能を打ち消す力を持ったお人好しな少年・上条当麻と、10万冊以上の魔道書を記憶する少女・禁書目録(インディックス)の戦いが再び始まる。