巣窟ツイート巣窟モードでは、ハンターはモンスターの卵を6つ破壊する、もしくはモンスターを倒すことが目的となる。モンスターは制限時間まで卵と手下を守る、もしくはハンターを全滅させることを目指す。モンスターは卵を守るだけではなく、孵化させることも可能。その際は手下が生まれ共闘することができるが、卵の総数は減る。マップ&エフェクト・組み合わせ巣窟モードでのマップとエフェクトの組み合わせは以下。エフェクトは最大1つとなる。マップに追加効果なし。輸送船がマップ内を巡回し、ハンターがモンスターを発見するのを手伝ってくれる。モンスターの手下がモンスターと協力してハンターを攻撃してくる。転送ゲートでハンターは中心部にテレポートできる。時空の断裂でモンスターは別の場所にテレポートできる。晴天になると夜行性の肉食動物は姿を消し、モンスターを発見しやすくなる。マップに追加効果なし。輸送船がマップ内を巡回し、ハンターがモンスターを発見するのを手伝ってくれる。モンスターの手下がモンスターと協力してハンターを攻撃してくる。Gunがモンスターの攻撃からエリアを防衛する。放射能雲の近くにいるとハンターはダメージを受ける。鳥の数が増え、モンスターを発見しやすくなる。逃げ出したPhantomがハンターに襲いかかる。医療ポッドで体力を回復し、行動不能回数をリセットできる。変異した肉食植物を吸収すると、モンスターは体力を回復できる。