Research、28:235-242。vivoでの活性を持つ、文献(1月55まで)の2015小分子が含まれています。経験豊富な薬化学者による評価と、ペインフィルタリングの結果が含まれています。EkinsによるF1000Researchへの出版のために提出されました)。2015Synthonixは、より困難な化学空間を探索できる10286ビルディングブロックのカタログを提供し、世界の慢性疾患および治療可能な疾患を治療する潜在的に重要な治療標的の範囲を拡大することにより、医薬品化学者が創薬の境界を押し広げるのを支援します。2014国立衛生研究所(NIH)は、分子ライブラリスクリーニングセンターネットワーク(MLSCN)および低分子化学プローブまたはツール化合物を特定するために、学内および学術センターの両方で推定576百万ドルを超える広範なHTSの努力に資金を提供しました分子ライブラリープローブ生産センターネットワーク(MLPCN)。可用性の組み合わせに基づくさまざまな定義が使用されています。これまでに、NIHが資金提供した学術スクリーニングセンターは、300を超える化学プローブを発見しました。このコレクションには、プローブ構造、ターゲット、アンチターゲット、IC50値、およびその他の参照が含まれます。「化学プローブの専門家による評価の計算による予測と検証」で説明されているクリスリピンスキー博士によって割り当てられた望ましさスコアを含む、薬物の類似性のさまざまな測定値が含まれます。2014600ビルディングブロック、在庫あり、低価格。Cantos研究所(開発途上国DPUの疾患)間のコラボレーションによって実行されたハイスループットスクリーンの公開結果が含まれています。Laboratory、LTD。000の個々の分子の在庫です。それらはすべて、mg、マイクロモル、乾燥粉末、DMSO溶液、乾燥フィルムなど、さまざまな形式で迅速に配信できます。Laboratory、LTD。オーガニックビルディングブロックのコレクションには、33以上の000識別およびテスト済みアイテムが含まれています。Laboratory、LTD。足場のコレクション(Azaleaプロジェクト)。薬物のようなミニライブラリを合成するための高度なアイデア。他のベンダーが提供していないまったく新しい化合物を入手するのが最良の選択です。Laboratory、LTD。3」およびその他の特別なフィルターを通過した化学物質)のコレクション。Search予測に基づいていました。最初のステップ-類似検索では、ストック化合物全体とBindingeDBおよびChemblDBに由来する既知の阻害剤との比較を想定しました。第2段階-既知の阻害剤の3D構造の生成とそれらの共整列。この化学空間空間は、残りの「類似」化合物のフィッティングのテンプレートとして使用されました。これは「チェリーピッキング」用に設計された方法であり、アデノシン、ケモカイン、ドーパミン、ガバ、ヒスタミン、ムスカリン、オピオイド、スフィンゴシン。2014MDL公開キーと90%のTanimoto類似性カットオフを使用した類似性検索。25生物学的アッセイ(168以上の異なるキナーゼターゲット)でアクティブであるとテストされたほとんどの100K参照化合物が、類似性検索に使用されました。このすべての化合物は、顧客の注文まで、より具体的なターゲットに対してスクリーニングできます。2014キナーゼライブラリは、Sybyl環境での仮想ドッキングに基づいて準備されました。この目的のために、一連のキナーゼ構造の結合部位(約20)を並べて分析しました。このような重ね合わせられたサイトは、Sybyl-XのUnityモジュールを介した構造ベースのファーマコフォアモデリングに使用されました。すべての準備が完了した後、3Dストック全体がこのマルチファーマコフォアモデルに対してスクリーニングされ、最終的に上位ランキングが実行されました。2014ライフケミカル。仮想ドッキングおよび類似性/ファーマコフォア検索。2014文献に記載されているCNSフィルターは、ストック全体のふるいとして使用されました。示されているように、そのようなパラメータを持つ化合物のみが、神経組織の透過性に適切な特性を持つことができます。すべての記述子は、SybylのSpreadsheetsおよびVolsurfモジュールから取得されました。2014最初の方法は、記述子の統計分析に基づいていました。以前は、NPの大規模なデータベースを分析して、NPの足場をツリー形式で配置することで研究していました。NP構造以上の特性分布の分析と、特定のクラスの天然化合物に典型的な部分構造の識別を実行して、天然化合物に通常存在する一連のフラグメントを生成しました。Products(DNP)および合成分子(SM)でテストされました。別の方法は、足場の類似性評価に基づいています。分子に対して生成される(fragmnetsからの)原子シグネチャの数は、分子を構成する原子の数に等しくなります。すべての原子シグネチャは、分子の構造的特徴/フラグメントを独立して表し、その個々のスコアが計算されます。原子の数が多いほどスコアが高くなります。Kitを使用しました。Product(NP)-likeness、つまり既知の天然物で覆われている構造空間に対する分子の類似性を計算します。20145のLipinski規則を使用して慎重に設計された新規の薬物のような小分子であり、このパラメーターのセットから逸脱する唯一の理由は、ユニークな足場または非標準化学です。それは、痛みのような医薬品化学フィルターまたは任意のターゲットに焦点を合わせたフィルター(溶解性、透過性、BBB)のアプリケーションの準備ができています。2014フラグメント化合物は、修正された「3つのルール」でLCストック全体をフィルタリングすることにより選択されました。フラグメントは、分析ラボで溶解性がテストされています。溶解度はDMSOの200mM濃度で保証され、フラグメントの75%は7.5mM濃度のpH1バッファーに可溶です。2014未来を振り返って:小分子と結核菌の生体内効果を予測する。vivo活性を有する分子に導き、かなりの時間とお金を要する課題です。773化合物で構成される機械学習分類モデル(ベイジアン、サポートベクターマシン、再帰分割)を使用して、生体内のアクティブおよび非アクティブな化合物からの学習を示します。ベイジアンモデルは、外部テストセットとしてモデルに含まれていない8の追加の生体内活性物質から11を予測しました。vivoのアクティブな小分子抗結核にリソースを集中させることができます。これは、他の疾患の他の場所での生体内試験のための費用効果の高い予測因子を強調しています。2014アプリのバージョン79のTBモバイルにTBの1つ以上のターゲットが追加された最近の論文から選択された2化合物。20の追加分子をテストセットとして使用しました。2013マンソン住血吸虫のソムール(感染後の幼虫)およびMMVマラリアボックス(http://www.mmv.org/malariabox)を構成する400化合物を含む成虫の全生物スクリーニング。深刻な表現型対ソミュールを生じるマラリアボックス「薬物様」化合物のみが成人に対して試験された。データはChEMBLにもアップロードされます。29(11):1039–1045。テストしたライブラリには、すべての主要なプロテインキナーゼサブファミリーのキナーゼを阻害することが知られている178化合物が含まれていました。nMの主要なターゲットに対するこれらの化合物の平均報告されたIC0.5にもかかわらず、より弱いオフターゲット阻害活性をキャプチャするために選択されました。溶媒制御反応(以下、「残りのキナーゼ活性」と呼びます)の各キナーゼ阻害剤ペアの平均残存キナーゼ活性を示します。キナーゼ活性データは、ビヒクル(ジメチルスルホキシド)反応と比較した試験サンプルの残存キナーゼ活性の割合として表されました。Set(PKIS)は、367プロテインキナーゼ阻害剤のセットであり、プロテインキナーゼファミリーの活性について注釈が付けられており、公開スクリーニングに利用できます。スクリーニングセットの詳細については、以下のリンクをご覧ください。ChEMBLデータベースは、このセットに関するバイオアッセイデータの「行き先」サイトでした。Discovery(CDD)サイトでアクセスできるように処理しました(以前に行ったようにキナーゼSARfariデータベース)。CDDへの転送により、データはより「医療化学者」に優しい方法で利用可能になります。データセットを整理しました。実際には364化合物のみがあります(一部の重複は、同じ分子の塩の形または代替名によるものでした)。可能な場合はターゲット名の正規化を試みました(たとえば、キナーゼIKKA、IKKB、およびIKKEは、UNCのデータセットに対してIKK-alpha、IKK-beta、IKK-epsilonと呼ばれていました)。uMの0.1ターゲットに対してテストされた1化合物があります。このデータセットでは、プロトコルは1つだけですが、225ターゲットは1つの読み出しにリストされています。uMで実行される画面に簡単に制限できます。2013ChEMBLで利用できる貴重なリソースは、キナーゼSARfariです。「キナーゼに焦点を合わせた統合ケモゲノミクスワークベンチです。スクリーニングデータが組み込まれています。非常に有用なリソースであるこのデータベースは、多くのアッセイで広範なキナーゼに対するキナーゼ活性化合物の大量のSARデータを利用可能にします。SARfariのコアテーブルを取得し、ChEMBLデータベースの別のキーテーブルとマージし、ネイティブSARfariで利用できるよりも詳細に各レコードで使用されるアッセイを説明するフィールドを提供しました。これで、CDDインターフェイスを介してこのマージされたデータセットを利用できるようになりました。vitroデータが利用可能です。生体内機能およびADMETデータも掲載されます。vitroでテストされました。化合物は、生物活性および細胞毒性情報を使用して構築された以前に生成されたベイジアンモデルのテストセットとしても使用されました。元のデータセットはhttps://www.ebi.ac.uk/chemblntdでホストされています。vivoでクルーズトリパノソーマに対してテストされた531分子についてキュレーションされました。Consortiumのメンバーとして、T。bruceiに対する活性について4926化合物を開発およびスクリーニングしました。vitro活性データが含まれています。rhodesiense、L。falciparumに対する細胞毒性データと活性。報告されたすべての化合物シリーズは、生体内活性と両立しない低い選択性または特性を有することが判明したため、HATの開発はもはや行われていません。University、およびCDCOを含むDNDiリード最適化コンソーシアムは、植物殺菌剤フェナリモールに基づいたSARシリーズを開発およびスクリーニングしました。DNDiは、ChEMBL-NTDでこのシリーズから6化合物の公開化合物構造、T。cruzi活性データ、およびL-743細胞毒性データを作成しました。Publicに含まれています。Instituteは、宿主細胞であるマウス線維芽細胞NIH303,224T3と共培養されたβ-ガラクトシダーゼレポーターを安定して発現するクルーズトリパノソーマの組換えTulahuen株で、重複して3化合物のハイスループットスクリーニングを実施しました。4,394ヒットのうち、4,063の阻害活性と宿主細胞毒性についてさらに評価しました。最後に、27化合物が潜在的なプローブ化合物として選択され、さらに検証されました。一次スクリーニングおよびその後の二次アッセイからのデータは、PubChemに寄託されました。Publicに含まれています。