日本の在来種としてのしじみは、「ヤマトシジミ」「マシジミ」「セタシジミ」の3種類です。ヤマトシジミは、最も一般的に消費されているしじみです。日本で獲れるしじみの99%以上がヤマトシジミといわれ、北海道から九州までの全国の汽水域の砂礫底に生息しています。膨らみが少し高めで、殻表の輪脈の弱い貝です。表面の艶が強く殻の内側は白紫色といった特徴があります。マシジミは、全国の淡水に生息しているしじみです。水田周辺の溝などを中心に日本全国で生息していましたが、化学肥料や農薬の影響、外来しじみの大量繁殖といった環境変化にともない、現在ではほとんど見ることが出来なくなってしまいました。殻色は、稚貝のときは黄褐色で成長ととも黒味がかつて濃緑色や黒色に変化し、殻の内側は紫色といった特徴があります。セタシジミは滋賀県の琵琶湖原産の固有種で、淡水のしじみです。瀬田川でよく獲られたことで「セタ」の名称が付けられていますが、水質変化や護岸工事などにより激減したことから、現在は八郎潟や諏訪湖や河口湖などに移され、そこで生息しています。殻の膨らみに関して、奇麗なものになり、魅力的なものになり私たちを楽しませてくれます。