植物学系は、理学研究科内の5分科と生態学研究センター内の1分科で構成されている。「生態科学II」の2分科はマクロ系で、国内外を問わずさまざまなフィールドにおいて多様な植物を対象とした研究を行っている。各系では、それぞれに独自の研究テーマや手法をもちつつも、ミクロとマクロの横断的な研究交流と相互理解を重視している。当たっても常に6分科全教員による会議における討議を経ることを基本としている。学生諸君には、分野に偏ることなく幅広い知識と基本技術の取得を心がけるよう希望している。それによって、自らの研究テーマの内容を深め、新しい、面白い研究へと発展させることを期待している。修士課程の修了要件は、同課程に2年以上在学し、特殊研究12単位、各指導教員が担当するゼミナール8単位を含む合計30単位以上を取得し、かつ修士論文を提出し審査に合格することである。理学共通科目(専攻横断型講義)、および国際高等教育院が提供する大学院共通科目については、両者合わせて4単位までを修了に必要な単位として認める。(理工系あるいは生命科学系)と「学術研究のための情報リテラシー基礎」については、履修を強く勧める。他の研究科ならびに理学研究科における生物科学専攻以外の専攻の科目の単位を修了要件に含める場合は、植物学系の教員会議での承認が必要である。修士論文は、各分科の研究指導内容に即して、一定程度以上の研究成果を修めたかどうかを審査基準として合否判定がなされる。提出された修士論文は指導教員を含む3名の調査委員によって審査される。原則として、学生は植物学系教員が出席する修士論文発表会(公開)において論文の内容を発表し、口頭試問を受ける必要がある。修士論文と口頭発表をもとに、教員による判定会議を経て合否が決定される。学生は自らの修士論文の合否判定および単位認定等に異議のある場合、専攻長(あるいは副専攻長)または専攻教員会議議長に申し立てすることができ、申し立て事項は専攻教員会議で検討される。修士課程の最終的な修了認定は理学研究科会議で決定される。博士論文は、各分科の研究指導内容に即して、高度で独創的な研究成果を修め、今後自立した研究者として国際的に活躍できる十分な能力を有しているかどうかを審査基準として合否判定がなされる。(博士)論文予備審査手続(内規)」に従い、あらかじめ予備審査を受けなければならない。本内規に定められている通り、博士論文の内容の少なくとも一部が、申請者を筆頭者とする論文として、レフリー審査制度のある国際学術雑誌に公表あるいは受理されている必要がある。予備審査では、植物学系から選出された3名以上の調査委員によって合否判定がなされる。予備審査を合格したのち、改めて本審査のために博士論文を提出する。原則として、学生は植物学系教員が出席する博士論文発表会(公開)において論文の内容を発表し、口頭試問を受けなければならない。博士論文と口頭試問の結果をもとに、教員による判定会議を経て合否が決定される。学生は自らの博士論文の合否判定等に異議のある場合は、専攻長(あるいは副専攻長)または専攻教員会議議長に申し立てすることができ、申し立て事項は専攻教員会議で検討される。A/B当該分野の最新の研究動向把握することを目的とする。詳細などについても議論する。植物の生理機能、特に光応答機構について、分子レベルの最新知見を紹介、議論する。レベルの光応答反応、個体の光応答などである。A/B植物における代謝制御、オルガネラ遺伝子発現制御と形態形成を支配する分子制御機構に関する最新の研究成果を紹介し、議論する。関連分野の最新の知見を紹介し、議論する。