ミステリー漫画を基にしたTVアニメの劇場版第20作。心は高校生、体は小学生の少年探偵コナンが、国際的陰謀に立ち向かう。原作でも明かされていない宿敵“黒の組織”の内情にも触れており、シリーズ最高の興収63.3億円を記録した。日本警察にスパイが侵入するが、間一髪で公安が機密の漏洩を阻止。スパイは車で逃走し、道路下へと転落してしまう。翌日、水族館を訪れていたコナン(声:高山みなみ)は、記憶喪失の女性を発見し...。