地球において古代進と再会するも、地球脱出時に負傷して地球に残留。敵将校であるアルフォンに介抱される。アルフォンから進たちの死を伝えられても、生きていることを信じ希望を抱き続ける。アルフォンから自身の愛を受け入れることを条件に重核子爆弾の情報を渡すことを提示され、表向き彼の愛を受け入れ、聞き出した情報をパルチザンに伝えた後自殺するつもりでいたが、そのことを察した彼に解放される。その後、パルチザンと合流し、重核子爆弾へ進撃。爆弾内部でアルフォンと一騎討ちとなり、結果として勝利。アルフォンの頭を膝の上に抱き、その最期を看取った。重核子爆弾の起爆装置解体後は、ヤマトへそのことを通信で伝え、その際に進と再び会うことを約束した。徳川太助とともに無人艦隊のコントロールセンターに勤務。無人艦隊で敵軍を迎撃しようとするが、黒色艦隊の奇襲により戦況不利となり、さらにコントロールセンターも破壊され脱出。命からがら英雄の丘まで逃れ、古代たちと再会する。その後、小惑星イカロスまで行きヤマトに再会。ヤマト航海班長の任に就く。長官からヤマトを任され、山崎奨とともに小惑星イカロスに秘匿されているヤマトの大規模改装を行っていた。古代たちと合流した後は再び工作班長としての任に就く。古代守からサーシャを預かって1年間育ててきており、いわば彼女の育ての親でもある。そのため彼女への情は進と同じくらいに深く、進がサーシャごと敵母星を撃つことをためらった際には、自身も同じように辛いことを伝えながらも、彼を説得しようとした。戦いが終わった後は、サーシャから育ててくれたことに対する感謝の意を告げられている。ヤマト2』で戦死した加藤三郎の実弟。兄の意思を継いで、イカロス天文台でコスモタイガーの訓練を続けていた。暗黒星団帝国に対して毅然とした態度を崩さず、反感を買い処刑されかけたところを古代守に助けられ逃亡。パルチザンに参加する。ヤマトに望みをかけつつ、自身もパルチザンの指揮官として占領軍に対し反攻作戦を行っており、ほとんどヤマトを後ろから援助するだけだったこれまでの作品とは異なる活躍を見せている。劇中では明かされないが、本作で名前が「藤堂平九郎」と決められた。