Descriptionエージェント・トラメが予告した決闘の日、その前日。ハヤトとアズサはセイリュウと話をするため上野駅へ向かっていた。その折、超進化研究所に一人の男がやってきた。彼の名前は倉敷ヤクモ。科学産業省の役人で、シンカリオンやキトラルザスにまつわる様々な謎を解明するために超進化研究所と海外の研究機関を橋渡しする役目を担っていた。シンカリオン」を開発した。シンカリオンとの高い適合率を持つ子供たちが運転士となり、研究所員たちはたちと力を合わせて強大な敵に立ち向かう!果たして「漆黒の新幹線」の目的は...。子供たちは日本の未来を守れるのか...。