4-より高度な解析のためにIntroductionタンパク質を構成するアミノ酸の配列順序を決めるのは、核酸塩基の配列順序です。4x4x4で64通り考えられます。codon)と呼びます。同義コドンの使用頻度には、生物種固有の偏りが存在することが知られています。使い方を解説していきます。前提として、以上の生物学的知識と、UNIXの基本的な操作法が身についているものとします。使用すれば、ゲノム解析は非常にシンプルです。以下の二行を書き込むだけで準備は終了します。G("bsub");試しに、このPerlスクリプトを実行してみましょう。データファイル("bsub")を無事読み込んだことを知らせてくれます。スクリプトの説明をしましょう。Gのモジュールをインポートします。Systemが持っている"bsub"というデータを使っていますが、ここにRefSeqのアクセッション番号や、スクリプトを実行している場所にあるGenBankファイル名などを入力しても同様に扱えます。Content)の生物種間差を調べましょう。ゲノム解析のための関数が標準で多数用意されています。一行を書き足して下さい。以下のようなコドンテーブルが表示されるはずです。ゲノム全体で同義コドンの頻度を計算した結果を表にしたものです。いったように、各アミノ酸で特定のコドンを偏って使用する傾向がみられます。それとを比較検討してみてください。標準関数には、多彩なオプションが用意されています。codon_usage()関数は、以下のオプションを持ちます。コドン使用頻度を計算するCDSのIDを指定。デフォルトは全遺伝子で計算する。'stdout'はディスプレイ出力、'f'はファイル出力。出力ファイル名を指定。'codon_usage.csv'。ある特定の遺伝子のコドン使用頻度を計算してみましょう。作成したスクリプトを以下のように書き換えて下さい。EF-Tu)をコードする遺伝子(tufA)に対応しています。遺伝子のコドン使用頻度がディスプレイに出力されるはずです。遺伝子全体の傾向とは大きく異なっていることがわかります。遺伝子の出力結果と比較してみましょう。