Chargaffの塩基分配法則の第二項は一本鎖DNA分子においてG含量とC含量はほぼ等しくなると定めていますが、これはゲノム全体においての現象で、細かく区切られた領域ではバイアスが見られます。一致することが多いことが知られています。いう現象が発生する原因には主に二説あり、それらはリーディング鎖とラギング鎖の異なる突然変異確率、そしてコドン使用による変異のバイアスなどによる、としています。使用すればゲノム解析は非常にシンプルです。Genbank形式のコンプリートゲノムを使用して解析をするなら、テキストエディタに以下の二行を書き込むだけで準備は終了します。G("ecoli");ためしにこのスクリプトを実行してみましょう。以下のような出力がでてくるはずです。無事ファイルを読み込んだことを知らせています。"Fasta");のように第二引数としてデータベースフォーマットを指定すれば読み込まれます。ゲノム解析のための多様な関数が標準で用意されています。解析もそんな標準関数の一つです。関数を使う行を書き加えて実行してみましょう。gcskew($gb);すると、以下のようなグラフが表示されるはずです。ウインドウをずらして計算したものをグラフにしたものです。周辺にシフトポイントを持つ、非常に特徴的な傾向が見られることがわかります。中に格納されています。$gb->{SEQ}の中にはいっています。標準関数の多くはこの$gbを引数として渡すことで動作します。ゲノムではどういう特徴が見れるか観察してみましょう。その結果を比較し考察してみましょう。関数は容易に使えるだけでなく、多彩なオプションをもっています。gcskew()関数は以下のようなオプションを持ちます。ごとのウインドウで見てみることにしましょう。skewほど顕著でなかったりします。スクリプトは以下のようになります。-filename=>"atskew50k.gif");グラフは以下の通りです。シフトポイントはより明確になりました。skewよりも顕著ではないようです。傾向がどのように違うかを見てみましょう。ウインドウサイズを変えることで何か違ったものが見えてくるか試してみましょう。発生原因はリーディング鎖・ラギング鎖の突然変異の入り方の違い、そしてコドン使用によると考えられています。定義することが可能なはずです。