特例等については、政省令で規定するとし、就学指定された学校種により教育課程が異なることが起こり、学校間格差や地域間格差につながる。公教育の平等性、教育の機会均等が阻害されることが危惧される。どこの地域であっても、どの学校においても等しく学びが保障されることが基本である。義務教育の複線化は他国にも例を見ない。2012年の作業部会の議論においても子どもたちの人間関係の固定化やエリート校化につながるとの懸念も指摘され制度化に至らなかった経緯がある。答申では「設置者が地域の実情をふまえて小中一貫教育が有効と判断した場合に円滑に導入できる環境づくりのための制度化」としているが、これまでも小中連携のとりくみは地域の実情に合わせて行われてきており、現場は子どもたちの学びの継続について配慮し工夫してきている。多く、あえて制度化する必要はない。学校統廃合などと併せて、トップダウンで導入の判断がなされることも危惧される。日本教職員組合はこの間教育総研と連携し、問題点や課題等について指摘し、中教審・文科省への意見反映を行ってきた。引き続き日政連議員等と連携し国会対策を強化し、すべての子どもにゆたかな学びを保障する教育制度を強く求めていく。