あと、Webアプリケーションであっても、aspxファイルは起動時(動作時?)コンパイルです。推奨については、2.0の登場時はWebサイト推奨、、、というかWebサイトしかない、という状況が一時期あったのですが、SP1でたときにWebアプリケーションが追加されました。1.0使ってた企業から突き上げがあったようです(w今となってはMVCがWebアプリケーションでないとできない、とかがあって、たぶんそれに引っ張られてWebアプリケーションが推奨なのではないかと。