大きな違いは、「投資信託を売った利益や分配金に対して、税金がかかるか・かからないか」の違いです。特定口座は利益に対して20.315%の税金がかかり、つみたてNISA口座は税金がかかりません。その他、つみたてNISA口座は年間40万円までという限度額があること(特定口座には上限はありません)、1つの金融機関でのみ利用できるなどの特徴があります。つみたてNISA口座で損失が発生したとしても、他の投資信託から生じた利益と損益通算することは出来ません。