LifePart.1「絶対定量オーミックスからの知識発見」はd:id:Hash:20061102に書いています。形態の変化、すなわち表現型から遺伝子の異常を見つけ出すプログラムがほしい。出芽酵母を使い、形態を501のパラメータにわけて、細胞の写真を解析(これにかなり計算力必要らしい)。画像から酵母を検出するアルゴリズムでちょっと手間取る。出芽酵母を使ったのは、特定の遺伝子を破壊した菌が既に売られていて、野生型との比較がしやすいため。絞る形態の変化を見つけても遺伝子に変化がないと困る。逆に正常を異常と判定しても困る。菌の外周長、細長さなど生物学的に意味がありそうな501パラメータから、有用なものを選び出す。168(76.7%)有意差ってのはp<0.0001。pをどこまで絞るかは、野生株での該当数がぎりぎりゼロになるとこで。示すパラメタが使える。中心からの座標とか求めて、すごい細かかった。分裂する時のアクチンの動きとかやってた。あと他のオルガネラも染めればまた色々わかるんちゃうかとか言ってた。マイニング形態と遺伝子の相関情報を使って、実際に機能予測。似たパラメタ以上を示したunknown遺伝子、SAC3とDIA2を発見。その遺伝子を破壊して確認したところ、確かに修復機構に関係。2004年の中間判定の時点で、この手法ならではの成果がほしい多細胞生物に応用できないかという課題をもらっていた。ヘテロ二倍体の扱いとかが難しく、完全には答えられなかったが、ハエの羽を画像解析、羽の成長の仕方に対し仮説を立ててた。まとめと将来5年間で、画像解析ソフトウェア開発し、形態の特徴から遺伝子機能予測(マイニング)に成功。成果をSCMDとして公開。応用→酵母の生育状態をモニター。遺伝子型推測には限界ありそう。腕のいい医者は外から見ただけで病気わかるとか言うから、それが自動化される第一歩と言えなくもないかもしれない。忘れないうちに暇見つけて書く。連載はてなブログをはじめよう!Hashさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。