Lab先日「ブログ書きが不調」と書いたが、言語のアウトプットが不調なときは、それ以外のことをするに限る...たとえば黙々とプログラムを書く、音楽に浸る、身体を酷使する、などだ。lifeおそらく全国的に見てもかなり遅い方だろうが、先週卒業研究の発表が終わりました。原稿を練りながら、発表練習をやりながら、他人の発表を聞きながら発見した法則などをまとめた。labスパコンでシミュレートした生体分子の挙動を実際に測定して確かめるべく、遺伝子を組み換え、人工ペプチドを作ります。その遺伝子組み換えに必要なプライマーを注文した。labやはり、夜のデータ整理とブログ更新*1に1-2時間かけることを想定し、早めに実験を切り上げるべきだ。これで早く帰って軽くジョギングして風呂入って寝て早く起きて早く行く、と。そんな思い通りに言った日は未だかつてありませんが。labうちの学科がなにやらでかい研究プロジェクト*1を当てたらしく、向こう5年は資金が潤沢にもらえる、という。K2-K2(前回のK-Kに同じ。S2-S...今日のToDo2007-12-20脳を拡張するlab研究室的に歴史あるテーマを新しい道具で扱っていると、世代の流れというものを感じてなんとなく敬虔な気持ちになることがある。仕事を引き継ぎ、先輩が苦労して確立した系を再評価し、発展させる。これが脈々と受け継がれていくのを何...脳を拡張する2007-12-17研究の先を読む。lab僕の研究はWet系とDry系を並列して再現性を取るというなかなかハードだが面白いテーマ*1だ。Dynamics*2"を用い...研究の先を読む。スパコンで計算かけるとき、キューを指定することができる。計算の実行には長々とコマンドを書かねばならないので、適当にRubyでスクリプトを書いて、引数で「2」をとれば、空いてるキューに計算が投げられる設定にした(つもりだった...プログラムミスで貴重な時間というリソースを無駄にした2007-12-08研究進捗発表をした。先輩の研究の総括者となれlab最近毎日ブログ更新を心がけていた。思っていたより自己成長になりそうな気配がしてきた。ただの雑メモなら誰でも出来るので、すばやく構成する力...研究進捗発表をした。先輩の研究の総括者となれ2007-12-06RMSDを勉強。MD計算RMSDについて勉強した。二乗平均平方根は統計値や確率変数の散らばり具合を表す数値である。平均二乗偏差とも呼ばれる。もととなる値は正負の両方を取ってよく、変化する値の強度を統計的に表す目的で物理学や電気工学でよく用い...RMSDを勉強。career7年くらい前にうちの研究室を修士で出た先輩が、論文博士を取るという。20数年の歴史を持つ研究室なのに、論文博士は初めてだとか。全体から見て珍しいのだろうか。ログインするドメイン名を少し変えればいいだけだったorz自宅から大学スパコンへのログインができた2007-12-02深夜の大学。助教も先輩も誰もいない、静まりかえった休日の研究室に足を運ぶ。行く手を阻む数々のロックキーをテンポよく解除していくその行為が、不思議と気分を高揚させる。最小限の照明を点し、昨日洗ったばかりの白衣を着、手袋を装着する。見上げるほど大き...深夜の大学。休日を計画的にしようと思う2007-11-30学会で発表することになったLab来年春に。他人の前で話すことは子供の頃からいまいち好きになれない。人前で話すどころかライブをやったり演説したりする友人たちは雲の上の人だった。僕は未だに、月1回の研究進捗発表でもめっちゃ緊張する。RubyRubyをいろいろいじって勉強。非常に初歩的なことなのだが、気づいたことをメモ的に書く。明日は計算系のRMSDがなぜか不安定な根拠を探ろう。%x{}で囲めばいい。今研究室でやっているのは僕一人。ゆえに、後輩のためにきちんとしたマニュアルを書かなくてはならない。そのツールとして、数週間前からWikiを使ってみてる。Xのマルチファイル検索がかなり便利。unixコマンドのgrepに相当するのかな。秀丸にも同じ機能があると聞いたことがある。研究テーマ的にPC操作が多いので、自然とメモを取るのもPCのテキスト形式が多くなる。メモを一カ所にあつめておいて「いつか忘...マルチファイル検索2007-10-27PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。ruby研究室でちょっとしたプログラムを使う必要が出た。PDBファイルの特定の残基名を書き換えた後、AMBERパッケージを使って適切な構造に直して、分子動力学計算(MD計算)を行う。このPDBファイルの書き換えを自動でやってくれるプログラム(PDBも所...PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。2007-10-10最近論文を読んでいて気になる人がいる。Biophysicsに所属。サイエンスやネイチャーにバシバシ論文出してて、しかも生体分子計算系の論文には必ず引用される大御所的存在らしい。20年前のDelphiプログラム(...最近論文を読んでいて気になる人がいる。2007-08-31来週の月曜から好奇心を封印することに決めた。興味の赴くままに読書することを半年間やめる。読みたい本が増えたら、リストに加えるだけで我慢する。アウトプットに結びつかない、自己満足だけの知識の蓄積をやめる。惰性で続けている、非現実的な「好き」を忘れる。その時...来週の月曜から好奇心を封印することに決めた。