小幡(こはだ)という依頼人が、探偵長屋にやってきた。依頼内容は行方不明の兄を探して欲しいというもの。落語『生きている小平次』に酷似した事件に大喜びで依頼を引き受けるシャーロック。モリアーティの一件から、無理をして喜んでいるのではないかと心配するワトソンに、マイクロフトはシャーロックの過去について語る。刑務所のモリアーティにも過去を語る相手が出来ていた。樹であることを知った幽助たちは、間もなく人間界を訪れたコエンマより、詳しい話を聞く。蔵馬と時雨の壮絶な戦いが始まった。手強い敵・時雨に蔵馬は苦戦し、あわやのところで妖狐に変身する。蔵馬は自らの意志で南野秀一の姿に戻り...。蔵馬は、この戦いで過去にケリを着けようとしていたのである。飛影とムクロの戦いは熾烈を極めた。ふたりはお互いの思いをぶつけ合い、激しく戦う。盗賊仲間、蔵馬と黄泉。蔵馬には昔、黄泉を抹殺するため、刺客を送った過去があり、黄泉はこのとき光を奪われた。黄泉は、人間界にいる蔵馬の家族を人質に、彼を味方に引き入れようとするのだった。葉たちは、リゼルグの過去の話を聞くことになった。リゼルグは6歳の時に起きた悲劇を語り始めるのだった。リゼルグの父・リアムは、世界一の探偵にしてダウジングの名手、そしてリゼルグのあこがれの存在だった。ある日、リアムに「モルフィンの籠(かご)」を渡されたリゼルグは、籠を開けるための鍵を、まだ未熟なダウジングで探し回っていた。その頃、リアムのもとにハオが訪れる。ハオに協力することを拒否したリアムは...。新宿區歌舞伎町のBAR『パイプキャット』を一人の男性が訪ねてくる。彼はジョン・H・ワトソンという医者で、シャーロック・ホームズが腕の良い探偵だと聞いて依頼に来たのだ。裂きジャック」によるものと思われる事件がつい先ほど発生し、その犯人を捕まえた探偵は報酬1000万円を得られると言う。報酬は早い者勝ち!探偵達の犯人探しレースがスタートする。盗まれたUSBを取り返してほしいというS級特盛の依頼が探偵長屋に持ち込まれた。USBはモラン新宿區長の寝室から盗まれたらしい。依頼を持ってきたのは區長の第一秘書官でシャーロックの兄、マイクロフト・ホームズ。1500万円という報酬に色めき立つ探偵達。USBを盗んだ犯人はあの有名なアイリーン・アドラーだという。探偵長屋に城田結衣という女性がやってくる。一人娘のえみりを女手一つで育てているが、元夫であるミルヴァートンにえみりの養育権を寄越せと脅されているという。娘と離れたくない結衣にはなにやら事情があるらしく、助けを求めて探偵達に依頼を託す。死亡したジャック、警察に連行されたモリアーティ。探偵長屋には重い雰囲気が立ち込める。そんな中「パイプキャット」の看板猫・パイプがいなくなったとハドソン夫人が騒ぐ。近頃、歌舞伎町にはペットを誘拐して売りさばく不審者が出るというが......。全員強制参加でハドソン夫人からパイプ捜索を依頼され、探偵達は渋々パイプを探す。シャーロックに依頼を持ち掛けるワトソンだが、取り合ってもらえず家事や身の回りの世話をさせられていた。そこへハドソン夫人から探偵全員に招集がかかる。今日の依頼人は歌舞伎町二丁目で花屋を営んでいる高峰富士子で、探偵・小林の憧れの人。アイドルグループ『泣きぼくろ見つめたい』のオーディションに合格して今日がお披露目予定だったという彼女は、解決してほしいことがあると涙ながらに訴える。モリアーティの誕生日会を開催中のBAR『パイプキャット』に、田中黄熊(プウ)という男性がやってくる。殺人事件の容疑者として報道されている彼だが、それは濡れ衣だと訴える。警察に連行されていく黄熊。黄熊を気に入ったハドソン夫人が探偵へ依頼をする。今回の依頼は「黄熊の無実を証明し、ハドソン夫人のもとへ連れ戻す!」依頼を受けた探偵達はウエストの事件現場へ向かう。アイリーンの死に落ち込んだ様子のシャーロック。そんな中ワトソンの周りでは不審な出来事が次々と起こる。次第に「切り裂きジャック」の正体がモリアーティではないかと考え、ワトソンは必死にシャーロックが危ないと訴えるが......。マキのことで酷くショックを受けた京極は部屋に引きこもり、廃人のような生活を送っていたが、とうとう入院することに。そんなある日、探偵長屋には病院から抜け出したという少年・フータロウがネットの評判を頼りに依頼にやってきた。同室に入院している院長の息子・ランポが、一緒に行った異世界に取り残されていると言う。奇妙な謎に興味を示し依頼を受けるシャーロック。依頼ついでに、入院している京極の見舞いに行くのだが......。過去に書いたものがこすっただけで蘇る“過去板消し”。字が汚すぎたため、仕入れのことが書いてあることも分からず、店の黒板を消し、一方的に叱られるブタゴリラ。納得がいかず家出するが、“過去板消し”で一見落着。