城郭伽藍とはお城のように堀を巡らせた寺院です。本証寺は戦国時代に三河一向一揆の拠点となり徳川家康と戦いました。本証寺と勝曼寺(岡崎市)、上宮寺(岡崎市)は三河三か寺と呼ばれ一揆の中心となり、その中でも本証寺は一番の中心でした。今も写真のように堀と石垣、お城の櫓のような建物があります。櫓は太鼓楼と呼ばれ太鼓を鳴らす堂です。浄土真宗の寺院ではこのような太鼓楼をもつ寺が多いですが、本証寺のように堀もある寺院は珍しいです。