プログラミングGASを書くときの自分ルールの紹介をします。GASの基本的な使い方の解説もしました。データベース)を更新しました。その機能をさらにupさせるコーディングがあります。Script(GAS)」中身はほぼJavaScript。便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。~大文字小文字を区別させない~2018-06-15less画面をすっきり見やすくシステムバイオインフォマティクス業界に飛び込んでもうすぐ3カ月のmiyatakeyです。最近大いに思うことがあります。VCF等をlessで見る時、画面端で行が折り返されて見にくい。見やすくできないかと思い調べてみました。lessのオプションで解決です...less画面をすっきり見やすく2016-01-07稼働中のタスクをtopコマンドで!システムサーバで動いているタスクを「top」コマンドで確認してみましょう。コマンドはとてもシンプルです。システムのCPU使用率順に、稼働中のプロセスが表示されます。図ではpsiblastとvimが一番プロセスを使用していますね。プロセスを稼働しているユーザ...稼働中のタスクをtopコマンドで!2015-11-20Google日本語入力なら矢印の入力が簡単システムこんにちは、久保(@kubor_)です。スマートフォンのバイブモーターが経年劣化のためか、軸ブレしており、ギュイーンギュイーン鳴ってしまうんですが、買い替えどきでしょうか。repositor...cpコマンドの進捗状況をチェックする2015-10-19ヘビーな夏システム弊社が一部講義を担当した平成27年度NGSハンズオン講習会のアンケート結果を、事務局のかたから送っていただきました。私が担当したSh、Perl、Pythonに関しては、「易しいと思っていたらいきなり最終課題が難しくなった」というご意見が多かったです。実は...ヘビーな夏2015-09-30どの括弧が閉じているのかよく分かるVimの設定システム京都支店に居た頃、鴨川でサンドウィッチを食べているところをトンビに襲われ、出血したことがある久保(kubor)です。括弧が重なって困るなら、対応する括弧をハイライトしましょう。Python前回に引き続き改行コードの処理の話です。今回はPerl・Pythonのなかでどう扱うか、コード例を挙げて説明します。行末の「¥n」はchompで取り除くことができます。それ以外は正規表現を使うと簡単と思います。Python弊社のトレーニングやNGSハンズオン講習会などでPerlやPythonに触れた方は「『¥n』で行の末尾を示す」と聞いたことがあると思います。Xで使われる改行コードです。Pythongzip圧縮されたファイルをPythonで読み込むときには、少し注意が必要です。例として、手元に偶然あった魔法の言葉が書かれたタブ区切りテキストファイルを使用してみます。li...Pythonでgzipされたテキストファイルをcsvモジュールで読み込む2015-09-09シェル芸システムhatです。USP友の会さんのシェル芸勉強会に参加してきました。シェル芸は、USP友の会会長上田さんのブログで次のように定義されています。dieよりもautodieがナウいシステムこんにちは、朝ごはんはパン派の久保(kubor)です。文字列処理が得意なPerlの使いドコロといえば、FASTQファイルを処理したり、TSVファイルを処理したり、とにかくファイル操作が多いです。dieよりもautodieがナウい2015-05-12全部ぶちまける前にシステム五月になり、GWも終わって、世間の新歓ムードも落ち着いてきました。自分が学生や新社会人だった頃を思い返すと、この時期はお酒を飲んでいろいろなもの(暴言や未消化の食物)を口から出していた思い出ばかりです。そのような記憶を胆汁の味とともに苦々...全部ぶちまける前に2015-05-11書き込み権限の無いファイルをsudoで上書き保存するシステムこんにちは、根は真面目な、久保(kubor)です。20条」などを湯飲みやペナントに書いたものが売られているのを目にすることがあります。箇条書きなので一見説得力がありますが、良く読むとそれほど実のあることを言っていなかったりして、その...Pythonの19のおきて2014-12-09CentOSの2TBの壁システムこんにちは。これは、サーバ構築時やfdiskコマンドによるパーティション作成の際に、2TB以上のパーティションの作成ができないという問題を示した言葉です。...CentOSの2TBの壁2014-09-12ログの残し方システムソフトウェアによっては、実行時に非常に詳細なログをずらーっと出力してくれます。解析がうまくいかないときなど、解析時の実行内容を確認するため、このログを後から見返すと役に立つことも度々あります。ログを流しっぱなしにしては、後...ログの残し方2014-06-23grepのこんなオプションシステムgrepでは検索にヒットした行の前後の行を併せて表示することができます。いうコマンドを知りました。指定した文字列をひたすら出力し続けるコマンドです。Python先日、数年ぶりに同い年の従兄弟に会いました。彼は正規表現の研究をしています。具体的にどんな研究をしているのか想像できないのですが、日頃からお世話になっている技術なので、お礼を言っておきました。いうことで、正規表現を使って、数値を3ケタの...数値をカンマで3ケタ区切りにする2014-04-01ファイルの大きさを知りたいシステムあるディレクトリに含まれているファイルのサイズを知りたい場合に、「du」というコマンドを使います。このコマンドを実行するとカレントディレクトリ以下の全ディレクトリのファイルのサイズを再帰的に、つまり一番深い階層のディレクトリまで全部表...ファイルの大きさを知りたい2014-03-27維持してコピーシステムLinux上でファイルをコピーする際に、「cp」というコマンドを使用します。一つ上の階層のディレクトリにコピーしていますね。ディレクトリをコピーする際は、以下のオプションを付けます。hoge...維持してコピー2014-03-26ディレクトリ内のファイル数を知りたいシステムディレクトリ内のファイル数をカウントしたいことがありますが、大量のファイルが存在する場合、一つ一つ数えるのはとても面倒です。そんなときは以下のコマンドを試してください。カレントディレクトリ以下に存在するファイ...ディレクトリ内のファイル数を知りたい2014-03-18どこにあるの?システムLinux上でファイルを検索する場合は以下のコマンドを使用します。ファイル名の一部しかわかっていない時は、以下のようにワイルドカードを使用できます。...どこにあるの?2014-03-14ファイルの更新日時を詳細に確認するシステムLinux上でファイルの一覧を取得する際のコマンドである、「ls」にはいろんなオプションがあります。以下のオプションでは、日付や権限も分かるリスト形式でファイルの一覧を取得できます。-l」では更新時間の最小単...ファイルの更新日時を詳細に確認する2014-03-12再帰的システムrecursive:再帰的なという英語があります。再帰というのは説明が難しいのですが、wikipediaによると「あるものについて記述する際に、記述しているものそれ自身への参照が、その記述中にあらわれることをいう」のだそうです。