「合葬」として預かった遺骨を大量の他人の遺骨と混ぜたうえ、使用済みの米袋に無造作に詰め込み放置されていました。遺骨を詰めた米袋のうち150~200袋を、大石寺境内の空き地に掘った穴にゴミ同然に投棄していた事実も発覚しました。した、あまりにもずさんな遺骨管理の実態について東京高等裁判所は、「法要等の慰霊の措置は何らとられていないし、遺骨が埋葬された場所にふさわしい施設も全く設置されていない。要するに、遺骨を境内の一画に投棄したと評価されてもやむをえないものである」と厳しく断罪。遺族に対する慰謝料の支払いを命令しました。この判決に対して宗門は最高裁判所に上告しましたが、平成15年12月19日、最高裁はこれを棄却し、大石寺の全面敗訴が確定しました。