同様に、はもしくはに2分されるとする。このようなときはに4分される。包除の原理はであると言っている。大多数のSNPは2アレルであるので、カテゴリ数2のカテゴリカルデータとしてとらえることができる。集団でのアレル頻度がpと1-pとであるようなSNP(A,a)で、アレル(A,a)を観測するという事象の確率はである。このWikipediaの記事には、対象が、「事象の集合のとき」、「確率変数のとき」、「完全加法族のとき」、が記載されていて、それぞれについての独立の条件が記載されている。associationとは、あるサンプル集合について、2箇所の多型のアレルの間に相関があることを言う。一般集団においては、連鎖不平衡による相関もあり、これはDNA上の物理的距離との関係が強い。研究テーマに近い話しで少しだけ文献メモ。testingをすることを考える。大きく2つのマーカー間非独立性がある(連鎖不平衡解析の場合)。ひとつは集団の構造化。眼でみると、掲載図(オリジナルはこちら)。公開アプリケーション有限本数の染色体を観測した場合、母集団でのSNPのアレル頻度によらず、ある確率でLD指標のD'、r^2が1となるような観測データが得られる。公開アプリケーションベータ版扱いです。5000回分のところ)。公開アプリケーションベータ版扱いです。トリオのデータは、親子関係を利用して伝達ハプロタイプ・非伝達ハプロタイプを特定し、ハプロタイプ推定の精度を上げることができる。公開アプリケーションベータ版。HapMap公開データ検証用(予定)。既存プログラムとの結果の検証がまだ済んでいない版になるので、使用には注意。検証が終了したら、ホームページへ以降予定。ペアワイズLDの算出はLDブロックの基本である。論文等でもっともよく用いられるLD指標はr^2,D'である。Haploviewにては、それらに加えて、LODが用いられている。HaploviewHaploviewはHapmapプロジェクトデータからのデータダウンロードに対応したSNPデータの連鎖不平衡解析ツールである。そのウェブサイトはこちら。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。