《GGO》には存在しない《SAO》のスキル《スター・スプラッシュ》を模した死銃の剣技を受け、キリトは追い詰められる。銃撃のみならず、剣撃の腕前も高いレベルにあった死銃にキリトは追い詰められ、次第に体力を奪われてしまう。死銃との狙撃戦でスコープを破壊され狙撃が出来なくなってしまったシノンは、キリトと死銃の戦いを見守るしかなかった。シノンは歯がみしながらも、今自分に出来ることがないか必死に考える。だまし討ちのような方法で、グリペンとイーグルを模擬戦で圧倒したファントム。憤る慧に対しファントムは、勝つためにはあらゆる手段を取るのが当然と言う。個性が強く、折り合わないアニマたちに不安を覚える慧。そんな矢先、ザイが前線基地を造っているという緊急連絡が飛び込み、独飛として初めての作戦が立案される。ファントムの身勝手さに噛みつくイーグル。意見や思想が食い違い、バラバラの独飛。一計を案じた慧は、敗者は勝者の言うことを何でも聞くという条件で、再び模擬戦をしようと提案する。ファントムは、自分が勝ったら慧とグリペンのパートナーを解消してもらうとほのめかす。それでも慧は、不敵に笑って再戦を申し入れる。在日コメリカエスパーチームのケンとメアリー、そしてグリシャムが本国で犯罪エスパーと交戦。年端もいかない少年に見えるエスパーだが、その能力はなんとグリシャムを上回っていた・・・。ケンたちの調べによると、彼は『ブラック・ファントム』という謎のエスパー犯罪組織の一員であるらしい。彼の次なる標的は、なんと日本!?訪日中のサルモネラ大統領の暗殺に動き出す可能性があるのだという。大統領警護のため、歓迎パーティの会場を訪れたチルドレンと皆本。イーグルとの模擬戦に、グリペンは連戦連敗。得意げなイーグルと反発するグリペン。不仲に慧が頭を悩ませる中、新たなアニマ、ファントムが三沢基地から呼び寄せられた。飛」の設立を宣言する。上海への侵攻作戦を間近に控える独飛の面々。ファントムは、作戦の裏に潜む政治的な思惑を危惧していた。無事に戻って来られる保証はどこにもないことを知った慧は、きちんと明華に向き直り、話をしようと決意する。始まる作戦を前に、空母ジェラルド・R・フォードでライノたちから歓待を受ける慧だったが......。エスパー犯罪組織『ブラック・ファントム』のアジトでは、チルドレンに興味を抱いた首領が、配下のエスパーを日本へ差し向けようとしていた。その頃日本では、薫が皆本とともに、バベルの研究施設へ出かけようとしていた。“トリプル・ブースト”の力が薫にもたらす影響を調べるためだ。その結果解ったのは・・・!?そして残された葵、紫穂にも海底トンネルで起こった火災事故の解決というミッションが。人類の航空戦力を凌駕する正体不明の飛翔体『ザイ』。上海脱出船団に乗り合わせた鳴谷慧はザイによる襲撃を受けるが、赤く輝く謎の機体に命を救われる。見覚えのある赤い機体を目にする。それが運ばれた先は......航空自衛隊の小松基地だった。慧たちの奇策により、作戦は一応の成功を収めた。小松に戻り、日常を過ごす慧は、ある日、明華とケンカになる。仲直りできないまま、任務でやってきた那覇基地で明華の姿を見つけて仰天する慧。口を利こうとしない明華に一方的に話し続けていると、ようやく慧に向き合った明華から、決定的な言葉が......。自分を救ってくれた機体、「グリペン」と邂逅した慧。『ドーター』と呼ばれるその機体には、人工生命体『アニマ』が乗っており、それこそが慧の出会った少女・グリペンだと技官の八代通は言う。八代通から言われるままに、アニマのグリペンとの時間を過ごす慧。小松の街をめぐりながら、慧はグリペンとの交流を深めていく。理由は未解明のままながら、慧といることで安定を得るグリペン。二人はテストフライトに向け、シミュレータ訓練やトレーニングを続ける。テストフライトをクリアし、前線で戦うことが可能になれば、ザイを駆逐し切るのも遠い未来ではない。ある日、思いがけないところから慧は、ドーターとアニマの真実を知るのだった。