PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。Gene"2007-10-27PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。ruby研究室でちょっとしたプログラムを使う必要が出た。PDBファイルの特定の残基名を書き換えた後、AMBERパッケージを使って適切な構造に直して、分子動力学計算(MD計算)を行う。このPDBファイルの書き換えを自動でやってくれるプログラム(PDBも所詮はテキストファイルなので)。BioRubyを使ってもいいんだが(というかその方が楽)、こんな時でもないとプログラム書かないから練習がてらに。何より、久しぶりにRubyってみたかった。...というわけで台風の土曜、家にこもって書き上げた変異体作成プログラム(不健康なので明日は出かけよう)。100行足らずの短いプログラムだが、結構満足。次は変異入れたペプチドを組み合わせてダイマー化し、((20×20-20)/2)通りのヘテロ体を作る必要があるので、それも作ろうかな。えたいアミノ酸」を指定する。mutationmutationは大文字三字のアミノ酸略称を想定。GLY一応変異と言っても非侵襲的で、元のPDBを残しながら新たなPDBファイルを作る。変異体ファイルは、上の例で言うと2zta.pdb_30toGという表記になる。自分の研究(数十残基のペプチドしか扱わない)用に作ったので、広く使うといろいろ問題も出そうだな。02:57PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。連載はてなブログをはじめよう!Hashさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。