本社を現住所(福岡県大野城市)に移転。大型店舗「サザンウィンド」の展開を開始。商品在庫明細と異なる在庫金額を計上した会計書類を会計監査人に提出していたことが分かり、イオンとツルハが当社との業務・資本提携を解消し、「イオン・ウエルシア・ストアーズ」から脱会。ユニゾン・キャピタルが当社に資本参加し経営改革。マツモトキヨシと業務提携を結ぶ。株式会社ドラッグイレブンホールディングスを設立し、持株会社制に移行。ユニゾン・キャピタルが持株会社の株式をポラリス・プリンシパル・ファイナンスへ譲渡。JR九州がポラリス・プリンシパル・ファイナンスより持株会社の株式を取得し、同社の傘下に入る。マツモトキヨシ(契約上の地位の一部は2008年1月の会社分割により、親会社のマツモトキヨシホールディングスに継承)との業務提携を解消。セガミメディクスの卸業務を経由した商品仕入れを開始。PET/CT検査紹介業務を開始。独自ポイントカードシステム「パピーカード」の発行を終了。ドラッグストア業界で初のTポイント導入開始。ポイント利用を含めたパピーカードの全サービスを終了。社名を現在の「JR九州ドラッグイレブン株式会社」に変更。ドラッグイレブン全店舗(調剤薬局の一部店舗を除く)にてSUGOCA電子マネーに対応[7]。12店舗に併設して運営していたエステティックサロン「ディナクリストクラブ」を全部閉店[8]。4番出口付近に首都圏第1号となる京橋店がオープン。ドラッグストア業界としては初の加入である。23時から翌日9時まではファミリーマートコーナーのみの営業。2012年3月5日閲覧。2015年2月9日閲覧。2017年3月8日閲覧。