抗生物質の投与によって小腸や大腸などに常時存在していた正常細菌の数が少なくなり、細菌のバランスが崩れてしまった状態のことです。体内には多くの菌が住み着いており、それぞれの菌はお互いに抑制しあっています。お互いに監視しているのです。抗生物質を投与すると悪い菌だけでなく、体内にいる良い菌まで殺してしまうことになります。このとき正常細菌の数が減り、その代わりとして悪い菌が増えることがあります。これによって起こる感染症が菌交代症です。