"saccharolipids"」のキーワードでピックアップしてまとめた糖脂質のリストです。Classificationから検索したい糖脂質のカテゴリを選択します。カテゴリは階層になっており、最下層のカテゴリを選択すると糖脂質のリストが表示されます。Mass、Formulaが表示されます。IDをクリックするとLIPIDMAPSのページに飛びます。IDを表示しています。Sequonの情報を表示しています。タンパク質のドメインやアミノ酸修飾など、配列の注釈の情報を視覚的に確認することができます。Bank(PDB)4の画像から立体構造について確認することができます。LiteMolでは糖鎖構造がSNFG形式で表示されています。糖タンパク質が反応に関与しているPathwayの一覧が表示されます。ここで表示させているPathwayはReactome6から抽出されています。Pathwaysのページに移動してPathwayの詳細情報を確認することができます。MCAW-DBのアラインメント結果が表示されています。Sapiensの場合、臓器別の細胞局在を確認することできます。HumanProteinAtlas7で発現量がHighとなっている臓器の一覧を表示させており、HumanProteinAtlasへのリンクがついています。Database最近ではプロテオーム解析が進みデータが蓄積されたため、修飾を含めたプロテインデータベースが多数報告されています。糖鎖結合部位や糖鎖の構造を含めたデータベースは限られています。様に同定されたN型糖鎖を含むペプチドのデータベースや、糖鎖修飾部位の情報を含むUniProtKBや糖鎖の組成を含むGlyConnectなどから情報を得ることが可能です。データベース(JCGGDB)の一つとして公開されました。現在では、表示方法などインターフェースや記載内容などを変更した最新版をACGG内で公開していますので、その特徴について紹介いたします。興味のある糖タンパク質を入力することでデータを検索することも可能です。GlycoProtDBの検索ページ1線虫、ヒト、マウスの組織や細胞を選択して検索できます。2糖タンパク質名を入力して検索できます。GlycoProtDBの主要な特徴として、組織やレクチン結合性による違いを見ることができます。糖タンパク質の詳細ページ(上)糖タンパク質の糖鎖付加部位は、1サンプルの由来する組織や2回収に用いられたレクチン毎に表示されています。青いピンはIGOT法で同定された部位、赤いピン(丸で囲まれた例)はGlycoRidge法で同定された部位であることを示しています。同じレクチンで認識される糖鎖構造を持つ部位をサンプル間で比較すると、組織によって差があることが分かります。7)で表示されています。ビューワー上では同定された糖鎖の上にマウスオーバーすることで候補の糖鎖構造を表示します。GlycoProtDBではN型糖鎖の付加部位の実際を知るだけでなく、糖鎖構造の違いをも含めて組織、細胞や血清による差を容易に見ることができるデータベースです。GlycoRidge法で同定された糖鎖構造のビューワーページ糖タンパク質の同じ部位に存在する複数の糖鎖構造(組成)をGlycoRidge法によって同定し、表示しています。チャートの上にカーソルを移動すると組成から推測される糖鎖構造を見ることができます。-TCarpGlycoNAVIは糖鎖科学研究をサポートするためのウェブサイトです。Bank(PDB)11に含まれるデータを解析し糖鎖関連データを整理した二次データベース(TCarp)について紹介します。立体構造が収録されています。10にアクセスすることができます。糖鎖構造は一覧表を順次閲覧するか、糖鎖構造リポジトリGlyTouCan12のアクセッション番号か糖鎖構造表記法であるWURCS13を入力することで検索することができます。GlyTouCanのアクセッション番号をクリックするとGlyTouCanのエントリーページが表示されます。WURCS、糖鎖構造のSNFG形式のリスト左上のプルダウンで1ページの表示数の変更、右上のSearchで検索ができます。このリストでは立体構造、GlyTouCanのアクセッション番号、糖鎖構造のSNFG形式(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/glycans/snfg.html)14が表示されます。先ほどと同様に左上のプルダウンで1ページの表示数の変更、右上のSearchで検索ができます。このリストにあるIDをクリックすると詳細ページが表示されます。12にアクセスすることができます。このリストには含まれる糖鎖の数、PDBのタイトルなどが表示されます。先ほどと同様に左上のプルダウンで1ページの表示数の変更、右上のSearchで検索ができます。このリストにあるIDをクリックすると詳細ページが表示されます。詳細ページのリストPDBのタイトル、説明、PDBのID、立体構造が表示されます。15)を得ることができます。16では、データ解析した際の糖鎖に関する検証結果を表示しています。この検証結果が表示されていると糖鎖の立体構造に注意すべき個所があることになります。GlycoPOSTGlycoPOSTは、糖タンパク質の質量分析データを投稿するためのリポジトリデータベースです。ユーザーは、自身の実験データを登録することも、他のユーザーが登録したデータを閲覧・ダウンロードすることもできます。多くの場合、論文発表に際して関連する実験データを公開する目的で利用されます。リポジトリに投稿されるデータは、実験条件などのメタデータとファイルです。Project16の提唱する糖鎖関連実験を報告する際のガイドラインに準拠しているため、国際的に有用とされる基準を満たしていることになります。ガイドラインに準拠する他のデータベース・リポジトリサイトとの互換性もあり、Excelファイルを介してインポートおよびエクスポートが可能です。投稿されるファイルは、質量分析計から出力された生データやピークリスト、同定結果などです。この機能により、データ投稿のすべてのプロセスをウェブブラウザだけで実施できるようになっています。具体的な投稿手順や用語についてはhttps://glycopost.glycosmos.org/helpに解説しています。