ほんとうじ】と言い地域の方々からは「桑名のご坊さん」と呼ばれ親しまれています。交通の要衝として栄えてきました。そのような地に、今から約400年前、慶長元(1596)年、本願寺第12代教如【きょうにょ】上人によって、宗祖親鸞聖人の教えを共に聴聞していく、三重の門徒衆の大切な儀式・聞法の中心道場として開創されたのが当別院の始まりです。三国の水陸の交通の要所であった桑名の地は、長島一向一揆をはじめとする真宗の一大法難の時期に直面していた。本願寺第11代顕如【けんにょ】上人は、この桑名(当時の名称は三崎【みさき】)に「今寺【いまでら】」と俗称された一宇【いちう】の坊舎を草創し、本山との連絡、諸種の法務、非常時の際の協議集合の便を図った。争乱終結後の慶長元(1596)年、第12代教如上人によって、この「今寺」を本願寺の禄所【ろくしょ】として取り立てられたのが桑名別院の草創です。当別院の開基は教如上人の娘の長姫【おさひめ】であり、女性開基の別院は全国でも珍しい。当時は9歳であったため、小松(石川県)勧帰寺【かんきじ】の玄誓【げんせい】が寺務を執りました。その後は、当院第2代寿量院宣慧【じゅりょういんせんね】、同じく第3代慧浄院琢慧【えじょういんたくえ】へと引き継がれ、慶安2(1649)年5月4日、「本統寺」と改称され、長きに渡り三重の門徒衆にとって大切な聞法の中心道場、また、儀式の場となっていきました。その後、延宝年間(1673~1681)に堂宇【どうう】は失火により悉【ことごと】く焼失してしまったが、山田彦左衛門の一寄進により、雄大な八棟造りの本堂をはじめ、対面所、書院等が復興されました。昭和20(1945)年7月の二度にわたる桑名大空襲により、桑名の町の7割が焼失し、桑名別院も本堂および諸殿は灰燼【かいじん】に帰しました。(現在の境内地で唯一戦火を免れたのは親鸞聖人の銅像であり、その聖人が被られている笠を下から見上げると焼夷弾【しょういだん】が貫通してできた小さな穴を見ることができる。)しかし、門末の弘法への願いは篤く、本堂は京都府下の時宗の寺院から、山門および鐘楼堂【しょうろうどう】は大阪の八尾【やお】別院から、庫裏【くり】は海津【かいづ】市の豪農菱田氏より譲り受け、昭和25(1950)年にはいち早く復興されました。屋根の修復が無事に完成しました。まつだいらさだしげ】との交流も深く、その縁で俳人松尾芭蕉とも親交があった。芭蕉は当院に宿泊した際に下記の句を詠まれたと伝えられています。ほととぎす(訳)千鳥を聞きながら、雪中に牡丹とは、なかなか見られない光景であるよ。今の今まで、牡丹とくればほととぎす、と思っていたのに桑名別院は昭和20(1945)年の2度にわたるアメリカ軍による桑名大空襲により、別院の本堂及び諸施設は灰燼に帰し、(親鸞聖人銅像と灯篭を除く)別院の法宝物・別院の歴史的資料等もまた、その多くが焼失してしまいました。聚星閣(桑名城の遺構を移築したものと言われています。伊勢・尾張・美濃の衆徒、桑名三崎に総会所を作り「今寺」と呼ばれる。敵対の意を表明し各地の門末に激文を送る。それに呼応して長島一揆勢が蜂起。9月、織田信長第2次長島侵攻。1を伊勢・尾張・美濃の3国の禄所として取り立てる。事務職として桑名に派遣する。長姫は9歳であったため、小松(石川県)歓帰寺の玄誓が寺務を執る。