重金属等汚染は、人為由来の重金属等汚染と異なり、1土壌・岩石中の重金属等の分布にばらつきが大きい、2含有量と溶出量の関係には明確な相関がない、3含有量が基準以下でも溶出量基準を超過する等の傾向があります。岩石は、風化に伴って重金属等の形態変化や酸性水の発生等が起きる可能性もあります。自然由来の重金属等に対する法律は、平成22年に改正された土壌汚染対策法が該当しますが、ここで分析の対象となる土壌は、自然状態で2mm目のふるいを通過するものと規定されており、岩石は適用外です。掘削岩の人為的な流用後、時間経過により土壌となった場合は、法の対象となります。開発行為がなく、人への健康影響に問題がない場合は、自然由来の重金属等が存在していても、重金属等の汚染に対して調査・対策等を行わない場合があります。重金属等の環境基準を超過する土壌を建設工事等により搬出する場合は、自然由来の汚染土壌として適切に管理する必要があります。課題としては、1岩石から溶出する重金属等の評価方法がない、2環境基準で評価することが多く、周辺環境への付加量を評価していないなどがあげられます。重金属等の種類は、カドミウム、六価クロム、水銀、セレン、鉛、砒素、ふっ素又はほう素です。人為的原因による汚染と区別されますが、自然由来の汚染であっても、直接摂取や地下水の飲用等、周辺で「人への健康被害を生じるおそれがある」場合は、対策が必要となります。