グラム陰性細菌の小型の門で、幾つかの水生従属栄養細菌を含む。この門には2綱2門2科12属17種が属している。系統的にはウェルコミクロビウムやクラミジア(他にレンティスパエラ)に比較的近縁だが、他の細菌群とは離れている。分類体系によっては、この3系統を合わせPVC群(あるいはプランクトバクテリア)を設置する場合がある[1]。タイプ属のPlanctomycesは、ギリシャ語のπλαγκτ??(プランクトス/漂う)+μ?κε?(ミュケス/菌)をラテン語化したもので、「(水中で)浮遊する菌」との意を持つ。原核生物の中では最も複雑な構造と生活環を持つグループの1つである。形状は大まかに卵形であるが、柄を持つなど変わったところがあり、出芽によって増殖する点でも特異である。細胞壁は通常の細菌と異なりペプチドグリカンを含まないと考えられてきたが、最近になってプランクトミケス門細菌の細胞壁にもペプチドグリカンが存在することが確認された[2]。細胞内に核膜のような構造を形成することでも知られる。原核生物においてこの構造は、プランクトミケスを含むPVC系統と、古細菌であるIgnicoccusにしか発見されていない。obscuriglobusなどでは特に顕著で、細胞壁<細胞膜<paryphoplasm<内細胞膜<リボプラズマ<核様態と高度に分画されている上、エンドサイトーシスに似たタンパク質の取り込み機構が報告されている[3]。これまでに知られている種は殆どが好気性の従属栄養生物であるが、嫌気的アンモニア酸化反応(Anammox)を行う系統も存在する。この細菌類は亜硝酸を電子受容体としてアンモニアを窒素に酸化する特異な代謝系を備えている。Jetteniaの5属約20種が提案されている[4]。Anammox細菌は出芽ではなく分裂により増殖する点、細胞質内にエネルギー代謝を行う細胞内小器官アナモキソソームを有する点でも他のプランクトミケス門細菌と異なっている[5]。rRNA配列が見つかっている。