明治初年の神仏分離令により五所権現社を「五所神社」に改めた。本殿の構造は、雨屋とよばれる覆堂に納まっており、桁行5間・梁間2間の正面千鳥破風の栩葺入母屋造である。正面前方に唐破風の向拝を設け、身舎との間に海老虹梁を架け、身舎には牡丹の篭彫りの持送をつけ手挟には牡丹の装飾が施されている。内部は入口側と神の鎮座する奥側の前後中央で区切り入口側を外陣、奥側を内陣としている。内陣は床を一段高くし、各部に華麗な彫刻が施されている。建立年代は明らかではないが、昭和62年(1987)及び平成5年(1993)の保存修理の際に発見された、宝永8年(1711)および改元した正徳元年(1711)の墨書銘と様式手法から、江戸時代中期と推定されている。この本殿は、意匠をこらした華麗な彫刻を施してあり、江戸時代の九十九里海岸地方の経済的繁栄を示すものとしても貴重な文化財である。