紅花も区別せずにゲンノショウコとよばれている。根以外の部分が下痢止めや腹痛の民間薬として利用され、飲むとたちどころに効くということからこの名がついた。乾燥した茎や葉を煎じて飲むのが一般的で、現在でも実際に製薬原料として使われている由緒正しい薬草。下痢にも便秘にも効くという一見相反した薬効をもつが、副作用もなく安全な薬草なのだという。実がはじけるとその裂片が種子を1個ずつ巻き上げ、その形が御神輿の屋根に似ているので別名ミコシグサという。東日本では白い花のシロバナゲンノショウコが、西日本では紅紫色のベニバナゲンノショウコが多い。茎は高さ30-50cmになり、よく分枝して基部は倒伏し、葉柄とともに開出するかまたは下向きの屈毛が多く、上部では腺毛が混じる。葉は対生し、幅1-8cm、下部の葉は5中~深裂、上部の葉は3深裂し、裂片は長楕円形~卵形で2-6個の大きな鋸歯がある。托葉は膜質で離生し、長さ3-5mmの3角形。冬にも少数の葉が越冬し越冬葉や春の若葉は赤い斑紋がある。枝先や葉腋から花柄を出し、白色の花を2個ずつつける。花は直径1.2-1.5cm、花柄や小花柄、萼には開出する粗い毛と腺毛が密生する。花弁と萼片は5個で花弁は萼片より少し長く、萼片の先は芒状。雄しべは10個、長さ約5mm。雌しべは1個で花柱は5分岐する。果実は直立した蒴果で花柱分岐を含めて長さ約2cmで短毛と腺毛を密生する。花柱分岐は長さ約2mm。成熟すると嘴の上端を中軸につけたまま果体から外反して巻き上がって5裂して卵形で黒色の種子を散布する。胚珠は各室に2個あるが、種子は1個しかできない。山地に生えるミツバフウロはきわめてよく似ているが、ゲンノショウコが茎や花柄に開出毛と腺毛があること、ミツバフウロは屈毛と伏毛があることで区別できる。岩手県八幡平市やや紫色を帯びたもの。開花直後は雄性期で雌しべは成熟していない。横浜市中区ふつう2個ずつ花がつく。