9キリコたちはバララント軍の襲撃に備えるも、力及ばず捕えられてしまう。11物語の始まりを辿る総集編。小惑星リドでの秘密作戦に参加したキリコは、そこで謎の女性を目撃し、そのことから情報部より、激しい尋問を加えられる。7立ちふさがるフィアナのATをも撃破して、ワイズマンのもとへたどりついたキリコ。7ギルガメスとバララントの大軍がクエントに押し寄せた。わずかな手勢のみながら、キリコは連合軍の包囲網を突破する。7かろうじて脱出したフィアナとゴウトたちは惑星クエントに不時着。そこで神の子の到来を待つシャッコに出会う。7謎の存在・ワイズマンに操られ、秘密結社の戦闘母艦は巨大な人工天体に到着する。キリイに連れられて中枢部へと進むキリコ。5ギルガメス艦隊とバララント艦隊の戦闘は、圧倒的戦力差の前にバララント軍の敗戦が濃厚となっていた。7クエントの衛星軌道上でにらみ合うバララントとギルガメスの艦隊。7謎の光に包まれ、秘密結社のAT部隊は消滅。その原因がATの動力にあると看破したキリコはATの動力を切ることで難を逃れる。6シャッコの故郷である村へたどり着いたキリコであったが、シャッコに睡眠薬を飲まされ、妖しげな儀式を施される。5クエントの衛星軌道上で待機する秘密結社の戦艦。アロンとグランは強攻策で、慎重なキリイを出し抜こうと考えていた。8物語の核心に迫る最終章の始まり。ロッチナの言葉に従い、惑星クエントを訪れたキリコは砂漠をさまよいながらクエント唯一の都市ゴモルにたどり着く。内乱の混戦が続くクメンから、シャトルで脱出したキリコとフィアナ。何者かによって無人で突き進む戦艦Xへと取り込まれてしまう。9キリコとイプシロンの2人の再戦は、第三者に止めることは出来なかった。約束の場所スグレ・クレーターに到着したキリコを、イプシロンが襲う。10イプシロンとの対決の最中、弾薬庫の爆発によって二人は瓦礫の下に閉じこめられてしまった。6ヂヂリウム欠乏のために体調がすぐれないフィアナを背負い、補給基地跡を目指すキリコ。7イプシロンとキリコの対決と時を同じくして、サンサ衛星軌道ではバララント軍がテルタインへの攻撃を開始する。8戦艦Xを脱出したキリコたちを包囲した謎の一団は、この星の兵器の残骸を集めて売り飛ばすゾフィーが率いる再生武器商人であった。10イプシロンとの対決を、フィアナの協力で乗り切るキリコ。テルタインの部隊は、イプシロンを回収するために一時撤退する。9フィアナは自分が投降することでキリコを見逃すようバララントと交渉を持ちかける。10AT戦では、バララント軍に対して圧倒的優位にありながら、倒れた敵に己の姿を見たキリコは被弾してしまう。7キリコはバララントの警備艦二隻と20機のATを単独で撃破。その戦闘力をPSと判断したバララント首脳部は、追撃を命じる。11シャトルでクメンを脱出したキリコとフィアナは、謎の戦艦Xの中に居た。自動航行を続ける無人の艦内は、すべての機能がロックされている。9キリコとイプシロンの対決が始まった。ATでの戦闘に続き、生身での対決を挑もうとするイプシロン。13ゴン・ヌーたちの総攻撃が開始され、奥クメンは激戦に包まれる。本宮殿を捨てて離宮に逃亡したカンジェルマンを追うポタリア。11シャッコによって救出されたカン・ユーから現状を報告されたゴン・ヌーは、宮殿を突破した混乱に乗じてのPSの奪取を企てる。11フィアナとともに、キリコはカンジェルマンの宮殿をめざして進んでいた。11墜落したヘリから逃亡したフィアナを追い、イプシロンも行方不明となった。ラーゲリラからフィアナを守るイプシロン。12ゴン・ヌーからの新たな指令により、特殊部隊はヘリによって移動することに。10ムナメラ河を遡行する特殊部隊の真の目的を知るキリコは、到着後の部隊の指揮を任されていた。