それが伝説や御伽話の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。成績が優秀な『一科生』と、その一科生の補欠『ニ科生』で構成され、彼らはそれぞれ『花冠』(ブルーム)、『雑草』(ウィード)と呼ばれていた。そんな魔法学校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。兄は、ある欠陥を抱える劣等生(ウィード)。妹は、全てが完全無欠な優等生(ブルーム)。どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。二人がエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。『甘々と稲妻』ひとり娘と二人で暮らす高校教師が、ふとしたきっかけから教え子の女子高生と三人でごはんを作って食べることに。宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド4のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと......。ビル、バイクに電車などなど何でもありの世界で、変わらない“魂”を持った最後のサムライがいた。