bowtieバイオインフォ道場、くまぞうです。summary)をファイル保存する方法について考えます。Linuxのコマンド結果は、通常、ファイルへのリダイレクト(>)が簡単に行えます。bowtie2のマッピング結果は、通常のリダイレクト(>)では保存できません。画面への出力に違いはありませんが、標準エラー出力として出力されているため、通常のリダイレクトを使ってもファイルには何も保存されません。この場合、標準エラーをリダイレクトする必要があります。標準エラー出力をファイルにリダイレクトするのに難しい操作は必要ありません。この機会に、標準出力と標準エラー出力のリダイレクトの仕方を習得しましょう。ペアエンドbowtie2でペアエンドのデータをマッピングする場合には、以下のようにコマンドを実行します。インストールフォルダに、example/としてデータなどが入っているので、動作確認などで使うことができます。summary)が出力されます。これは標準エラー出力として表示されます。align_summary.log)してみます。ファイルは生成されますが、中身は何も保存されていません。実際、ファイルサイズは0で空のファイルが生成されるだけです。画面にはアライメント情報が表示されます。なにも保存されていない。align_summary.log)します。ここで使う数字の「2」は、ファイル・ディスクリプターと呼ばれる番号です。標準出力は1・標準エラー出力は2です。リダイレクトをこれらの番号で切り替えることができます(後述)。rate標準出力と標準エラー出力プログラムが情報を画面に出力する場合、通常の情報は標準出力へ・エラーが発生した場合のメッセージは標準エラー出力へ、と表示先を切り替えることがあります。簡単な例で確認してみます。標準出力のリダイレクト通常、コマンド結果は標準出力として出力されるので、リダイレクト(>)を指定するだけで、結果をファイルへ保存することができます。リダイレクトでファイル・ディスクリプターを指定しない場合(デフォルト)は、書き込みは標準出力となります。指定する機会はありませんが、標準出力を明示的に指定する場合は1を指定します。hello_1.txthello!標準エラー出力のリダイレクトコマンドのエラーメッセージは標準エラー出力として出力されます。リダイレクト(>)の際、ファイル・ディスクリプターで2を指定すると、エラーメッセージをファイルへ保存することができます。hello!は標準出力。私が転職を簡単に、且つ、有利に進めれた理由あなたの英会話レッスンを応援します。当ブログで掲載している画像の著作権・肖像権等は各権利所有者に帰属致します。権利を侵害する目的ではございません。直接メールでご連絡下さい。確認後、対応させて頂きます。当ブログのコンテンツ・情報につきまして、可能な限り正確な情報を掲載するよう努めておりますが、誤情報が入り込んだり、情報が古くなっていることもございます。当ブログからリンクやバナーなどによって他のサイトに移動された場合、移動先サイトで提供される情報、サービス等について一切の責任を負いません。閲覧者が当ブログの情報を直接または間接に利用したことで被ったいかなる損害についても当サイト運営者は一切の責任を負いません。当ブログは投資の助言あるいは投資の勧誘等を行うものではありません。ついて保証するものではありません。FXや投資信託はリスクや損失が存在する金融商品です。十分に理解したうえで自己責任で行ってください。