呪いのネックレスを首にかけると必ず不幸が訪れる。心霊スポットでカメラを回す3人。とある女性の自撮り動画。父の仕事の都合で、夜見山市の祖父母宅へ引っ越してきた榊原恒一。こちらへ来て早々、気胸を患い入院した恒一は、1か月遅れで夜見山北中学校3年3組に転入した。病院で彼女と出会っていた恒一は、その不思議な存在感が気にかかる。親しく接してくれるクラスメイトの中に、彼女について触れる者は誰もいなかった......。鳴が気になる恒一は、姿を見かけては自分から声をかけていた。恒一の質問に鳴が答えることはなく、ただ「気をつけたほうがいいよ」と、忠告ともとれる言葉を口にするだけだった。クラスメイトの勅使河原や望月は、そんな恒一の様子に戸惑いを隠せない。それでも鳴のことを知ろうとする恒一は、放課後に彼女のあとを追いかける。夕暮れの住宅街で、たどり着いた先にあったのは......。古びた人形だらけの工房で、鳴と出会った恒一。鳴は恒一に26年前の3年3組に起きた、ある出来事を語る。それは、一人の生徒の死にまつわる不思議な話だった。恒一は勅使河原や桜木たちにもその話について尋ねるが、誰もが困ったような表情を見せ、口を固く閉ざしてしまう。そんな時、恒一は亡くなった母親が「26年前の3年3組」の一員だったことを叔母の怜子から聞かされる......。ある生徒の突然の、理不尽な事故死により「3組の呪い」の噂は一気に信憑性を増した。恒一は鳴という不思議な存在と26年前の話が、一連の出来事と繋がっているように思えてならなかった。工房で再び出会った鳴は、そんな学校の変化に気づいていたが、相変わらず恒一に詳しいことを話そうとはしない。3年3組には怯えたような空気が満ち、対策係の赤沢も頭を悩ませるが......。恒一が親しくしていた看護師の水野に起きた悲惨な事故。それ以来、3年3組の緊張感はさらに高まり、恒一が知らぬ間に赤沢が女子の新しいクラス委員長に決まっていた。自分がいない場でクラスメイトたちが何かを話し合っている。それを知っても理由を教えてもらえるわけもなく、恒一は途方に暮れる。クラスの方針にあまり賛成できずにいた高林は、そんな恒一の疑問に答えようとするが......。26年前から続く“災厄”から逃れるため、代々の3年3組では、ある“おまじない”が行われていた。転校してきてから恒一がクラスの雰囲気に感じていた違和感も、すべてそれが理由だった。その“おまじない”に理不尽さを感じながらも、恒一は現状を受け入れ、鳴と行動を共にするようになる。これまで夜見山北中学校で起きてきたことを、図書室で自分なりに調べ始めるが......。3年3組の教室におびただしい血が流れ、すでに始まってしまった“災厄”は止められないのだと誰もが悟った。“おまじない”は取りやめになり、赤沢たちは「“災厄”をもたらす“死者”は誰なのか...?」という疑問を抱く。そんな時、恒一は15年前の“災厄”だけが途中で止まっていたことを知る。司書の千曳によると、その年の夏休みにはクラス合宿が行われ、夜見山神社をお参りしたらしいが......。災厄が止まった手がかりを知る松永は、怜子と同じく15年前の3年3組の生徒だった。恒一は赤沢や勅使河原たちと共に、怜子の車で彼が働いている隣町のリゾートホテルへ向かう。留守だった松永を待つ間、一行はせっかくだからと海で遊ぶことに。そこで偶然にも、家族と別荘へ来ていた鳴と出会う。夜見山市を出て、緊張感から解放された恒一たちは、束の間の楽しい時間を過ごすが......。夜見山市の外で起きた思いがけない事故に、周囲の不安は一層募る。事故の直後、松永が何かを思い出したかのようにつぶやいた「教室」という言葉を手がかりに、恒一は15年前の3年3組があった旧校舎を調べることにする。これ以上、犠牲者を増やさないことを考え、協力を求めるのは勅使河原と望月だけにした。そこへ3人の行動に気づいた鳴も加わり、旧校舎の探検が始まるが......。恒一たちは旧校舎で松永が残したテープを見つけたが、犠牲者はさらに増えてしまった。成す術がないままクラス合宿が始まり、3年3組の生徒たちは副担任の三神と千曳に引率され、宿泊先となる咲谷記念館へやってくる。望月の部屋に集まり、松永のテープに録音された核心部分を聞く。そこには“災厄”を止めることができた、ある方法が語られていた......。鳴を“死者”と疑い、憎しみの目を向ける杉浦と、階下に転落していった風見。恒一たちは二人の姿を見失ってしまう。その上、合宿所食堂で火の手が上がり、望月が保管していたテープが奪われた。窮地に陥った勅使河原たちは危機を報せに館内を周りはじめる。一方で赤沢は、再会した杉浦の奇妙な変化に苦渋の表情を浮かべる。鳴を“死者”だと疑い、憎しみの目で追い込んでいく赤沢。恒一は鳴をかばおうとするが、二人の姿を見失ってしまう。合宿所はあちこちから火の手が上がり、収拾がつかない事態になっていた。窮地に陥った勅使河原と望月は駆けつけた千曳に助けられるが、恒一は行く先々で見つけた犠牲者を救えず、苦渋の表情を浮かべる。ホタルが見てみたいと言う七々子のお願いで、ホタルの他にも出るとウワサの森へ来た一行。ウワサに違わずホラー感満点のスポット。満月の夜、ポルノビデオ撮影中に男優が突然オオカミ男に変身。メーク係の女の子を連れて逃走した。通報を受けたUTFは現場に急行するが、ポルノ大好きのビリーは女優たちに会って大興奮!一方カーステンは「オオカミ人間は満月の夜に外出禁止」の条例に基づき、対象の家庭を巡回。自宅待機してるか、変身時の対応設備が整っているか、厳しくチェックする。ジョン・ジョンは老人ホームで間違えて人間の老人を撲殺してしまう。このミスで捜査から外された彼は、暇を持て余し所長と一緒にゾンビ同士を戦わせる「ゾンビファイト」の観戦に夢中になっていた。ジョン・ジョンの代わりにカーラとペアを組んだカーステンは、カーラに冷たくされ会話もチグハグ。ステューたちは献血車の警護中にその不審な動きに気付くが...。一般人の撲殺というジョン・ジョンのミスで内務調査部に目をつけられたUTF。ゾンビを殺すのにも書面を読み上げ適切な手順を経てから殺すようにと、現場無視の無茶な規定を押し付けられる。ジョン・ジョンたちは視察にやってきた調査部副本部長と嫌々ながら一緒に巡回に出ることに。所長の姪ナタリーのパーティがヴァンパイア主催だと知ったカーステンは内緒で単独捜査を続ける。カーステンにできたバンドマンの彼氏は実はオオカミ男。何となくこの彼氏が気に入らないステューは親心から二人の仲を詮索する。LA清掃管理課がストライキに入ったため、自分たちでゾンビの死体を片付けなくてはならなくなり、ジョン・ジョンたちは回収に四苦八苦する。ビリーはステューを暴行したヴァンパイアを捕まえようと、ステューの警告を無視して単独行動を始める。ヴァンパイアの売春が激増し過去最悪の状態に。所長は嫌がるカーラをヴァンパイア売春婦に変身させ、おとり捜査をすることに。ゾンビ目撃の通報をうけたステューたちは現場に向かうが、そこにいたのはハイになったジャンキーだけだった。引き取りに来てもらうよう署に要請するが、やってきた警官がゾンビに襲われ感染してしまう。ナタリーが通っていたパーティを主催していた、ヴァンパイアのリコにカーステンの正体がばれた。脅迫されたカーステンは怖くなり所長に報告するが、これまで内緒にしてきたことを知り激怒される。ジョン・ジョンはカーラを食事に誘うが彼女がレズビアンであることが発覚。リコの父親はヴァンパイアの世界の権力者。所長が姪のナタリーをたぶらかしたリコを一方的な罪状で逮捕した結果、その報復でUTFの本部は襲撃を受ける。爆弾が巻きつけられたゾンビが放り込まれ慌てふためく本部に、ゾンビたちが次々と襲いかかってくる。応戦を試みるも、UTFの武器庫は何者かに盗まれ空っぽだった。リコと通じていたとカーステンが疑われる。