大東諸島は、約4800万年前、現在のニューギニア諸島付近で火山島として誕生したと言われています。約4200万年前に沈下し、火山島の頂上にサンゴ礁が堆積しながら、フィリピン海プレートに乗って北上を続けました。長い間海に沈んでいたサンゴ礁の島は、約600万年前に隆起し、現在の位置まで長い長い旅を続けてきたのです。大東諸島は、他の大陸と一度も陸続きになったことがなく、地質学的にも沖縄本島と異なっています。その起源は今から約4800万年前。現在のニューギニア諸島付近で火山島として誕生したと言われています。】フィリピン海プレートに乗って北上を続けていた火山島は、約4200万年前に沈下。火山島が沈むのと同じ速さで火山島頂上にサンゴ礁の堆積物が積み重なり、約2500万年前に現在のような形になりました。当時は陸地ではなく、チービシ(那覇沖の環礁)のようなリング状のサンゴ礁で、海面すれすれに島を形成したようです。長い間海に沈んでいた北大東島は、約600万年前にプレートの運動が西の琉球海溝へと方向を変えたため、隆起に転じました。プレートが琉球海溝に沈みこんでできたたわみによって環礁が隆起し、現在の北大東島ができあがったのです。方向を変えずそのまま北上を続け、九州パラオ海嶺(かいれい)に到達していたら、海に沈んだままで現在の北大東島は存在しなかったとも言われています。それを証明するかのように、九州パラオ海嶺には沈んだ島(海山)が多く確認されています。温かく、透明度が高く、光が入り込むというサンゴ礁の成長に合った海域へと移動したため、サンゴ礁が死滅することなく堆積していったようです。南北大東島は同じ火山島であり、二つの頂上が約4000万年前から分かれたと言われ、独立した双子の兄弟のような島で、北と南の島の間には1000〜2000mほどの水深があると推定されています。約100km離れた沖大東島も、同じプレートに乗って隆起した島で、三つの島は同じような運命を辿ってきたのです。約4800万年という長い旅を続けて現在の海域に到達した北大東島ですが、今もなお一年間に約5cmずつ沖縄本島へと移動を続けています。水位は海抜0mで、潮の干満によって上下します。