訓練では不要なため空対空ミサイルの運用能力も持たない[98][99]。1991年の定期点検で『空軍では問題ないが海軍の基準では問題となるレベル』で主翼にクラックが発見されたことにより飛行停止。改修した上で運用再開の計画もあったが予算の問題から実行されず、1994年に海軍の保有する全てのF-16が飛行停止となり、翌1995年に退役した[98][81][100]。多くの機体はデビスモンサンや博物館に送られたが、1機の海軍のF-16は空軍の演習場で標的として破壊された[98]。B型:4機)を再整備して運用している[101]。30/40の独自改修機で、イスラエル製電子戦機器を搭載した事による重量増加により、着陸装置の強化が行われている。複座型のF-16Dブラキートは、ワイルド・ウィーゼル機として使用するため、背面にドーサルスパインが新設されており、エルタEL/L-8240電子戦装置を収容する[102][103]。2020アップグレード型。新型HUD、デジタルデブリーフィングシステムが装備され、機体構造の補修による寿命延長も行われる[104]。「ナイト・ファルコン」または「ナイト・アタック・ファルコン」と呼ばれる。25/3Xの15°から18°に大型化したLANTIRN-HUDやGPSの装備、全天候型のAN/APG-68(V)1レーダーの搭載によるAIM-120の運用能力やデジタル式飛行操縦装置による自動地形追随機能の付加が行われた。最大離陸重量の増加に伴いタイヤとホイールが大型化されたため、主脚カバーの形状が変更され、従来主脚に取り付けられていた着陸灯とタクシー灯は降着装置扉に移された[92][81][105][106][107][108][109]。ラプターの調達に影響を与える可能性があったため、在来型のC/Dという名称で調達を続けた。5X型をF-16CJ/DJとして区別する様になった[109]。50/52(F-16CJ/DJ)1993年から配備開始。他には探知距離と信頼性を高めたAN/APG-68(V)5レーダー、改良型の慣性航法装置やデータモデム、暗視システム対応コックピットなどが採用されている[105]。50/52の後期生産型。HTS(HARM照準システム)ポッドの運用能力を生産段階で追加。50/52も全てこの仕様となった[105]。持つAN/APG-68(V)9レーダーを搭載し、スタンドオフ精密誘導兵器の全天候運用が可能になった。機体構造を変更して機体背面へのコンフォーマル・フューエル・タンクの装備が可能になった他、モジュラー型ミッションコンピューターやドラッグシュート収容部を利用した後方警戒レーダーの装備、JHMCSの運用能力付与、キャノピー前方へのIFF機器用アンテナの追加などが行われた[110]。複座型にはイスラエル空軍のF-16Dブラキートと同様にドーサルスパイン新設による電子機器追加を実施し、複座戦闘爆撃機としても運用可能になった。52アドバンスドのイスラエル仕様。スーファとは、ヘブライ語で嵐という意味。イスラエル製の電子機器を搭載する。よりCG/DG/CJ/DJの艤装を統一した改修機体。いった任務の区分けは不要になり、より柔軟な運用が可能になった。改修初号機は2002年に完成。50/52アドバンスドや後述するF-16E/Fの機能の一部が盛り込まれている。機体の状況により改修点が異なり、JHMCSへの対応は648機、リンク16は517機が計画対象となっているほか、CJ/DJ限定のモノクロ多機能ディスプレイのカラー化[111]や、AN/AAQ-14やスナイパーXRとASQ-213の並行運用を可能にするため、ASQ-213の取り付けをエアインテーク左下側面へ変更と言った改修も並行して行われる[111][112]。SABR[113]AESAレーダーへの換装などが予定されている[114]。52に付けられた名称。生産段階でCCIP仕様機相当の機体艤装を実施して[115]おり、IFF及び電子戦機器が他国のF-16CJ/DJと細部が若干異なるほか、在来型の1枚板のHUDとLANTIRN-HUDを装備する機体が混在している。イスラエルとの関係を配慮してダウングレードが施されており、AIM-120の代わりにAIM-7を運用し、AIM-9も最新型のXは運用されない[116]。この名称は基本的に追加購入の20機に対して使われることが多い[117]。