投稿動画数が少ない順ニンジャボックスヒミツキチに憧れる小学5年生・ヒロトの前に現れたのは、自称ニンチューバーでニンジャの少年・トンカチ。ヒロトの家で見つかった伝説の忍具『ニンジャボックス』を使って二人は『ヒミツキチ』を作ることに。透(ムヒョ)とその助手を務める草野次郎(ロージー)。彼らの元にはいつも霊に悩める人々が訪れていた。そんなある日、ムヒョの魔法律学校時代のライバル・円宙継(エンチュー)がムヒョの前に現れ、壮絶な闘いの火ぶたを切る!ノブナガン時は1582年、所は本能寺。遮光器土偶にも似た謎の生命体に遭遇する。