RNAを同定するため、下記のような実験を行っている。ヒストン修飾の中でも遺伝子発現の抑制マークであるH3K27me3を阻害する役割を持つDznepを慢性腎不全モデルマウスに投与し、その効果を観察した。線維化はDznep投与群で軽快し、エピジェネティックな抗線維化メカニズムが働くことが推察された。Microdissectionを用いて近位尿細管細胞のみを抽出し、高速シークエンサーを用いて遺伝子発現を網羅的に解析した(RNA-seq)。解析については取り扱うデータ量がかなり大きいためBioinformatics専門の技術員と相談しながら現在解析を進めているところである。cell)を用いて、1%低酸素刺激条件下で24時間培養したのち、Dznepを培養液中に投与し、24時間~72時間の刺激を行い、RNA-seqを施行した。vivoで得られた結果と比較することにより慢性腎不全に寄与するエピジェネティックな因子が同定することが可能であると考えられる。vivoのサンプルを慢性腎不全モデルおよび培養細胞株から予定通り調整し、RNA-seqを遂行した。Microdissectionを用いているため、得られるmRNA量がごくわずかでありサンプル調整が非常に困難かつ高度な技術を必要とした。vitroについては培養細胞株に対してヒストン修飾阻害薬Dznepを投与して効果が得られる実験条件を検討するのに時間を要したが、低酸素刺激を加えつつDznepによりH3K27me3を減少させることが可能な実験条件を見つけることができたので、研究の達成度はおおむね順調と考えられる。vitroの両方で慢性腎不全の進行に寄与するエピジェネティックな因子すなわちlincRNAと、それが制御する遺伝子群を同定したいと考えている。ChIP-seqにより解析したいと考えている。ischemia/reperfusion)モデルマウスに投与することにより腎尿細管間質の線維化が軽減される効果を発揮するかどうかを検証したいと考えている。Microdissectionを用いているため得られるmRNA量がかなり少なく、サンプル調整するのに時間を要した。得られたサンプルを高速シークエンサーを用いてRNA-seqを行っているが、高速シークエンサーは研究室全体の共用備品であるため他の研究者も使用しており、サンプルが調整でき次第すぐに使用できるわけでなく、制限がある。高速シークエンサーによる網羅解析データはデータ量が膨大であるため、解析するのに時間がかかることから使用額に差額が生じた。vitroではHIF1およびEzh2の低酸素条件およびDznep投与条件下でのChIP-seqを施行する予定である。oligo(ncRNAインヒビター)を購入し、慢性腎不全モデルマウスに投与して腎尿細管間質の線維化が軽減されるかどうかを検証したいと考えている。