腸がえらいことになってどうにもならない病」にかかった事を告げられる。この病気を直す方法はただ一つ、便所(べんどころ)博士による手術のみで、しんちゃんは手術で新たな生命に生まれ変わる。数日後、しんちゃんはおならで窓ガラスを割ってしまう。便所博士はしんちゃんの腸と肛門に自分の開発した「ウルトラスーパー手作り人臓器」を移植しており、そのパワーを正義のために使うようしんちゃんに言うが、ひと儲けを企む本音を暴露してしまい、ひろしとみさえに殴られる。しんちゃんはそのままでおり、数日後、しんちゃんと便所博士の前で引ったくりが発生。しんちゃんはトイレに行き、自分の出したうんちの臭いを嗅ぐことで、超人うんちマンに変身する。うんちマンに変身したしんちゃんは、便所博士の開発したTOTO号O型に乗ってる追跡、うんちシュート3連発かたさふつうという攻撃で、犯人をうんちまみれにして捕えるが、被害者の女性のベトンのバッグもうんちがついてしまう。野原家、ひまわりはうんちをしようとし、みさえも3日ぶりのうんちをしに行くが、そこにベンピ・ウーマンが参上、ひまわりをくすぐり、便意をなくさせる。みさえの入っているトイレの前でブティック・ウッチャリかすかべ店の宣伝カーの真似をして、婦人服全品9割を伝え、みさえを動揺させ、便意をなくさせる。その後もよしなが先生の手と尻をガムテープでぐるぐる巻きにしたり、まつざか先生の部屋のトイレに板を張って釘を打つなど、ベンピ・ウーマンの悪事は続く。ある日、公衆トイレを破壊しようとするベンピ・ウーマンの前にうんちマンが参上、ベンピ・ウーマンは部下の『便秘・友の会』でうんちマンを倒そうとする。うんちマンは友の会を全員倒すが、体力を消耗し、ベンピ・ウーマンにひどい便秘にかかってしまう薬「ベンピニナール」を飲まされそうになる。うんちマンは町内の生き物のうんちを集め、上空にうんち玉を作り、ベンピ・ウーマンを攻撃して勝利する。ベンピ・ウーマンはダイエットのために食生活が乱れ、ひどい便秘になってしまったため、自分の苦しみを他人に味合わせようとしていた。便所博士は彼女に繊維質たっぷりのイモを譲る。町内のトイレに平和が訪れた。