中禅寺湖で外来種の水生植物であるコカナダモの繁殖の、広がりが懸念されている。このコカナダモの繁殖は、水質悪化を招くおれがあり、既に上流域にある湯ノ湖では繁茂が問題化している。北米原産の外来種であるコカナダモは、一定量であれば、水質の浄化に役立つ。繁殖力が強く、在来の水生植物を駆逐し繁殖する。冬場になり枯れたときに自身が吸収、固定していた栄養塩類を湖水に大量に放出しすることになる。これが、水質悪化を招くと危惧されている。日光市は、中禅寺湖まで繁殖が拡大しはじめた事態を受け、湯ノ湖からの流出防止対策に動き出した。中禅寺湖の漁業関係者によると、かなり以前から地引網漁の前に刈り取りを行ってきた。刈り取られたコカナダモの中には3m以上に生長したもまであるとのことだ。日光市、環境省とも、まずは上流域にある湯ノ湖で早急な対策を行い、ネットフェンスの清掃など中禅寺湖への拡大を防ぐとしている。専門家の意見でも、一度大きく繁殖してしまうと、完全な根絶は難しいのではないかとのことだ。対応としては、人為的な刈り取りなどの対処療法くらいしかないのではないかという話である。