平成29年10月~平成32年9月までの限定適用の認定医療法人制度の流れは1から5の順になります。2社員総会により、移行計画の承認、定款変更の承認を決議し、移行計画の認定を申請します。3厚生労働大臣が移行計画を認定します。4認定医療法人の定款変更が認可されます。5定款変更の認可を報告します。このうち、2において認定の次の要件が要求されます。イ・移行計画が、社員総会において議決されたものであること。ロ・出資者等の十分な理解が得られ、持分の放棄の見込が確実と判断されることハ・移行計画に記載された移行期限が3年を超えないことニ・運営に関する要件を満たすこと最後の「運営に関する要件」は次のようなものです。・法人関係者に対し、特別の利益を与えないこと・役員に対する報酬等が不当に高額にならないような支給基準を定めていること・株式会社等に対し、特別の利益を与えないこと・法令に違反する事実、帳簿書類の隠ぺい等の事実その他公益に反する事実がないことこのうち、特別の利益提供の判断において、役員車の私的利用は、特別の利益提供のみなされます。私的利用は精算すれば、一定程度はよいなっていますが、疑義があるともされます。運営状況を移行期間中は、1年ごとに移行計画の報告しなければなりません。移行完了後も5年間は1年ごとに運用状況の報告をすることになります。特別の利益提供が明らかになった場合には、持分なし医療法人認定の取り消し事由となり、取り消しとなれば、課税されますので慎重に行う必要があります。平成18年の医療法の改正により、持分のある医療法人の新設が廃止されました。それ以前に設立された既存の持分のある医療法人は、当分の間、持分を定めた定款の継続が認められています。持分のある医療法人の場合、出資額に応じて払戻しを請求できるとされており、設立したときには少額でも、医療法人には配当がありませんので、価値がドンドン膨らんでいく可能性があります。ある日突然、出資額に応じた請求をされれば、出資は数百万円でも1億円を超える払戻金を支払わなければならなくなります。平成6年の八王子裁判では、設立時には50万円だったものが、評価が5億円を超え、請求された事例があります。なると医療法人の財務の健全性、継続性が脅かされますので、既存の持分のある医療法人も持分のない医療法人(認定医療法人)への移行が必要となってきます。実務上は、相続税の対策をする上で、持分がなければ課税されないメリットがあります。この時は、医療法人側に課税されることになり、あまり利用されませんでした。現在は、平成29年10月~平成32年9月までの限定で、新しい認定医療法人制度が運用されています。持分なしの医療法人に移行する場合に、持分がハッキリと判っていなければなりません。医療法人の法人税申告書の別表2がない法人もあります。別表2があっても、内部資料なので出資金額を証明する書類にならないとも言われます。なかに「出資申込書」があります。これには出資者ごとの出資額を記載することとなっており、この「出資申込書」で確認できます。