詳細は「バックドア」を参照バックドアは被害者の認識を経ずにインストールされ、実行される遠隔操作のためのプログラムである。バックドアは最も危険なトロイの一種とされている。Toolの略)と呼ばれている。OSの管理者権限を持っているかのように振る舞うため、他のトロイに比べ、比較的検知率が低い。公正な遠隔操作プログラムと異なるのは、被害者に無断かつ秘密裏にインストール、実行されるという点がほとんどであり、プログラムの機能自体は、公正なそれと大した差はない。代表的なバックドアは以下のような機能を持つ。ハードディスクへのファイル、プログラムのアップロード/ダウンロードこういった機能のほかにも、ディスクドライブトレーの開閉、ニセのエラーメッセージやダイアログの表示、デスクトップスクリーンへの落書き、壁紙の変更、ウェブカメラの乗っ取りによる盗撮、被害者とのICQを利用したチャットなどの、直接攻撃者に利益をもたらさない、悪戯用の機能を搭載したバックドアーも存在する。バックドアはトロイの中ではかなり多機能の部類に数えられている。そのため、他のトロイに比べ、比較的ファイルサイズは大きい場合が多い。