二次試験の死の森で天と地の書を集め終わった後、カブトは地の書の中身を見ようとしていたナルトに割って入ってそれを止め、ルールを無視すると必ずリタイアせざるをえない状況になることを説明した。自分は巻物を揃えていることを話すと、サスケから勝負を挑まれる。塔に向かっている最中、カブトらは同じところをぐるぐる回っていることに気付く。それは同じく塔付近で巻物を狙っていた雨隠れの朧班の幻術によるものであった。第七班と共に朧班と戦い、これを打ち破った。この戦いの中でカブトはナルトのチャクラ量に感銘を受けている。朧班を倒したことで第七班も巻物が揃い、塔に到着した後は既に到着していたヨロイとミスミに合流し、第七班と別れた。三次試験の予選が始まる前、「これ以上やると昔の血が騒ぎだしかねない」として、試験を辞退することにした。ヨロイから「勝手な行動を取るな」と諌められるが、三次試験での情報収集はヨロイとミスミに任せると言って退いた。予選が終わった後、大蛇丸にその事を伝えに行った。その時、大蛇丸から木ノ葉崩しをきっかけとして始まる戦争に異存がある本心を見抜かれ、「今私を止めるならサスケ君を殺すしかないわよ」と言われる。その後、木ノ葉病院へと向かい、警備の暗部8名を殺してサスケの元に着いた。