1900年(明治33年)3月から本部部長を参謀長と改称。1907年(明治40年)10月9日要塞砲兵監部を重砲兵監部と改称する。1908年(明治41年)12月参謀長を本部長と改称。本部に庶務・第1・第2の3課を置く。1919年(大正8年)4月から野砲兵監部と重砲兵監部は統合され砲兵監部となる。1938年(昭和13年)7月、本部に部制を採用し、第1部・第2部を置く。1941年(昭和16年)4月から化兵監部と通信兵監部が新設。騎兵監部を改組し機甲本部とし、陸軍省の外局となる。第1部は総務部と改称し、第2部は廃止された。