その夜、同じく中忍試験で木ノ葉を訪れていた砂隠れの上忍であるバキと会い、木ノ葉崩しの計画書を渡した。木ノ葉崩し一ヶ月後、本戦が始まった。100話、装束と仮面を奪い暗部を装って試合を観戦していた。ナルト対日向ネジの試合中、観戦していた日向ヒナタの様子がおかしくなっていることに気付いた。サスケ対我愛羅戦の最中、涅槃精舎の術を使用して観客らを眠らせ、木ノ葉崩しが決行された。砂の忍も作戦を決行しようとしたが、我愛羅はサスケとの戦いの中で精神が不安定になっていたため里に戻ることとなり、我愛羅ら兄弟抜きでの木ノ葉崩しが始まった。涅槃精舎の術をした後のカブトは争いを避けており、見ているだけであった。三代目火影との戦いで払った代償は大きく、屍鬼封尽で封印された腕の痛みに苦しんでいた。カブトはその痛みを和らげるための薬を調合していたが、気休めだと一蹴されてしまう。綱手を見つけ、大蛇丸は綱手の愛した2人を穢土転生する代わりに腕を治してくれと提案した。2人の死に触れた際、シズネが大蛇丸に攻撃をしかけたところをカブトはガードした。161話という大蛇丸と共にまた短冊街へ向かった。その道すがら、「あの付き人を殺したほうがいいかもね」という大蛇丸の意向に沿ってシズネを殺しに向かった。大蛇丸の元に到着すると、綱手が大蛇丸の腕を治療しようとしている最中であった。綱手との戦い交渉決裂となったため戦闘が始まった。術が使用できない大蛇丸の代わりにカブトがメインで戦った。三忍を2人相手にするのはマズイと踏んだカブトは、自らの手をクナイで傷つけて血液を撒き散らして血液恐怖症である綱手をしばらく戦闘不能にした。三忍の戦いカブトはシズネと戦い、早々に彼女のアキレス腱を切断して戦闘不能にした。螺旋丸を当ててこようとしたナルトの動きを見切って躱し、左脚の外側広筋を切断した。カブトはナルトに「逃げたい時は逃げたらいい...」と諭すが、それがナルトの忍道を逆撫ですることとなり、立ち上がって向かってきた。カブトもクナイで攻撃に出たところ、ナルトはそれを素手で受け止めた。