ある日本の片田舎、真壁一騎や皆城総士らが住む平和な竜宮島(たつみやじま)。そこに突然「あなたはそこにいますか...」という叫びがこだまする。それは未知の生命体「フェストゥム」による侵略の始まりだった。一騎らは、人類が29年も前にフェストゥムにより壊滅的打撃を受け、日本列島が既に存在しない事を知る。竜宮島は、実は人類を救済するためにアーカディアン・プロジェクトによって人工的に作られた要塞島であり、島の人々はアルヴィスという組織に所属する特殊な訓練を受けた人々だったのだ。自分達が信じていた平和が護り作られた幻想であった事を知った一騎達は、人類とフェストゥムとの生き残りを賭けた闘いに否応なく巻き込まれていくこととなる。少年達は、島を守るためファフナーと呼ばれる人型兵器に搭乗しフェストゥムと戦闘を始める。ファフナーとは、フェストゥムの読心能力を防ぐために人類が開発した最終兵器である。このためパイロットとなる少年たちには、生まれつき特殊な因子を埋めこまれている。戦闘のためにファフナーに乗るたびに染色体が変化し(同化現象と呼ばれる)、言わば、フェストゥムそのものに近づく形で緩やかに死に近づいて行くという、恐るべき非人道的兵器であった。悲惨な戦いを通じて、パイロット達は傷つき、倒れていくが、フェストゥムと人類の共存を信じるアルヴィスの願いは、未来への希望へと少しずつ変わって行く。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。